Молекулярно-филогенетическое исследование байкальского омуля Coregonus autumnalis migratorius (Georgi)

• Автор: Суханова, Любовь Васильевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Иркутск
• Количество страниц: 88 с. : ил.

Содержание
Содержание.

Список используемых в работе сокращений

Введение.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Таксономический статус и происхождение байкальского омуля.

1.1.1. Краткое описание таксономии и филогении сиговых рыб.

1.1.2. Таксономический статус и происхождение байкальского омуля.

1.2. Внутривидовая структура байкальского омуля

1.3. Выбор маркера для эволюционных исследований.

1.4. Методы построения филогенетических схем.

1.4.1. Методы генетических расстояний
1.4.2. Метод максимальной экономии.
1.4.3. Бутстреп анализ.
1.5. Краткая геологоклиматичсская история оз. Байкал
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Сбор образцов тканей сиговых рыб
2.2. Выделение ДНК.
2.2.1. Выделение суммарной ДНК.
2.2.2. Выделение мтДНК из икры рыб.
2.3. Элеетрофорез ДНК в агарозных гелях
2.4. Рестрикционный анализ мтДНК.
2.5.ЦР амплификация.
2.6. Прямое определение нуклеотидной последовательности амплифицированных фрагментов ДНК
2.6.1. Определение нуклеотидной последовательности с помощью радиоактивных изотопов
2.6.2. Определение нуклеотидной последовательности на автоматическом секвенаторс.
2.7. Обработка данных рестрикционного анализа мтДНК
2.8. Компьютерный анализ последовательностей фрагментов ДНК
2.8.1. Выравнивание и первичный анализ последовательностей.
2.8.2. Построение филогенетических схем
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. Рестрикционный анализ мтДНК байкальского омуля
3.2. Молекулярная филогения байкальских сиговых, основанная на нуклеотидных последовательностях фрагментов генома.
3.2.1. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательное гей
3.2.1.1. мтДНК
3.2.1.2. Область контроля репликации мтДНК.
3.2.1.3.11 рибосомной ДНК ядерного генома
3.2.2. Построение и анализ филогенетических схем.
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ.
4.1. Популяционная структура байкальского омуля
4.2. Таксономический статус байкальского омуля.
4.3. Происхождение байкальского омуля и его байкальский возраст
4.4. Филогенетические взаимоотношения между сиговыми бассейна Байкала
Заключение
Выводы
Синеок цитируемой литературы
Список используемых в работе сокращений
БРЗ Байкальская рифтовая зона мин. минута млн. миллион
мтДНК митохондриальная ДНК
обУмин. оборотов в минуту
и.и. мар нуклеотидов
ПЦР полимеразная цепная реакция
рис. рисунок
сек. секунда
табл. таблица
ген цитохрома
дсзоксинуклеотдтрифосфаты
д и дсзоксинуклеотдтрифосфаты
I1 рДНК i i первый транскрибируемый спсйсср рибосомной ДНК
I i iiv короткие разбросанные по геному повторяющиеся элементы
iv i унивесалыюе местонахождение ресурса в сети I
Введение
Актуальность


В свою очередь, байкальские сиговые, как обитатели ультра глубоководного озера, уникальный объект для изучения закономерностей эволюции самого семейства, поскольку фенотипическая пластичность его наиболее полиморфных групп особенно ярко проявляется в условиях озерного обитания Скрябин, , Решетников, а , . Происхождение ихтиофауны Байкала по сей день является предметом острых споров. Нет единого мнения и относительно появления в озере представителей i. Исследования сиговых рыб Байкала имеют очень давнюю историю, со времени описания И. Георги байкальского омуля под названием ii i, и П. Палласом байкальского сига под названием xi , . В настоящее время, согласно определителю П. Г.Борисова и Н. С.Овсянникова , за байкальским омулем закрепилось название i ii i, а за байкальским сигом, после детальных исследований Ф. В. Крогиус , названия двух его форм байкальского озерного сига v ii . v ii i. Общепринято, что байкальские сиги произошли от пыжьяна, v ii, проникшего в Байкал из рек Сибири. Расхождение на две формы, различные по морфологии и биологии, шло по пути освоения в озере разных экологических ниш Крогиус, Скрябин, , . Произошел от арктического омуля i i проникнув в Байкал из окраинных морей Северного Ледовитого океана по системе рек в межледниковый период Березовский, Берг, , Мухомсдиаров, i iv, Решетников, . Является эндемиком Байкала Черешнев, Смирнов, . Как и все сиговые виды рыб Восточной Сибири, байкальский омуль имел предковую форму, обитавшую в тепловодных водоемах олигоцен миоценового возраста Дрягин и др. Мац, Покатилов, Лут, Попова и др. СмирноваЗалуми, . Детальные исследования экологии байкальских сиговых рыб па протяжении более чем полувека Мухомедиаров, Мишарин, , Скрябин, , Краснощеков, Смирнов, Шумилов, Смирнов, и др. Байкале и подготовили хороший фундамент для генетических исследований. считая отдельных работ более раннего времени Талиев, Ушаков, , генетический анализ байкальских сиговых активно проводился последние лет. Большой материал о степени генетической подразделенности байкальских сиговых внутри озера накоплен В. М.Яхнснко и Л. М. Мамонтовым в исследованиях, в основу которых был положен изоферментный анализ Мамонтов, Яхнснко, Яхнснко и др. v, , , . Проведена первая оценка дивергенции последовательностей мтДНК байкальского и баунтовского озерных сигов Слободянюк и др. Исследовался полиморфизм мтДНК в популяциях байкальских сиговых Суханова, , , . Анализом митохондриальной ДНК мтДНК и изоферментов была показана близость байкальского омуля к группе сигов с нижним ртом iv . С. v . v . Гордон и др. В связи с этим высказывались предположения о возможном гибридном происхождении байкальского омуля между арктическим омулем или его предковой формой с одной стороны и какой либо формой С. . с другой iv . В последующем детальном филогеографическом анализе мтДНК Палеоарктических и Нсоарктических пелагических сиговых Д. Политов и соавторы приходят к выводу, что байкальский омуль занимает корневое положение по отношению к комплексу омулевидных сигов, а также делают предположение о возможном базальном положении байкальского омуля по отношению ко всему роду iv . В данном исследовании осуществлены молекулярнофилогенетические реконструкции, объединившие всех байкальских сиговых, их ближайших родственников из соседствующих с Байкалом водоемов и других представителей семейства i. Это позволило сделать выводы о происхождении и родственных связях как байкальского омуля, так и сиговых рыб Байкала в целом v . Цель и задачи исследования. Цель настоящей работы изучение эволюционной истории байкальского омуля исследование меж и внутрипопуляционного полиморфизма и установление филогенетических взаимоотношений с другими представителями семейства i.