Рибосомный белок S26 человека: взаимодействие с собственной пре-м РНК и участие в регуляции ее сплайсинга

• Автор: Иванов, Антон Валерьевич
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 120 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. Рибосо.чные белки эукариот: регуляция экспрессии их генов и внерибосомные функции (Обзор литературы)
1.1. Регуляция экспрессии генов рибосомных белков
1.1.1. Регуляция на уровне транскрипции
1.1.2. Регуляция на стадии сплайсинга
1.1.2.1. Традиционный сплайсинг
1.1.2.2. Альтернативный сплайсинг
1.1.3. Регуляция на стадии трансляции
1.1.3.1. Особенности регуляции трансляции мРНК рибосомных белков
1.1.3.2. Структурные элементы мРНК рибосомных белков, участвующие в регуляции трансляции
1.1.3.3. Белковые факторы, связывающиеся с мРНК рибосомных белков
1.1.3.4. Роль компонентов аппарата трансляции в регуляции трансляции мРНК рибосомных белков
1.2. Внерибосомные функции рибосомных белков
1.2.1. Ферментативная активность рибосомных белков
1.2.2. Связь между рибосомными белками и апоптозом
♦ 1.2.3. Роль рибосомных белков при злокачественной трансформации клеток
1.2.3.1. Экспрессия генов рибосомных белков в опухолевых клетках
1.2.3.2. Функции рибосомных белков при злокачественной трансформации
1.2.4. Рибосомные белки как антигены при аутоиммунных заболеваниях
1.2.5. Участие рибосомных белков в клеточном ответе на вирусную инфекцию
1.2.6. Влияние рибосомных белков на эмбриональное развитие

1.2.7. Несистематизированные внерибосомные функции
1.3. Заключение

ГЛАВА 2. Рибосомный белок Б26 человека: взаимодействие с
собственной пре-мРНК и участие в регуляции ее сплайсинга
2.1. Результаты
2.1.1. ДНК-матрицы для синтеза РНК-транскриптов, соответствующих различным фрагментам мРНК и пре-мРНК рибосомного белка 326
2.1.2. Связывание суммарного 408 рибосомного белка с фрагментами
мРНК и пре-мРНК рибосомного белка 326
2.1.3. Влияние рибосомных белков на взаимодействие белков ядерного экстракта с первым нитроном пре-мРНК рибосомного белка 326
2.1.4. Получение специфической антисыворотки против грБ26 и рекомбинантного рибосомного белка 826 человека
2.1.4.1. Выделение индивидуального гр82б человека и получение специфичной антисыворотки против него
2.1.4.2. Получение рекомбинантного грБ26 человека
2.1.5. Связывание рекомбинантного рибосомного белка 826 с
фрагментами собственных мРНК и пре-мРНК
2.1.6. Связывание эндогенного грБ26 ядерного экстракте клеток НеЬа с фрагментами собственных мРНК и пре-мРНК
2.1.6.1. Выделение специфичных антител против грБ26 из
антисыворотки, полученной против гр826
2.1.6.2. Связывание гр826 в составе ядерного экстракта клеток НеЬа с фрагментами собственных мРНК и пре-мРНК
2.1.7. Влияние гр826 на сплайсинг собственной пре-мРНК
2.1.8. Определение участков мРНК и пре-мРНК, вовлеченных
во взаимодействие с рибосомным белком Б26
2.2. Обсуждение результатов
2.2.1. Связывание рибосомных белков 40Э субчастиц рибосом
человека с мРНК и пре-мРНК гр826
2.2.2. Участки связывания рибосомного белка 826 на пре-мРНК и мРНК
2.2.3. Альтернативный сплайсинг пре-мРНК рибосомного белка Б26

зубов, наряду с генами белков, важных для регенерации периодантальной ткани, повышается уровень экспрессии гена рибосомного белка S27 [229]. Количество мРНК рибосомного белка S26 в клетках гороха селективно повышалось при обработке растения озоном и понижалось при облучении растения ближним ультрафиолетовым светом [230]. Под воздействием этанола в раковых клетках мозга человека происходило повышение уровня экспрессии гена рибосомного белка L7a [231]. Кроме этого, алкоголь понижает степень фосфорилирования рибосомного белка S6, что может приводить к понижению как общей эффективности трансляции в клетке, так и ингибированию трансляции мРНК специфичных белков [232].
У пятнистых сомиков (Ictalurus punctatus), которые способны выдерживать большие перепады температуры окружающей их воды, при понижении температуры воды с 24°С до 12°С происходит изменение уровня экспрессии 60 различных генов, среди которых имеются гены рибосомных белков. При этом экспрессия генов рибосомных белков L35 и L27 увеличивалась в 2 раза, а рибосомных белков S13, S14, S15а, L30 и L31 уменьшалась в зависимости от вида белка в 10-50 раз [233]. По-видимому, эти рибосомные белки участвуют в процессах, связанных с температурной адаптацией рыб.
Заканчивая рассмотрение имеющихся на сегодняшний день литературных данных о виерибосомных функциях рибосомных белков, хотелось бы упомянуть еще одну работу [234]. В этой глобальной по масштабу работе с помощью двухгибридной дрожжевой системы провели анализ белок-белковых взаимодействий у Drosophila melanogaster, что позволило создать карту, содержащую 7048 белков и 20405 взаимодействий между ними. В табл. 2 приведены в качестве примера данные из этой карты, касающиеся взаимодействий некоторых рибосомных белков малой субчастицы рибосомы. Даже учитывая то, что некоторые из этих взаимодействий могут быть артефактными из-за объективных недостатков использованного подхода, можно сказать, что изученные к настоящему времени внерибосомные функции являются лишь небольшой частью тех взаимодействий, в которых участвуют рибосомные белки, в процессе жизнедеятельности клетки. Поиск и изучение этих взаимодействий может прояснить многие процессы, протекающие при клеточных пертурбациях.