Электронно-микроскопические исследования специфических комплексов ДНК

• Автор: Черный, Дмитрий Ильич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 262 с. : ил.

Оглавление
1. Введение
2. Литературный обзор. Анализ структурных особенностей
ДНК и ее комплексов с белками и нуклеиновыми
кислотами с помощью электронной микроскопии:
возможности метода
2.1. Введение
2.2. Общие принципы формирования изображения биологических объектов в просвечивающем электронном микроскопе
2.3. Общие принципы приготовления образцов ДНК для
электронной микроскопии
2.4. Возможности электронной микроскопии при изучении ДНК
2.5. Изучение специфических комплексов ДНК с белками и нуклеиновыми кислотами
2.6. Возможности применения электронной микроскопии для физического картирования
Заключение
3. Материалы и методы
4. Экспериментальная часть
4.1. ВзаимодействиеРНК-полимеразыЕ.colic ДНК
4.1.1. Введение
4.1.2. Материалы,методы

4.1.3. Результаты
4.1.4. Резюме
4.2. Изучение специфического взаимодействия метилтрансфераз
с ДНК
4.2.1. Введение
4.2.2. Материалы(методы
4.2.3. Результаты
4.2.4. Резюме
4.3. Изучение специфического взаимодействия триплекс
образующих нуклеотидов с ДНК
4.3.1. Введение
4.3.2. Материалыметоды
4.3.3. Результаты
4.3.4. Резюме
4.4. Изучение специфического взаимодействия пептидной
нуклеиновой кислоты с ДНК
4.4.1. Введение
4.4.2. Материальгметоды
4.4.3. Результаты
4.4.4. Резюме
4.5. Специфическое взаимодействие с ДНК протяженных
олигонуклеотидов
4.5.1. Введение
4.5.2. Материалыметоды
4.5.3. Результаты
4.5.4. Резюме
5. Анализ экспериментальных данных
Введение
5.1. Общий анализ достоверности электронномикроскопического картирования
5.2. Частный анализ карт связывания
5.3. Анализ структурных изменений ДНК при специфическом взаимодействии с белками
или нуклеиновыми кислотами
6. Обсуждение и перспективы
7. Выводы
8. Список цитированной литературы

использовании в качестве подложки слюды и в присутствии ионов магния, а именно эти условия необходимы для визуализации ДНК с помощью атомносиловой микроскопии, величина персистентной длины составляет 280-320 п.о. (это значения соответствует PappJD, Rivetti, et al., 1996). При этом в отсутствии ионов магния значение персистентной длины уменьшается примерно вдвое. Совпадение величины Papp,2D> определенное с помощью ACM на слюде в присутствии ионов магния, со значениями, определенными в растворе, трактуется авторами в пользу адекватности метода приготовления ДНК. Следует заметить, что вариация концентрации солей магния, замена магния на другие двухвалентные катионы (цинк, кобальт), также обеспечивающих прочную адгезию ДНК на поверхности слюды, значительно меняют конформацию ДНК, а в случае коротких кольцевых ДНК приводят к более частому появлению изломов (Han et al., 1997). Эти примеры показывают, что, несмотря на принципиальную возможность измерения гибкости ДНК в высушенном состоянии и получении информации о ее характеристиках в растворе, мы не можем рассматривать ни один из методов как абсолютный, поскольку природа реальных механизмов адгезии ДНК к различным поверхностям (углерод, слюда, цитохромная пленка) еще не изучены.
Тем не менее сравнительный анализ изучения гибкости ДНК в рамках одного какого-либо способа приготовления ДНК весьма целесообразен. Более того, при разумных предпосылках можно получать абсолютные значения локальной гибкости ДНК, как это было сделано, наблюдая поведение линейных и кольцевых молекул в аморфной воде (Bednar et al., 1994; Bednar et al., 1995; Furrer et al., 1997).