Двойные и тройные спирали олигодезоксирибонуклеотидов с параллельной ориентацией цепей

• Автор: Щелкина, Анна Кирилловна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 1997
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 229 с. : ил.

ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ им. В. А. ЭНГЕЛЬГАРДТА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
ЩЕЛКИНА АННА КИРИЛЛОВНА
ДВОЙНЫЕ И ТРОЙНЫЕ СПИРАЛИ С
ОЛИГОДЕЗОКИРИБОНУКЛЕОТИДОВ С ПАРАЛЛЕЛЬНОЙ ОРИЕНТАЦИЕЙ ЦЕПЕЙ
Специальность 03. 00. 03 - Молекулярная биология
Диссертация на соискание ученой степени доктора физико-математических наук
На правах рукописи
Москва

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА Г Экспериментальные подходы к получению и исследованию
высокоэнергетических форм ДНК
§1.1. Методы характеризации равновесных форм в растворах
олигонуклеотидов
§ 1.1.1 Время вращательной релаксации или
гидродинамический объем олигонуклеотида
§ 1.1.2 Определение доли неспаренных оснований
§ 1.1.3 Определение взаимной ориентации нитей
§1.2. Экспериментальные условия, способствующие образованию
внутримолекулярных структур
§ 1.2.1 Оптимальный диапазон концентраций
§ 1.2.2 Тип и концентрация противоионов
ГЛАВА II. Параллельные двойные спирали олигодезоксирибонуклеотидов
§ II. 1. Параллельные ДНК с АТ парами оснований
§ И.2. Параллельные ДНК смешанного природного АТ/ОС состава
§ II.3. Особенности связывания лигандов с парДНК
§11.3.1. Олигопептидные антибиотики в бороздках парДНК
. §11.3.1.1 Стехиометрия связывания
§11.3.1.2..Сродство бороздочных лигандов к
параллельному ТАТА участку
§П.3.1.3.Доказательство сохранения параллельной ориентации нитей в комплексе парДНК рэИ 1 дистамицинА
§11.3.2. Стабилизация дистамицином необычной АРС
конформации ДНК
§11.3.3. Интеркаляторы как зонды вторичной структуры
парДНК
§ II.4. Параллельная ДНК в условиях пониженной активности воды
§ П.5. Стабильность пар ДНК с isoG-C и G-5Met-isoC парами
Выводы главы II
ГЛАВА III. Параллельные (рекомбинантные) триплексы
олигодезоксирибонуклеотидов
§ III. 1. Классификация триплексов, экспериментальная модель
§ III.2. Термодинамика образования параллельных триплексов
§ III.3. Способы стабилизации R-формы ДНК
§ III.4. Узнавание фрагмента нативной ДНК олигонуклеотидом при
помощи получения, межмолекулярного параллельного триплекса
Выводы главы III
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ОСНОВНЫЕ ВЫВОДЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ. Описание формализма модели многих состояний перехода
спираль-клубок
СПИСОК ОСНОВНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ
ЛИТЕРАТУРА

обратный Уотсон-Криковский тип АТ пар (transA-T) в шпильке 3’-d(T)ioC4(A)io-3’ (Otto et al., 1991). Методом ЯМР обнаружена 2‘-endo конформация сахаров и В-подобные параметры правой спирали 3’-d(T)8C4(A)8-3’ (Germann et al, 1989).
§ II.l. Параллельные ДНК с АТ парами оснований
В группе ИМБ, возглавляемой ВЛ.Флорентьевым, нами была впервые получена парДНК с альтернирующей АТ последовательностью из олигонуклеотида par AT (psAT). Кривые плавления этого олигонуклеотида представлены на Рис. 2. Было сделано заключение, что полученная внутримолекулярная структура - двуспиральная параллельная шпилька psAT З'-АТАТАТАТАТ а не двойная антипараллельная шпилька З’-ТАТАТАТАТА

А АТА-3’ З’-ТАТ Т
Т ТАТрО- (СН2)б-ОрАТА А

Измерение доли неспаренных оснований при 3°С по времени жизни АО
обнаружило наличие не более 2 неспаренных оснований в полученной
структуре. Предположительно, это -флуктуирующие (fraying) концевые пары.
Методом ЯМР было показано на антипараллельных дуплексах, что, например,
концевые даже более стабильные cis АТ пары всегда флуктуируют (Nonine et
al., 1995). Позже была исследована зависимость типа образующихся шпилек из
олигонуклеотидов 3’-d(AT)nC45’-5’d(AT)n-3’ (psCn) от длины альтернирующей
АТ последовательности n (Germann et al., 1990). Эти авторы потвердили