Разработка методов компьютерного анализа генетико-демографической структуры малочисленных популяций человека

• Автор: Кириченко, Анатолий Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 108 с.

Оглавление
Введение
1. Создание системы хранения и статистической обработки генетикодемографических данных о малочисленных популяциях человека

1.1. Обзор существующих баз генетикодемографических данных

1.2. Структура и свойства разработанной базы данных

1.2.1. Структура базы данных

1.2.2. Интерфейс базы данных

1.2.3. Свойства базы данных

1.3. Ваза генстикодемографичсскнх данных популяции тундровых ненцев пос. Самбург

2. Оценка частот аллелей н гаплотипов

2.1 Существующие методы оценки частот атпелей в популяциях

2.1.1. Метод максимума правдоподобия
2.1.2. Кодомннантные признаки
2.1.3. Доминантные признаки
2.2. Разработка меюдов оценки частот аллелей в малочисленных популяциях человека
2.2.1. Оценка частот аллелей, учитывающая родственную структуру выборки
2.2.2. Оценка частот аллелей у представителей этноса, полученная при анализе гетерогенных популяций
2.3. Компьютерные программы
2.4. Пример использования разработанных методов и программ
3. Генетические дистанции
3.1. Меры генетических дистанций
3.1.1. Евклидова дистанция
3.1.2. Метод Харпендинга и Дженкинса
3.1.3. Дистанции, основанные на оценке сходства популяций
3.1.4. Генетическая дистанция по Нею
3.2. Построение генетических карт
3.3. Пакет программ
3.4. Построение генетических карт дня популяций коренных жителей Сибири
4. Оценка нснсфан Iности патогенных мутаций мнтохон.трмалышто генома
4.1. Патогенные мутации митохондриального генома
4.2 Оценка пснстрантности для заболеваний с варьирующим возрастом
клинической манифестации
4.3. Оценка пенстрантности на примере зрительной атрофии Лсбсра
5. Графическое представление родословных
5.1. Графическое представление родословных как этап генетического исследования
5.2. Пакет программ для пошагового построения графического изображения фрагментов родословных
5.2.1. Основные понятия и принципы поегроення родословных
5.2.2. Алгоритм построения родословной, реализованный в пакете программ РесПгееиегу
5.3. Пример использования пакета программ РесПдгееОиегу
Выводы
Список литературы


Это также усложняет оценку частот аллелей в малочисленных популяциях человека и требует разработки специальных методов. Цель н талами исследования. Целью исследования является изучение генетикодемографической структуры малочисленных популяций человека. Для реализации этой цели прежде всего необходимо разработать специальные статистические методы анализа и создать пакет компьютерных программ для комплексною анализа структуры малочисленных популяций. Разработать методы корректной оценки частот аллелей и галлотипов, характеризующих генетикодемографическую структуру малочисленных популяций человека и оценить их эффективность. Разработать метод оценки пенетрантиосты патогенных мутаций митохондриального генома. Разработать алгоритм графического изображения сложных родословных и реализовать ею в виде пакета прорамм. Создать пакеты программ для статистического анализа генетикодемографической структуры малочисленных популяций человека, реализующие как общепринятые, так и вковь разработанные методы. Разработать систему хранения н статистической обработки генетикодемографических данных о малочисленных популяциях человека. Разработанные методы и программное обеспечение были апробированы на реальных данных накопленных в Институте цитологии н геисгики СО РАН Гольцова. Сукерник. Сукерник и др. Вибе, Осипова и др. Они содержат результаты комплексного исследования генофонда коренного населения Сибири с использованием широкого спектра генетических маркеров групп крови, изоферментов, сывороточных белков, иммуноглобулинов н др. Научна новизна. Разработаны новые методы оценки частот аллелей и гаплотнпов, учитывающие родственную структуру и гетерогенный этнический состав малочисленных популяций человека. Впервые разработан метод оценки пснетрантиосги генотипов для болезней, вызванных нарушениями митохондриального енома и характеризующихся варьирующим возрастом манифестации. Впервые разработан алгоритм для пошагового построения родословных, позволяющий проследить распространение редких аллелей и фенотипов в популяциях. Теоретическая и практическая ценность. Разработанные методы оценки частот аллелей и таилшипов в малочисленных популяциях человека с использованием информации о метисах позволяет увеличить информативность выборки в 1. Создана система хранения и статистической обработки генстикодсмографичсских данных о малочисленных популяциях человека, позволяющая хранить и использовать информацию не только о фенотипах и генотипах людей, но и об их этнической принадлежности и родственных связях. Создан пакет программ, реализующий как общепринятые, гак и вновь созданные методы анализа генетикодемографической структуры популяций, который может быть использован специалистами в области генетики человека, медицинской генет ики, популяционной генетики животных и селекции. Личный вклад автора. Разработка и создание базы данных, разработка алгоритмов и большинства статистических методов, создание компьютерных программ осуществлялись автором самостоятельно. Сбор генетикодемографической информации о популяции пос. Самбург и гснотипнрованис проводились сотрудниками лаборатории молекулярной и эволюционной генетики человека к. Осиповой Л П. ПосухО. Л., к. Кашинской . Табихановой ЛЭ. Данные о семьях со зрительной атрофией Лебера были собраны и любезно предоставлены сотрудником лаборатории молекулярной и эволюционной генетики человека Жадановым СИ. В работе были использованы программы, разработанные сотрудниками лаборатории рекомбинационного и iрсгацнонного анализа к. Зоркольиевой И В. Лульчеико Ю. Апробации работы. Результаты работы обсуждались на отчетных сессиях ИЦиГ СО РАН , . XXXV Международной научной студенческой конференции Студент и научнотехнический прогресс Е Биоразнообразие и динамика экосистем Северной Евразии. Изменчивость генома человека в Северной Евразии эволюционные, популяционные и экологические аспекты. III Международном конгрессе молодых ученных Науки о человеке Томск. Европейская конференция по генетике человека. Страсбург. Структура н объем работы. Работа состоит из введения. Она содержит рисунков.