Изучение генетического полиморфизма аттенуированных и патогенных штаммов тобамовирусов

• Автор: Славохотова, Анна Александровна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 153 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Рол ТОВАМОВИРУС VIV ПРЕДСТАВИТЕЛИ И КРАТКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА .

1.1.1. Вирус зеленой крапчатой мозаики огурца

1.1.2. v табачной мозаики.

1.2. Организация геномов вируса табачной мозаики и вируса зеленой крапчатой МОЗАИКИ ОГУРЦА.

1.3. Хранение и передача генетической информации вируса.

1.3.1. Стабильность вирусного генома обеспечивают структуры на 5 и Зкониах

1.3.2. Трансляция и образование вирусных репликаз.

1.3.3. Репликация геномной РНК ВТ М.

1.3.4. Субгепомные мРНК.

1.4. Транспорт ВТМ
1.4.1. Межклеточный транспорт вируса
1.4.2. Сборка вирионов
1.4.3. Дальний транспорт вируса.
1.5. Защитная система растения
1.5.1 Сайпенсинг РНК
1.5.2. Феномен перекрестной защиты
1.5.3. Сверхчувствительная реакция
1.5.5. Убиквитинирование
ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. МАТЕРИАЛЫ
2.2. МЕТОДЫ.
2.2.1. Выделение вирусных штаммов и заражение растений
2.2.2.Очистка вирусных частиц и выделение вирусной РНК
2.2.3. Синтез первой цепи кДНК с помощью обратной транскрипции и полимеразная цепная реакция
2.2.4. Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля или путем прямого осаждения
2.2.6. Автоматическое секвеиирование
2.2.7. Твердофазный гетерогенный иммуноферментпый анализ ИФА
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. ИЗУЧЕНИЕ ШТАММОВ ВЗКМО.
3.1.1. Определение первичных структур геномов штаммов МС1, МС2, ВИРОГМ
3.1.2. Определение кругарастенийхозяев штамма МС1.
3.1.3. Сравнение нуклеотидных и аминокислотных последовательностей геномов и белков штамма МС1 и других представителей тобамовирусов
3.1.4. Множественное выравнивание и филогенетический анализ аминокислотных и нуклеотидных последовательностей белков штамма МС1 и тобамовирусов
3.1.4. Сравнение нуклеотидных и аминокислотных последовательностей штамма ЫС1 с известными штаммами ВЗКМО
3.1.5. Сравнительный анализ первичной структуры вакцинного штамма ВИРОГМ с патогенными МС1, МС2
3.1.6. Динамика размножения в растениях огурца вакцинного штамма ИРОГМ по сравнению с патогенными штаммами МС1, МС2
3.2. Изучение полиморфизма штаммов ВМТо.
3.2.1. Сравнительный анализ первичных структур патогенных и аттенуированных штаммов ВУГГо.
3.2.2. Динамика размножения аттенуированных и патогенных штаммов ВМТо в растениях табака
3.3. Сравнение изучаемых аттенуированных штаммов ВМТо и ВЗКМО с другими известными ослабленными штаммами тобамовирусов
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Устойчивость полученных трансгенных растений к ВЗКМО была доказана как с помощью опытов i viv, так и с помощью молекулярнобиологических методов , . В целом ВЗКМО, по сравнению с самым известным представителем рода тобамовирус ВТМ, не достаточно изучен. Ниже будут подробно описаны функциональные области генома ВТМ, его цикл репродукции и взаимодействие с растениемхозяином. Практически вес вышеперечисленное не исследовано для. ВЗКМО. Так, нет сведений о положении промоторов и точек инициации синтеза субгеномных РНК, о том, как происходит межклеточный транспорт вируса и сборка вирионов, о супрессоре сайленсинга, и что обеспечивает феномен перекрестной защиты. За исключением работы . ВЗКМО по растению огурца см. Дальний транспорт, вес исследования сводятся к определению первичной структуры выделенных патогенных изолятов, их круга хозяев и подтверждения принадлежности нового штамма к виду ВЗКМО. Хотя ВЗКМО и ВТМ принадлежат к одной группе, имеют схожую организацию генома, и, вероятно, основные механизмы, обеспечивающие размножение вируса будут аналогичными, тем не менее, эти процессы у ВЗКМО нуждаются в отдельном глубоком исследовании. Это необходимо как для понимания особенностей цикла репродукции вируса и его взаимодействия с хозяином, так и для совершенствования способов защиты от данного вируса, в частности, создания стабильных вакцинных штаммов и поиска генов устойчивости к ВЗКМО у представителей семейства Тыквенные. Еще в году Майером был открыт ВТМ. ВТМ, как и. ВЗКМО, представляет собой простую палочковидную частицу x0 нм. Вирус имеет широкий круг хозяев так, в году Холмс установил, что 9 из 0 видов покрытосемянных, относящихся к семействам, могут быть поражены ВТМ. Правда, у 0 из этих видов инфекции подвергался только инокулированный лист, и не наблюдалось системного распространения вируса по растению. Исследованные виды растений сильно отличались по способности поддерживать репликацию ВТМ многие, включая папоротников, поддерживали репликацию на очень низком уровне данные взяты из vv. ВТМ встречается везде, где выращивается табак и другие растенияхозяева. ВТМ может быть окрашивание жилок и некротическая реакция. ВТМ, также как и ВЗКМО. Существует несколько растенийтестеров для ВТМ. На табаке ii различных сортов, в том числе Самсун без гена устойчивости к ВТМ, пп и Ксанти, ВТМ проявляется в виде системной инфекции и мозаичных симптомов. На других тестерах табаке клейком . Самсун с геном устойчивости к ВТМ и Ксантипс, на фасоли обыкновенной vi сорта Пинто и лебеде i i, инфекция ВТМ вызывает образование некрозов на инокулированном листе при температуре ниже С. Па табаке лесном . Известно большое количество штаммов ВТМ. Типичным является выделенный из табака штамм В ТМ v, обозначаемый также как 1. Некоторые штаммы, которые первоначально относились к ВТМ, впоследствии выделили в отдельный вид. К примеру, штамм ВТМ из подорожника, инфицирующий также наперстянку, настурцию, смолевку белую, васаби и гулявник, сейчас является отдельным видом, обозначаемым как вирус мозаики подорожника согласно данным Международного комитета таксономии вирусов . IVIvix. То же произошло и со штаммами ВТМ, выделенными из томата. Сейчас их выделяют в отдельный вид, вирус мозаики томатов ВМТо, насчитывающий порядка изолятов. В году Дорохов с соавторами изолировали штамм ВТМкр, поражающий Крестоцветные v . Данный штамм интересен тем, что поражает резушку Таля ii i, у которой полностью определена первичная структура генома. Как и в случае с ВЗКМО, основным критерием принадлежности штамма к ВТМ является сходегво нуклеотидных последовательностей геномов и аминокислотных последовательностей белков не менее нового изолята с типичными представителями вида. ВТМ является удобным объектом для исследований, так как накапливается в больших количествах и поражает модельный объект молекулярной генетики табак. Как отмечалось выше, многое известно о геномной организации ВТМ, его цикле репродукции и взаимодействии с хозяином.