Молекулярный анализ полной копии ретротрансозона репейник Drosophila melanogaster

• Автор: Краснов, Алексей Николаевич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 79 с. : ил.

1. Введение
2. Обзор литературы
2.1. Общая характеристика и классификация мобильных элементов
2.2. Молекулярная структура регротранспозонов
2.2.1. Общее строение
2.2.2. Длинные концевые повторы
2.2.3. Открытые рамки считывания
2.2.4. 5' и 3' некодирующие регионы
2.3. Перемещение регротранспозонов в геноме
2.3.1. Распределение регротранспозонов по геному
2.3.2. Механизм транспозиции
2.3.3. Копийность регротранспозонов
2.3.4. Специфичность сайтов встраивания
2.4. Транскрипция регротранспозонов
2.5. Взаимодействие регротранспозонов с близлежащими генами
2.6. Удлинение теломер у Drosophila melanogaster
2.7. Структура и функциональные особенности рибосомных генов
2.8. Копия ретротранспозонарепейник, обнаруженная в локусе cut
3. Материалы и методы
3.1. Объект исследования
3 .2. Бактериальные штаммы и плазмиды, использованные при
клонировании.
3.3. Ферменты и реактивы
3.4. Бактериальные среды
3.5. Молекулярно - биологические методы
3.5.1. Выделение геномной ДНК

3.5.2. Выделение тотальной РНК
3.5.3. Г ель-электрофорез ДНК
3.5.4. Гель-электрофорез РНК
3.5.5. Перенос ДНК на фильтр
3.5.6. Электроэлюция ДНК из геля
3.5.7. Введение радиоактивной метки в ДНК
3.5.8. Southern гибридизация
3.5.9. Обработка ДНК рестриктазами
3.5.10. Лигирование ДНК
3.5.11. Приготовление компетентных клеток
3.5.12. Трансформация
3.5.13. Щелочное выделение плазмидной ДНК
3.5.14. Выделение фаговой ДНК
3.5.15. PCR
3.5.16. Скрининг фаговой библиотеки
3.5.17. Гибридизация с колониями
3.5.18. Рестриктное картирование
3.5.19. Секвенирование
3.5.20. Авторадиография
3.6. Используемое программное обеспечение
4. Результаты
4.1. Геномный блот анализ репейника
4.2. Клонирование разных копий репейника
4.3. Нуклеотидная последовательность полной копии репейника
4.4. Открытые рамки считывания полной копии репейника
4.5. Сравнительный анализ различных копий репейника

4.6. Начало транскрипции мобильного элемента репейник
4.7. Места интеграции различных копий репейника
5. Обсуждение
5.1. Происхождение делегированных копий ретротранспозона 63 репейник.
5.2. Полная копия репейника может способствовать 63 перемещению делегированных копий.
5.3. Промоторная область репейника
5.4. Специфичность мест интеграции репейника
5.5. Интеграция репейника в рибосомные гены
5.6. Эволюционное родство репейника
6. Выводы
7. Список литературы

т.п.н., мРНК величиной 3.7 т.п.н. присутствует в виде минорной полосы. На эмбриональной стадии и на стадии куколок транскрипция репейника практически отсутствует.
3. Материалы и методы.
3.1. Объект исследования.
В работе проводилось исследование генома плодовой мушки Drosophila melanogaster, линии Oregon-RC.
3.2. Бактериальные штаммы и плазмиды, использованные при клонировании.
При клонировании использовалась высококопийная плазмида pUC12 и фаговый вектор X L47.1. Для трансформации и наращивания плазмид использовали штамм E.coli JM103. В качестве хозяина фага лямбда использовали штамм E.coli К802.
3.3. Ферменты и реактивы.
Для изготовления бактериальных сред использовали триптон, дрожжевой экстракт и агар фирмы DIFCO Lab.(США). Использовали агарозу, Трис, ЕДТА и эндонуклеазы рестрикции фирмы Sigma и реактивы отечественного производства марки ОСЧ. Праймеры для ПЦР и секвенирования синтезировались в лаборатории химического синтеза генов ИМБ РАН.