Молекулярное маркирование генома перца

• Автор: Рыжова, Наталья Николаевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 183 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1.Обзор литературы

1.1. Род i . морфологическая, таксономическая и генетическая характеристика.

1. 1.1. Общая морфологическая характеристика рода i .

1.1.2. Систематика рода i .

1.1.3. Эволюционнофилогенетические исследования культурных и дикорастущих видов рода i. Гипотезы происхождения культурных видов перца.

1.1.4. Происхождение и филогения культурных видов рода i .

1.1.5. Внутривидовой полиморфизм представителей рода i .

1.2. Уникальные последовательности генома растений

1.3. Характеристика основных семейств генов растительного генома.

1.3.1. Семейство генов устойчивости растений.

1.3.1.1. Общая характеристика семейства генов резистентности.
1.3.1.2. Эволюция генов резистентности.
1.3.2. Семейство x генов.
1.3.2.1.Общая характеристика семейства x генов.
1.3.2.2. модель и семейство x генов.
1.3.3. Семейство генов протеинкиназ растений.
1.3.3.1. Общая характеристика генов протеинкиназ и их функции.
1.3.3.2. Классификация протеинкиназ
1.4. Повторяющиеся последовательности генома растений.
1.4.1. Фракция высокоповторяющейся ДНК.
1.4.1.1. Микросателлитные повторы.
1.4.1.2. Хюропластные микросателлиты
1.4.2. Фракция умеренноповторяющейся ДНК гены рРНК и их спейсерные участки
1.4.2.1. Общая структурнофункциональная характеристика рДНК.
1.4.2.2. Согласованная эволюция повторов рДНК.
1.4.3. Фракция умеренноповторяющейся ДИК мобильные элементы генома растений
1.5. Молекулярные методы анализа растительного генома.
Глава 2. Материалы и методы.
Глава 3. Результаты и обсуждение.
3.1. Использование молекулярных систем , и Iмаркирования для исследования генома рода i.
3.1.1. Анализ генома видов и сортов рода i методом .
3.1.1.1. анализ межвидового полиморфизма рода i
3.1.1.2. анализ внутривидового полиморфизма рода i
3.1.1.3. Использование метода для определения филогении видов
рода i.
3.1.2. Анализ генома представителей рода i методом.
3.1.2.1. анализ межвидового и внутривидового полиморфизма и определение филогении видов рода i.
3.1.3. Анализ генома видов и сортов рода i методом Iмаркирования межмикросателлитных последовательностей.
3.1.3.1. Iанализ межвидового и внутривидового полиморфизма
и определение филогении видов рода i
3.1.4. Комплексный анализ генетического разнообразия видов i i и i с использованием , Iсистем молекулярного маркирования.
3.1.5. Комплексный анализ генома рода i с использованием , , Iсистем молекулярного маркирования.
3.1.6. Сравнительный молекулярный и I анализ
генетического разнообразия родов i и i.
3.2. Молекулярный анализ основных адаптивно значимых семейств генов генов резистентности, x генов и генов, кодирующих протеинкиназы у представителей рода i.
3.2.1. Молекулярный анализ семейства генов резистентности у представителей рода i
3.2.1.1. Общая характеристика полиморфизма фрагментов видов перца, выявленного при использовании метода маркирования.
3.2.1.2. Использование метода маркирования для определения филогении семейства у i.
3.2.1.3. Анализ нуклеотидных последовательностей полиморфных фрагментов.
3.2.2. Молекулярный анализ семейства x генов и их аналогов у представителей рода i
3.2.2.1. Общая характеристика полиморфизма x содержащих последовательностей генома пергщ, выявленных при использовании метода маркирования.
3.2.2.2. Использование метода маркирования для определения филогении семейства содержащих последовательностей у i.
3.2.3. Молекулярный анализ семейства генов протеинкиназу представителей рода i
3.2.3.1. Общая характеристика полиморфизма последовательностей генома перца, содержащих киназный домен и выявленных
при использовании метода РКмаркирования.
3.2.3.2. Использование метода РКмаркирования для определения филогении семейства генов протеинкиназ перца.
3.2.3.3. Анализ нуклеотидных последовательностей полиморфных РК фрагментов.
3.3. Молекулярный анализ микросателлитных локусов генома перца.
3.3.1. Общая характеристика полиморфизма локусов хлоропластнойДНК.
3.3.2. Детекция полиморфизма ядерных микросателлитных локусов.
