Перестройки в геноме Mycoplasma gallisepticum

• Автор: Феоктистова, Евгения Сергеевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 110 с. : ил.

В связи с этим возникают задачи, имеющие отношение не столько к структурному анализу генома, сколько к пониманию механизмов процессов, лежащих в основе формирования, поддержания и изменчивости этой структуры. На протяжении многих лет в нашей лаборатории изучали бактерию ii. Интерес к представителю рода связан с небольшим общим числом генов, что делает привлекательным использование микоплазм в качестве модели для изучения взаимосвязи генов на уровне экспрессии в целой клетке. При изучении ii был обнаружен ряд особенностей в геномной организации. Было показано, что варианты штамма А из разных коллекций могут значительно отличаться по размеру хромосомы. Кроме того, в геноме штамма А была обнаружена уникальная особенность, а именно число генов рРНК определенное по гибридизации оказалось не равным числу генов и 5 рРНК. Во всех исследованных до настоящего времени бактериях количество генов , и 5 одинаково. Дальнейшие исследования показали, что дополнительная копия рРНК представляет собой не полноценный ген, а укороченную копию. Кроме того, два набора генов рРНК отличаются по организации гены первого набора рибосомных РНК собраны в классический для прокариот оперон с порядком генов 5 рРНК, во втором наборе ген рРНК отделен от соседствующих генов 5 рРНК на значительное расстояние. Все это говорит о том, что в процессе эволюции у М. Целью настоящей работы было изучение процессов, приводящих к крупным изменениям хромосомы. Для достижения этой цели анализировались перестройки генома М. ДНК, содержащих рибосомные РНК, и окружающие их участки, вовлеченные, повидимому, в процессы, связанные с изменениями хромосомы. М. ii штамм А. Микоплазмы являются одними из самых малых среди ныне известных прокариот, способных к самовоспроизведению. В природе все микоплазмы являются факультативными паразитами или симбионтами животных и растений 1. Поскольку наличие клеточной стенки считается фундаментальной особенностью бактерий, микоплазмы были выделены в отдельную таксономическую группу класс i i мягкий, кожа. Само название говорит об отсутствии у этих бактерий клеточной стенки 2. К молликутам относятся собственно микоплазмы, уреаплазмы, ахолеплазмы, спироплазмы и представители еще нескольких родов. Однако, тривиальное название микоплазмы до сих пор применяется ко всем представителям класса i 2. Эти бесстеночные бактерии были впервые описаны около 0 лет назад, и сейчас известно более 0 видов. Молликуты произошли от грамположительных бактерий путем редуктивной эволюции 1. Поскольку микоплазмы имеют маленький геном, биохимические возможности их сильно ограничены 3. Микоплазмы являются паразитами человека, млекопитающих, рептилий, рыб, членистоногих и растений. Перечень организмов, известных в качестве хозяев микоплазм, постоянно пополняется, при этом растет и число описанных видов микоплазм. Изучаемая в данной работе ii вызывает респираторные микоплазмозы и полиартриты у птиц особенно при массовом их содержании в условиях хозяйственного разведения и, тем самым, наносит существенный ущерб птицефабрикам. Считается, что микоплазмы, обладая одной из самых малых по размеру хромосом среди самовоспроизводящихся организмов, располагают также и минимальным для самореплицирующейся клетки количеством генетической информации 4. Обширные данные, полученные при анализе геномов, открыли путь сравнительной геномике, то есть сравнительному исследованию целых хромосом 5. I . Хромосома всех молликут представляет собой кольцевую двуцепочечную молекулу ДНК, причем размеры геномов внутри рода колеблются от 0 т. М. ii до т. М. i . Более того, размеры генома варьируют не только внутри родов, но и внутри штаммов одного вида . При анализе полной последовательности нуклеотидов генома М. ОРТ от 8 нуклеотидов, наибольшая встретившаяся ОРТ нуклеотидов . Хромосома этой микоплазмы длиной 6 т. ОРТ. Из них для 9 ОРТ на основании анализа гомологий определена функция 0 аннотированы как так называемые предполагаемые консервативные полипептиды, то есть гомологичные белки с неизвестной функцией, встречающиеся в других организмах и 3 ОРТ определены как возможные полипептиды, для которых не найдено гомологий. Геном М. ОРТ , М. ОРТ .