Генетический анализ одиночных и множественных карцином желудочно-кишечного тракта человека с различным уровнем микросателлитной нестабильности генома

• Автор: Штам, Татьяна Александровна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 129 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Супрессорный путь развития карцином желудочнокишечного тракта ЖКТ человека

1.1 Модель Фогельштейна для спорадических колоректальных

карцином

Ф 1.2 Белок р и его участие в канцерогенезе ЖКТ человека

1.2.1. Структура белка р домены и их функции.

1.2.2. Роль белка р в формировании ответа клетки на стресс

1.2.3. Повреждения гена р в опухолях ЖКТ

2. Мутаторный путь развития карцином ЖКТ

2.1. Система коррекции неспаренных оснований ДНК КНО

2.1.1. Функциональные комплексы белков системы КНО
2.1.2 Участие белков системы КНО в апоптозе клетки в ответ на повреждения ДНК
ф 2.1.3. Микросателлитная нестабильность генома МИГ маркер
дефектной работы системы КНО
2.2 Нарушения функционирования системы КНО, МНГ и канцерогенез ЖКТ.
2.2.1. Наследственные мутации генов системы КНО и предрасположенность к развитию наследственного неполипозного рака толстой кишки ННРТК.
2.2.2. Спорадические карциномы ЖКТ и МНГ
2.2.3. Эпигенетические механизмы регуляции экспрессии генов системы КНО и их роль в развитии опухолей ЖКТ.
т
2.2.4. Различный уровень МНГ в опухолях ЖКТ. Маркеры для определения
2.2.5 Генымишени дефектной работы системы КНО и их участие в развитии карцином этой этиологии.
3. Альтернативность генетических путей развития злокачественных новообразований ЖКТ
3.1 Генетическая картина заболевания и его фенотипические проявления.
3.2 Диагностические процедуры с использованием МНГ для определения генетического пути развития злокачественного новообразования ЖКТ. Нерешенные вопросы.
4. Множественные злокачественные новообразования ЖКТ
4.1. Критерии диагностики и клиническая классификация первичномножественных опухолей.
4.2 МНГ генетический маркер предрасположенности к полинеоплазии ЖКТ. Образование множественных опухолей ЖКГ путем метастазирования или независимого развития карцином.
4.3 Перспективы генетических исследований множественных злокачественных новообразований
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
1. Клинические характеристики исследованных опухолей.
2. Выделение ДНК из парафиновых срезов и клеточных культур
3. Анализ изменения длины микросателлитных маркеров и мутаций в генах мишенях дефектной работы системы КНО.
3.1. Полимеразная цепная реакция.
3.2. Анализ мутационных повреждений исследуемой ДНК
3.2.1. Анализ СР.
3.2.2. Электрофорез в денатурирующих условиях ЭФДУ.
4. Идентификация наследственных генетических повреждений в генах гМ1Н1 и ЛЛ5Я2 системы КНО
5. Поиск мутаций в гене р в опухолях ЖКТ.
6. Статистическая обработка результатов
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
1. Поиск корреляции между уровнем МНГ и повреждениями гена
1.1. МНГ карцином ЖКТ человека и различия в уровне МНГ для индивидуальных опухолей. Определение класса МНГ карцином ЖКТ
1.2. Уровень МНГ карцином ЖКТ и наличие мутаций в гене р. Поиск корреляции между уровнем МНГ и мутациями гена р
1.3. Тестсистема для определения генетического пути развития
опухоли
2. Генетический анализ множественные карцином ЖКТ человека.
2.1. Полинеоплазия, инициированная наследственным повреждением системы КНО
2.1.1. Генетические повреждения в гене р и маркерах МНГ Выявление наследственных мутаций в генах системы КНО.
2.1.2. Генетической схема прогрессии ННРТК, сопровождающегося множественными карциномами ЖКТ.
2.2. Альтернатива при образовании множественных опухолей метастазирование или независимое развитие. Выявление природы множественных карцином на основе их генетического анализа.
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ.
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