3.4. Исследование нуклеотидного полиморфизма последовательности гена 5.8 и транскрибируемых спейсерных участков I1, I
рибосом ной ДНК видоврода i.
6
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Так, в классификации, предложенной Филовым А. И. , указываются вид С. С. . С. i v. С. i. По классификации Газенбуша В. Л. род i также подразделяется на четыре вида . На. С. i, . В году в своей компилятивной классификации рода i другой отечественный систематик Гикало Г. С. соотносит виды, предложенные Газенбушем . При этом другие, известные в литературе виды перца . Как можно видеть, классификация рода i, весьма запутана. С одной стороны, существует огромное число синонимичных видовых названий, в то время как, с другой стороны, некоторые из названий включают биологически совершенно разные виды перца Газенбуш, Жуковский, , , . Относительно недавно было показано, что такое огромное число выделяемых видовых названий у i возникло вследствие того, что многие систематики использовали в своих классификационных анализах признаки, связанные с морфологией плода рис. Эти признаки, особенно у культурных видов i, отличаются значительным полиморфизмом и являются результатом различных направлений селекции Газенбуш, , , Vv, , , . Поэтому ранние таксономические исследования только запутали истинное происхождение и родство видов перца , , . По самым последним данным род i насчитывает видов, пять из которых являются культурными , , . Среди них культурные виды . Эволюционнофилогенетические исследования культурных и дикорастущих видов рода i . В последние годы наиболее развернутые исследования рода i относительно филогении культурных таксонов, а так же их дикорастущих предков были предприняты i С. В. и ii В. Это привело к возникновению гипотезы о полифилетическом происхождении культурных таксонов перца в противовес монофилетической гипотезе, предложенной v , . Последняя предполагала происхождение всех пяти известных культурных видов перца от одного предкового дикого типа . Согласно же первой полифилетической гипотезе, выдвинутой i С. В. с сотрудниками , предполагалось, что каждый из культурных видов перца имеет своего дикого предка. Для определения филогении видов i был проведен целый ряд экспериментов по межвидовой гибридизации i, i, , i . Результаты этого исследования выявили наиболее родственные виды i. Дальнейшие исследования полиморфизма ферментативных локусов у представителей рода . С учетом географии распространения видов рода i были предложены наиболее вероятные центры доместикации и предковые формы, давшие начало пяти культурным видам перца. В результате была сформулирована следующая и наиболее популярная на сегодняшний день концепция о трех независимых линиях эволюции, приведших к возникновению пяти известных культурных видов перца . Табл. Подродовые таксономические комплексы, выделенные на основании морфологии и изоферментного анализа, и отражающие гипотезу о происхождении пяти культурных таксонов перца . С . С. v. С v. С.аппиит v. С i С аппиит v. Культурный ВИД . Боливийских Андах. Дикорастущая форма, названная . Боливии. Третья эволюционная ветвь С. С. . С. аппиит, разновидность С. При этом каждый из этих трех видов был доместицирован независимо в трех различных регионах С. Мексике, С. Амазонии возможно в Перу, . Центральной Америки возможно в Панаме , Vv, . В.М. Что касается работ отечественных авторов, то в силу географических и экономических причин представители этого рода, за исключением сладких форм С. Жуковский, . Работы же последних лет по межвидовой гибридизации, включившие помимо С. С. сопсит, С. С. , подтвердили значительную генетическую отдаленность вида С. С. аппиит, С. С. белоцветковая группа Бухарова, Бухаров, Бухаров, . Происхождение и филогения культурных видов рода i . Вид перца С рис. Боливии . Его непосредственный предок в настоящее время не известен и возможно не сохранился. Сейчас ареал распространения С. Мексики до Перу. Наиболее родственными виду С. С. xii и С. Между этими тремя видами наблюдаются естественные фертильные гибриды . В то время как С. I Паз в Боливии, вид С. По предположению с сотрудниками С. С. xii. В целом виды С. С. xii, С. С. xii и С. Выявленное генетическое родство С. С. xii и С. С. xii и С. Боливийских Андах .