Полиморфные ДНК-маркеры в исследовании генетического разнообразия лососевых рыб

• Автор: Сексте, Эдгар Артурович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 117 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Особенности в структуре ДНК животных

1.2. Полиморфизм повторяющихся последовательностей

1.3. Методические особенности КАРОРСЫанализа

1.4. Использование полиморфных ДНКмаркеров для изучения

популяций различных видов рыб

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Объект исследования

2.2. Выделение ДНК

2.3. Расщепление ДНК рестриктазами
2.4. Электрофорез фрагментов ДНК.
2.5. Перенос ДНК с агарозного геля на фильтр
2.6. Прегибридизация и гибридизация ДНК.
2.7. Детекция дезоксигенина на фильтрах.
2.8. Полимеразная цепная реакция со случайными праймерами
КАРЭРСК анализ.
2.9. Обработка результатов исследования.
3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1. Анализ полиморфизма ДНК лососевых рыб рода 5а1то
с помощью КАРОРСЯ анализа.
3.2. Анализ гетерогенности лососевых рыб рода БЫто
с помощью ДНКфингерпринтинга
3.3. Анализ генетического разнообразия пород радужной форели
с помощью ЯАРОРСКанализа.
3.4. Генетическая изменчивость радужной форели, определяемая методом ДКфингсрпринтинга.
3.5. Молекулярногенетический анализ пар производителей стальноголового лосося с помощью ДНК фингерпринтинга.
3.6. ПЦРтипирование популяций радужной форели Адлерского рыбного хозяйства
3.7. ДНКфингерприцтинг популяций радужной форели Адлерского рыбного хозяйства .
4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.
ВЫВОДЫ
ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ.
ЛИТЕРАТУРА


Было выяснено, что число повторов отдельных последовательностей ДНК достигает 1 миллиона и более копий. Уже в начале х годов было проведено большое число экспериментов, с целью выяснения взаимного расположения повторов между собой и участками уникальной ДНК. Полученные данные свидетельствовали в пользу того, что геномы высших животных группируются по их организации в два типа с коротким периодом чередования повторов и уникальных последовательностей Xтип, vi, vi i, , и с длинным периодом iтип, i, . Однако позднее было выяснено, что у большинства эукариот наряду с коротким периодом чередования последовательностей ДНК имеется и длинный период i, vvi, . Тем не менее, у отдельных прсдсгавителей животных отмечен только длинный период Владыченская, . В ходе дальнейших исследований, значительное внимание уделили отдельным повторяющимся элементам, в частности сателлитной ДНК, выявляющейся в виде отдельных минорных компонентов при центрифугировании в градиенте плотности хлористого цезия или другим способом. Рыбы отряда лососеобразных i отличаются повышенным содержанием повторяющейся ДНК, на долю которой приходится более половины их генома, доходя до у нерки и у форели Гинатулин, . Сателлитные ДНК с простыми последовательностями нуклеотидов, относятся к числу быстро изменяющихся в ходе эволюции участкам ДНК. Как правило, наборы этих семейств отличаются у различных видов даже имеющих общих предков. К простым последовательностям относится также повторяющаяся последовательность ТТАГГТп, концентрирующаяся на теломерных участках хромосом в виде 4 тысяч пар оснований ДНК. Эти последовательности присоединяются к теломерам в ходе клеточных циклов с помощью фермента теломеразы, использующего матрицу РНК для синтеза ДНК , Обнаружена высокая консервативность этой последовательности, так как она встречается в теломерах у рыб, амфибий, рептилий, птиц и млекопитающих. В частности, было изучено распределение этой последовательности ДНК на хромосомах 5 видов птиц домашняя курица, японский перепел, цесарка, индейка и виргинская перепелка Родионов с соавт. Оказалось, что эти короткие повторы имеются не только в. У человека каждая теломера хромосомы содержит от 0 до копий последовательности ТТАГГГ. Программируемая клеточная гибель апоптоз сопровождается снижением числа копий данной последовательности нуклеотидов в теломерных участках хромосом животных в процессе деления клеток. ООО. Эта последовательность включается в класс коротких чередующихся элементов, называемых I i, . Данные ПЦР и ДНКфингерпринтинга показывают, что в ДНК большинства исследованных i имеются множественные участки с последовательностями, гомологичными трем районам повторов млекопитающих. Алтухов с соавт. . Очень похожая последовательность выявляется у черепах, причем 3конец фрагмента практически идентичен такому же участку у коротких элементов I черепахи. У птиц в геноме широко представлен длинный повторяющийся элемент I, называемый 1. Многие авторы полагают, что соответствующие участки коротких элементов происходят из участков длинных повторов , . Распределение I и I элементов было изучено в геноме свиньи i, . Авторы изучали распределение этих элементов в геноме свиньи и пришли к выводу, что по данным флуоресцентной гибридизации i i I наблюдается такая же закономерность в распределении, как и в геномах человека и мыши, однако, наблюдалась более низкая специфичность. Также важной особенностью геномов животных является распределение структурных генов по так называемым изохорам, т. ДНК с отличающимся от среднего содержания ГЦпар i . Интересной особенностью геномов высших животных является высокаяконцентрация структурных генов во фракциях ГЦобогащенньтх изохор. Хорошо известны участки, обогащенные ЦТ нуклеотидами. Иногда выявляются довольно длинные гомопиримидиновые блоки последовательностей. В работе Вонга А. К. с соавторами .