При этом, наибольшие трудности возникают с классификацией карцином МНГН, их клинической, патологической и биологической сущностью. Поэтому актуальной проблемой остается разработка диагностических методов определения генетического пути развития рака ЖКТ с использованием МНГ в качестве генетического маркера, и, в частности, оптимизация панели чувствительных и специфичных микросателлитов для выявления МНГ разного уровня. Первичномножественные опухоли ПМО ЖКТ представляют собой отдельную группу злокачественных новообразований, характеризующуюся сложностью лечения таких больных Чиссов и др. При обнаружении множественных карцином у одного пациента для выбора наиболее оптимальной схемы лечения необходимо знать, являются ли опухоли независимыми или они метастазы первичной опухоли Карасева, . Для ответа на этот вопрос в мире используются кроме общепринятых клинических молекулярнобиологические методы исследования, т. Кроме того, множественные карциномы, особенно метахронные опухоли метастатического происхождения, позволяют проследить накопление нарушений в структуре ДНК в ходе канцерогенеза. Таким образом, генетический анализ ПМО представляет как теоретический, так и практический интерес. Все вышесказанное явилось основой для проведения настоящего исследования. Целями данной работы являются поиск простой процедуры генетического анализа, способной выявить принадлежность исследуемой опухоли к одному из двух возможных генетических путей ее развития, а также исследование множественных злокачественных новообразований ЖКТ для определения их генетической природы. Выявить опухоли, инициированные повреждениями в системе КНО, используя как высокочувствительные маркеры МНГ ВАТ и ВАТ, так и генымишени дефектной работы системы КНО. На основе этих данных определить уровень МНГ для каждой исследуемой карциномы. Проанализировать взаимосвязь между уровнем МНГ и наличием повреждений в гене р. Для этого среди карцином с различным уровнем МНГ исследовать на наличие мутаций пять экзонов гена р с пятого по девятый, наиболее часто вовлеченных в мутационный процесс. Разработать процедуру генетического анализа карцином ЖКТ для идентификации опухолей с поврежденной системой КНО. Оптимизировать панель специфичных микросателлитных маркеров. Исследовать мутационный профиль множественных новообразований ЖКТ по ти микросателлитным маркерам и 5ти участкам гена р. На основе этого генетического анализа определить характер полинеоплазии у каждого из исследованных пациентов. Проследить накопление генетических нарушений при развитии наследственного неполипозного рака толстой кишки ННРТК путем анализа опухолей, последовательно возникавших у одного пациента в течение многих лет. Проведена оценка значимости различных маркеров для определения уровня МНГ. Впервые представлена панель высокоспецифичных микросателлитных локусов, включающая повторы в генахмишенях дефектной работы системы КНО и позволяющая строго отделить опухоли с повреждениями этой системы репарации. Впервые на примере синхронных и метахронных опухолей одного пациента с синдромом ННРТК продемонстрировано накопление генетических повреждений в генахмишенях дефектной работы системы КНО в ходе канцерогенеза, инициированного выходом из строя этой системы репарации. При исследовании этого редкого случая полинеоплазии выявлено наследственное повреждение гена ИМЬН1, не описанное ранее. Основным результатом работы, обладающим практической ценностью, является разработка тестсистемы генетического анализа опухолей, позволяющей строго определить карциномы ЖКТ с повреждениями в системе репарации КНО или гене р. Предлагаемый тест становится новым дополнительным источником диагностической информации, полезной врачу для выбора стратегии фармакотерапии онкологических больных и прогнозирования развития заболевания. Показано также, что синхронные множественные новообразования ЖКТ в исследованных случаях проявляют метастатический характер, причем при развитии заболевания как по супрессорному, так и по мутаторному пути. Данные генетического анализа позволяют уточнить клинические критерии, применяемые к пациентам при постановке диагноза полинеоплазии.