Структурно-функциональные различия HMS-области генома Yersinia pestis и Yersinia pseudotuberculosis

• Автор: Сухоносов, Илья Юрьевич
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 161 с. : 40 ил.

1.1 .Современные классификации патогенных иерсиний возбудителей чумы и псевдотуберкулеза

1.2.0бласть пигментации патогенных иерсиний структура и функции

1.2.1 .Организация области iiii 1.2.2.0рганизаиия области ii i

1.2.3.Мутации, возникающие в пределах области хромосомы у природных штаммов ii i и ii i
1.3.Полимеразная цепная реакция как метод молекулярной индикации и идентификации чумного микроба

1.3.1.Полимеразная цепная реакция и е модификации

1.3.2.Индикация и идентификация iii методом полимеразной цепной реакции

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕД0ВАИЯ ГЛАВА 2.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 .Бактериальные штаммы

2.2.Питательные среды, препараты и реактивы

2.3.Методы исследований

ГЛАВА 3.ХАРАКТЕРИСТИКА КОЛЛЕКЦИИ ШТАММОВ ЧУМНОГО И ПСЕВДОТУБЕРКУЛЕЗНОГО МИКРОБОВ РАЗНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ ПО ПРИЗНАКАМ, АССОЦИИРОВАННЫМ С ОСНОВНЫМИ ДЕТЕРМИНАНТАМИ ВИРУЛЕНТНОСТИ
3.1 .Характеристика штаммов чумного микроба, использованных для изучения распространения аллелей вариабельных локусов региона области пигментации
3.2.Характеристика штаммов псевдотуберкулезного микроба, использованных для изучения распространения аллелей вариабельных локусов шЮУРО региона области пигментации ГЛАВА 4.ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВАРИАЦИИ РЕГИОНА киЮ УРО ОБЛАСТИ ПИГМЕНТАЦИИ У ШТАММОВ ЧУМНОГО И ПСЕВДОТУБЕРКУЛЕЗНОГО МИКРОБОВ РАЗНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ
4.1.Тактика поиска и выявление различий в регионе шОУРО у штаммов чумного и псевдотуберкулезного микробов разного происхождения
4.2.ПЦР анализ вариабельных областей 1 и 2 шЮУРО региона у штаммов чумного микроба разного происхождения и штаммов псевдотуберкулезного микроба
4.3.ПЦР анализ вариабельной области 3 шЮ УРО 0 региона у штаммов чумного микроба разного происхождения
4.4.ПЦР анализ вариабельной области 3 шЛ1УРО региона штаммов псевдотуберкулезного микроба из разных географических регионов
4.5.Г1ЦР анализ вариабельной области 4 шОУРО региона у штаммов чумного микроба разного происхождения
ГЛАВА 5.ОПРЕДЕЛЕНИЕ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ВАРИАБЕЛЬНЫХ ОБЛАСТЕЙ РЕГИОНА киК УРО
5.1.Определение и сравнение нуклеотидных последовательностей гена
порина УРО чумного и псевдотуберкулзного микробов,
выделенных в разных географических регионах
5.1.1.Нуклеотидная последовательность интактного гена порина и
первичная структура порина чумного и псевдотуберкулзного
микробов
5.1.2.Нуклеотидная последовательность трункированных генов порина порина чумного и псевдотуберкулзного микробов 5.2.0пределение и сравнение нуклеотидных последовательностей оперона штаммов ii i, выделенных в разных географических регионах
ГЛАВА 6.РАЗРАБОТКА ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫХ ПЦР СИСТЕМ ДЛЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ВИРУЛЕНТНЫХ И АВИРУЛЕНТНЫХ ШТАММОВ ЧУМНОГО МИКРОБА РАЗНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ
6.1 .Мультиплексная ПЦР система для дифференциации вирулентных и авирулентных штаммов чумного микроба разного происхождения
6.2.Разработка ПЦР для дифференциации авирулентных вследствие потери области пигментации и вирулентных штаммов клонов чумного микроба
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ


