Функциональная вариабельность генов подверженности инфекционным заболеваниям

• Автор: Ожегова, Диана Сергеевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Томск
• Количество страниц: 165 с. : 20 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Функциональная геномика инфекционных

заболеваний
1.2. Биоинформатика, как инструмент формирования выборки генов из генома человека для изучения патологии.

1.3. Генетическая подверженность туберкулезу и сальмонеллезу.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Характеристика выборки здоровых доноров

2.2. Биоинформационные подходы для поиска и оценки фенотипической значимости выбранных
2.2.1. Поиск функционально значимых с помощью i программ и баз данных.
2.2.2. Выбор потенциально функционально значимых с помощью программы .
2.3. Молекулярногенетические методы исследования.
2.3.1. Выделение ДНК из мононуклеаров венозной крови
2.3.2. Определение полиморфизма генов I, I2, МСР1,
1, 2
2.3.3.Условия культивирования мононуклеарных клеток венозной крови.
2.3.4. Выделение РНК из мононуклеаров венозной крови и получение кДНК с помощью реакции обратной транскрипции
2.3.5. Условия постановки
2.4. Статистические методы
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Поиск функционально значимых с помощью
биоинформационных ресурсов
3.2. Оценка уровня экспрессии генов МС.Р1, I, 2, , I2 при стимуляции , , , I, I4 и их комбинациями.
3.3. Сравнение уровней генетической экспрессии в культурах клеток носителей различных генотипов по выбранным полиморфным вариантам генов МСР1, I, 2, 1, I2.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


i работали с чипом iix , который содержал олигонуклеотидные пробы примерно генов человека. Обе группы выделили только те гены, изменение уровня экспрессии которых превышало 2х кратный порог для i Ii, и более чем 3х кратный порог для i i, . Этот список содержал гены, кодирующие МСР1, I, кВ и цитохром Р0. Изучение профилей экспрессии ряда генов с помощью микрочипосых технологий позволяет выявить некоторые особенности функционирования отдельных генов тканей или субпопуляций клеток человеческого организма в нормальных и патологических условиях, а также роль, которую они играют в противоинфекционном иммунитете. Р1апример, М. i с соавторами обнаружили более 0 дифференциально экспрессирующихся генов при стимуляции 4 и 8 1клеток здоровых доноров живыми М. Эти дифференциально экспрессирующиеся гены включали как хорошо известные гены с определенными раннее биологическими функциями, так и не известные, предсказанные i ii, гены. Большая часть генов, отличающихся НО уровню экспрессии между субпопуляциями 4 И 8 Тклеток, относилась к генам иммунного ответа 9, генам сигнальных фан еду кторов клетки и факторов транскрипции по , генам синтеза белка . Некоторые, эти дифференциально экспрессирующиеся гены, могут быть использованы как маркеры при активации 4 и 8 Тклеток i . Для изучения возможных аспектов функционирования Тклеток, вместо самих инфектогенов, можно использовать факторы их жизнедеятельности и клеточные структуры. Посредством воздействия ряда специфических индукторов или их синтетических аналогов на клетки человека и анализа изменений профилей экспрессии генов можно моделировать реакции, сходные с теми которые наблюдаются при ответе организма на инфекцию. Например, Т. с соавторами обнаружили, что ответ Тклеток, инфицированных стафилококковым энтеротоксином В, подобен ответу Тклеток на живые М. В качестве другого примера можно привести, модель острой вирусной инфекции, которую получают путем стимуляции человеческих мононуклеарных клеток крови полицитидиловой кислотой , . Известно, что специфические субпопуляции мононуклеарных клеток крови имеют патогномоничную генную экспрессию. Эту информацию можно использовать для диагностики инфекционных заболеваний. Например, посредством микрочиповых технологий были изучены изменения генной экспрессии, индуцированные цитомегаловирусом V в фибробластах , и инфекцией IIV1 в Тлимфоцитах , , и обнаружены огромные различия в профилях генной экспрессии. Инфицирование фибробластов V приводило к индукции интерферон опосредованного ответа, тогда как инфицирование Тлимфоцитов V1 активировало ряд генов, использующих в роли ядерного трансдуктора кВ. Кроме того, показано, что, основываясь на специфических характеристиках экспрессионного ответа, можно не только распознавать действующий инфекционный агент, но и идентифицировать категорию класс этого агента , . Это особенно важно для тех случаев заболевания, когда культивирование клеток, зараженных патогенами, затруднено. Ответ организма на инфекционные антигены в виде изменения уровня экспрессии генов иммунного ответа, можно наблюдать в первые часы после заражения. В этом случае профилирование генной экспрессии может быть использовано для стратификации пациентов в соответствующие патофизиологические группы. Лечение в каждой группе, соответственно, будет определяться степенью прогрессирования клинических симптомов заболевания. Паттерны экспрессии каждого гена тесно связаны с биологической ролью его продукта. Систематические исследования вариаций в генной экспрессии, которые могут быть обусловлены наличием однонуклеотидных полиморфных замен в гене, могут обеспечить подход для выявления езязи между специфическими генами и заболеванием. Например, аллельные различия в регуляторных регионах генов цитокинов могут существенно влиять на их экспрессию в течение иммунного ответа i, .