Нуль-аллели в микросателлитных локусах кеты (Oncorhynchus keta Walbaum)

• Автор: Кордичева, Светлана Юрьевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 120 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

ГЛАВА 1. ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1. Кета биология вида и его хозяйственное значение

2.2. ДНК маркеры

2.2.1. Случайные маркеры

2.2.2. Специфические маркеры

2.2.3. Митохондриальная ДИК.

2.2.4. Повторяющиеся последовательности.

2.2.5. Сателлитная, мини и микросателлитная ДНК

2.2.6. Микросателлиты.

2.2.7. Краткая история исследований микросателлитов.
2.2.8. Минисаггелиты
2.2.9. Сателлитная ДНК
2.2 Скорости мутаций в микро и минисателлитных локусах.
2.3.1. Проблемы, возникающие при изучении микро и минисателлитных локусов.
2.3.2. Нульаллели
2.3.3. Возможные пути решения проблемы нульаллслей.
ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1.Характеристика исследуемых проб.
3.1.1. Пробы кеты.
3.1.2.Другие виды рыб рода .
3.2.1. Методика исследования микросателлитиого локуса Оке3
3.2.2. Секвенирование локуса ОкеЗ.
3.3. Статистическая обработка данных
Глава 4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ.
4.1.Поиск пульаллелей
4.1.1. Первые шаги. Подбор праймеров для определения нульаллеля в выборке с о. Куиашир
4.1.2. Подбор праймеров для определения нульаллелей в различных регионах Дальнего Востока.
4.2.1. Определение нульаллелей влокусе ОкеЪ.
4.2.2. Результаты теста на равновесия ХардиВайнбсрга в
выборках кеты
4.3. Географическое распределение выявленных нульаллелей
по локусу Оке 3
4.3.1. Выявление редкого аллеля 1
4.3.2. Распределение выявленных нульаллелй локуса ОкеЪ по всему исследуемому ареалу кеты
4.4.1. Дифференциация популяций кеты различных регионов
по локусу ОкеЪ при использовании альтернативных праймеров
4.4.2. Выявление локализации мутаций, вызывающих появление нульаллелей
ГЛАВА 5. Секвепирование и сравнительный анализ нуклеотидных
последовательностей разных видов рыб рода ОпсогИупсИш
по локусу ОкеЪ.
5.1. Подбор праймеров для секвенирования локуса ОкеЪ
для всех видов рыб рода ОпсогИупсИт
5.2.1 Результаты секвенирования 5 фланкирующей зоны
ми кросатсллитного локуса кеты Оке3
5.2.2. Результаты секвенирования 3 фланкирующей зоны микросатсллитного локуса кеты ОкеЪ.
5.3.1. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей тела микросатсллитного локуса ОкеЪ у разных видов рыб рода Опсогкупскт.
5.3.2. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей фланкирующих зон микросателлит локуса Оке3 у разных
видов рыб рода Опсогкупския.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ЛИТЕРАТУРА


Подобрать праймеры, с помощью которых можно добиться амплификации нульаллелей в микросателлитном локусс Оке3. Изучить географическое распределение выявленных пуль аллелей, а также их влияние на интерпретацию популяционных данных. Локализовать мутации, которые приводят к появлению нульаллелей. Секвенировать аллели локуса Оке 3 для его подробного структурного анализа на разных видах рыб рода ОпсогкупсИш. ГЛАВА 2. Кета биология вида и его хозяйственное значение. Кета Опсогкупскт СУа1Ьаит относится к Тихоокеанским лососям рода ОпсогИупсИих и является ценным промысловым объектом для разных государств, в том числе и России. Помимо кеты к роду ОпсогкупскиБ относят горбушу О. Уа1Ьаит, нерку О. О. зкаму1зска V, кижуча О. ИбШсИ V и симу О. Вгеуоог1. Природные популяции этих видов обитают в северной части Тихого океана и имеют разные по протяженности нерестовые ареалы. Ареал кеты простирается от рек Японии, вплоть до острова Кюсю па юге Азии и вдоль всею азиатского побережья Тихого океана, достигая на севере побережья Северного Ледовитого океана, и далее вдоль тихоокеанского побережья Северной Америки до штата Орегон пит. Вариавская, . Самым многочисленным видом из всех тихоокеанских лососей является горбуша. На втором месте стоит кета. Эти два вида являются основными объектами разведения и вылова па Дальнем Востоке России. Пополнение запасов кеты обеспечивается как естественным нерестом, так и за счет искусственного воспроизводства на лососевых рыборазводных заводах ЛРЗ разных стран включая Россию. Искусственное разведение тихоокеанских лососей наиболее развито в Японии, США, Канаде и России. Сейчас в России рыбоводные заводы, понимая состояние лососевого рынка, увеличивают численность кеты путем усиления разведения кеты и формированием новых стад. Все тихоокеанские лососи являются проходными анадромными рыбами, которые размножаются только один раз в жизни, а затсмпогибают т. Также у них наблюдается такое явление, как хомингвозврат половозрелой рыбы на нерест к месту рождения, соответственно обратный показатель данного явления стрэинг, т. Хоминг у рода Опсогкупскт связан с популяционной подразделе Каждый вид отличается по показателю стрэинга. Наибольший показатель стрейнга выявлен у горбуши 3,1 между реками, далее идет кета, с коэффициентом 1,5. Еще более низким коэффициентом стрэинга между реками обладают лососи с длительным пресноводным периодом жизни кижуч 0,6, чавыча 0,7, нерка 0,6 Варнавская, . Считается, что кета представлена множеством локальных популяций, различающихся рядом биологических особенностей, в том числе экологией размножения. Локальные популяции кеты репродуктивно изолированы, что установлено па основании анализа ряда генетических признаков. Морфомстричсские и остеологические различия между популяциями кеты незначительны и не дают оснований для таксономического разделения цит. В морской период кета и другие виды лососей имеют серебристую окраску тела. После входа производителей в опресненную воду начинаются глубокие физиологические преобразования, более сильно выраженные у самцов. Проявляется так называемый брачный наряд, выраженный в появлении поперечных красных полос на теле, осветлении мяса, увеличении зубов, врастании чешуи в кожу, рыба перестает пи таться. Нерест происходит летом или осенью в реках, где рыбы выкапывают гнезда несколько гнезд, от 1 до 3, составляют бугры галечном грунте глубиной от до см. В среднем в 1м бугре выживает 3 личинки, чго составляет ,9 от средней абсолютной плодовитости. Минимальная нерестовая группировка, представленная самкой и несколькими самцами. Считается, чго вид подразделен па осешною и летшою расы, различающиеся сроками хода, сроками и местами нереста, размерами тела и плодовитостью. Развитие эмбрионов летней кеты происходит в подрусловом потоке, к которому примешаны грунтовые воды, развитие эмбрионов осенней кеты в грунтовых водах цит. О.Ф. Гриценко, . Установлено, что летняя и осенняя расы кеты различаются числом хромосомных плеч Куликова, .