Кроме перечисленных подвидов чумного микроба существует еще одна группа штаммов i из Таласского высокогорного очага. Эти штаммы не представлены в. Впервые. Таласском Алатау летом года от красных сурков . Как и штаммы всех неосновных подвидов таласские штаммы глицеринпозитивны, рамнозопозитивны, вирулентны для белых мышей и авирулентны или слабое вирулентны для морских свинок. Питательные потребности таласских штаммов близки к потребностям штаммов гиссарского. Недавно китайскими учеными описана группа штаммов, изолированных от полевокБрандта и. Этиг штаммы ферментируют глицерин, мелибиозу, рамнозу, не ферментируют арабинозу, их рост зависит от. Классификация штаммов. К i основывается на их антигенной структуре. В настоящее время обнаружены. Среди серотипов 1 и 2 выделяют подсеротипы а,. Ь. с среди серотипов 4 и 5 подсеротипы а и Ь. Серологическую классификацию У. Оантигенов и жгутиковых . Второе место занимает 3й серотип ,8 штаммов, третье 4й серотип около 1. Псевдотуберкулезный микроб в отличие от чумного микроба обладает подвижностью и не нуждается в дополнительных факторах роста, способен усваивать азот, углерод, фосфор, серу, железо из неорганических соединений, содержащих эти элементы. Штаммы псевдотуберкулезного микроба разных серотипов обладают одинаковыми биохимическими свойствами, поэтому их невозможно разделить на биотипы Биохимические свойства сохраняют стабильность в течение десятилетий . Все штаммы псевдотуберкулезного микроба расщепляют глицерин рамнозу, арабинозу, мелибиозу, проявляют уреазную и нитрифицирующую активности. По данным М. О серотипа 1,5 тысяч лет назад . Основными факторами вирулентности двух филогенетически близких видов i и i являются осгров высокой патогенности и плазмида кальцийзависимости . Существуют структурные и функциональные различияэтих важных детерминант на видовом и подвидовом уровне. Однако эти особенности не в одинаковой степени охарактеризованьь для разных биоваров, подвидов чумного микроба и серотипов псевдотуберкулезного микроба. Выживание и интенсивное размножение патогенных иерсиний ii i, ii i, ii ii в организме теплокровных хозяев возможно только при наличии у них генов, отвечающих за ассимиляцию железа. Железо входит в состав животных белков гемоглобина, цитохромов, ферригина, каталазы, трансферрииа, лактоферрина и других белков , . В организме теплокровных количество свободных ионов железа невелико. В ответ на внедрение патогена защитная система
макроорганизма высвобождает большие количества свободного лактоферрина конкурентно связывающего ионы железа, а образовавшийся комплекс поглощается лейкоцитами, снижая концентрацию свободных ионов железа до
мМ 6, 7. Приспосабливаясь к паразитическому образу жизни, микроорганизмы приобрели разнообразные системы потребления железа. У чумного микроба описаны пять систем потребления железа , , , и . Все эти системы контролируются белком , 2, 8, 1, 4. В условиях среды богатой железом белок связывает бивалентные ионы железа, приобретает конфигурацию, способную связываться последовательностью ДНК и ингибирует транскрипцию гена или оперона, содержащих эту последовательность. При недостатке железа белок не связывает ионы железа и регулируемые гены экспрессируются. Все системы, извлекающие железо, у патогенных иерсиний можно разделить на четыре типа 3. Первая группа включает генов, кодирующих компоненты системы сидерофорзависимого транспорта. Второй тип представлен у штаммов энтеропатогенных иерсиний хромосомными опероиами и V, функционирующими при температуре С 0, 1. У возбудителя чумы аналогичный оперон обозначен V 6. Третий тип включает и опероны. Локус состоит из пяти генов двух разных оперонов и Е. Больший оперон представляет собой транспортную систему для ионов железа III и марганца в клетку при температуре С , . Утрата системы вызывает только 0 кратное повышение значения по сравнению с исходным штаммом при подкожном способе заражения . Локус содержит три гена А, В и С 4. Обе системы принадлежат к системам транспорта металлов, зависимым от связывающих белков . Четвертый тип представляет собой xx комплекс 4, 0.