Молекулярно-генетическая характеристика вариантов вируса гепатита С, циркулирующих в Санкт-Петербурге

• Автор: Калинина, Ольга Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 151 с. : ил

Оглавление
Введение

Г лава 1. Обзор литературы

1.1. Современные представления о вирусе гепатита С и методах

его детекции

1.1.1. Молекулярная биология вируса гепатита С

1.1.2. Методы выявления ВГС

1.2. Молекулярная эпидемиология гепатита С

1.2.1. Вариабельность вирусного генома. Генотипы ВГС

1.2.2. Генотипы и генетическая гетерогенность ВГС как эпидемиологические маркеры

1.3. Заключение

Глава 2. Материалы и методы исследования
2.1 Образцы сыворотки крови
2.2 Образцы биоптатов печеночной ткани
2.3 Выделение РНК ВГС
2.3.1. Выделение РНК ВГС из сыворотки крови с использованием раствора гуанидинизотиоционата
2.3.2. Выделение РНК ВГС из сыворотки крови с использованием коммерческого набора реагентов фирмы С1аОепе
2.3.3. Выделение РНК ВГС из биоптатов печеночной ткани с использованием реагента Тпго
2.4. Амплификация фрагментов генома ВГС методом О ГЦР
2.4.1. Синтез кДНК на матрице РНК ВГС
2.4.2. Амплификация кДНК методом гнездной ПЦР
2.5. Анализ полиморфизма длин фрагментов рестрикции амплифицированных участков генома ВГС РСИЮР
2.6. Определение нуклеотидных последовательностей участков
генома ВГС методом лимитированного ссквенирования
2.7. Анализ нуклеотидных последовательностей Глава 3. Генотипирование вариантов ВГС, циркулирующих в СанктПетербурге, методом РСЯЮР
3.1. Обоснование выбора метода генотипирования ВГС
3.2. Генотипирование изолетов ВГС, полученных из образцов сыворотки крови, методом РСКЯНЬН
3.3. Генотипирование изолятов ВГС, полученных из образцов биоптатов печеночной ткани, методом РСВИЛР
Глава 4. Распространение субтипов ВГС среди различных категорий населения СанктПетербурга по данным филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей из В области генома ВГС
4.1. Генотипирование и филогенетический анализ изолятов ВГС, полученных от пациентов инфекционных отделений
4.2. Генотипирование и филогенетический анализ изолятов ВГС, полученных от антиВГС позитивных пациентов ОГД
Глава 5. Определение гомологии между вариантами ВГС, циркулирующими в СанктПетербурге
5.1. Определение гомологии между изолятами ВГС различных субтипов
5.2. Определение гомологии между изолятами ВГС субтипа , выделенных от антиВГС позитивных пациентов ОГД
Глава 6. Сопоставление результатов генотипирования изолятов ВГС по данным метода РСКЯПР и анализа нуклеотидных последовательностей участков их генома. Поиск рекомбинантов ВГС
6.1. Сопоставление результатов генотипирования изолятов ВГС по данным метода РСЯЛГЪР и филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей из области их генома
6.2. Сопоставление результатов генотипирования изолятов ВГС но данным метода РСЯЯРЬР и филогенетического анализа
нуклеотидных последовательностей из и ГКсоге областей их генома
6.3. Поиск рекомбинантов ВГС
Глава 7. Обсуждение полученных результатов
7.1. Определение субтипов ВГС, циркулирующих в СанктПетербурге
7.2. Определение генетических взаимоотношений между изолятами ВГС, выделенными от антиВГС позитивных пациентов различных стационаров
7.3. Изучение возможности смешанной инфекции, обусловленной различными вариантами ВГС, и рекомбинации между геномами изолятов ВГС разных генотипов
Выводы
1 риложсние
Список литературы


Пастера 1й и 2й учебные семинары для врачейэпидемиологов Эпидемиология вирусных гепатитов и эпидемиологический надзор за этими инфекциями в современный период, СПб, , . Полученные результаты используются в работе кафедр и клиник инфекционных болезней ВоенноМедицинской Академии и СанктПетербургского Медицинского Университета нм. Акад. И.П. Павлова. В настоящее время в СанктПетербурге циркулирует 7 субтипов вируса ГС 1а, , 2а, 2с, 2к, За и 4а. При этом субтип За доминирует у больных ГС, поступавших на лечение в инфекционные отделения стационаров города. В то же время ВГС субтипа продолжает оставаться наиболее распространенным у пациентов отделений хронического гемодиализа. Наряду с разнообразными вариантами вируса ГС субтипа , встречающимися у больных ГС и родственными европейским и азиатским вариантам ВГС, в СанктПетербурге сформировались собственные варианты ВГС субтипа За, отличные от большинства европейских и азиатских вариантов данного субтипа. В отделениях хронического гемодиализа возможно формирование внутригоспитального варианта ВГС субтипа , отличающегося от вариантов этого субтипа, выявляемых у больных инфекционных стационаров. При гепатите С существует смешанная инфекция, обусловленная несколькими субтипами вируса, а также возможна рекомбинация между геномами изолятов, принадлежащих к различным генотипам ВГС. Глава 1. Гепатит С стал доступным для изучения около лет назад и сразу привлек к себе огромное внимание . Такой интерес к изучению ГС определяется прежде всего его широкой распространенностью. При этом по сравнению с другими возбудителями вирусных гепатитов, ВГС обладает наиболее высоким хроногенным потенциалом . Соринсон С. Н. и др. Соринсон С. Н., А. Р. . М., i . Больные хроническим ГС всегда потенциально опасны как источники инфекции Шахгильдян И В. Соринсон С. Н., . Открытие или австралийского антигена . В и идентификация вируса гепатита А i . ГВ и ГА. После внедрения их в практическое здравоохранение, в частности для проверки донорской крови, стало очевидным, что более ПТГ вызываются не этими вирусами, но и не другими известными гепатотропными вирусами, такими как вирус ЭпштейнаБарр или цитомегаловирус. Возбудитель, ответственный за развит ие ПТГ и названный вирусом гепатита ниА,ииВ, стал предметом поиска в течение последующих десятилетий. Многочисленные попытки выявить специфические серологические маркеры данного возбудителя оставались безуспешными. В е годы осуществлялись попытки клонировать геном вируса ниА,ниВ из сыворотки крови или печени инфицированных шимпанзе. Достаточно быстро было установлено, что концентрация специфической нуклеиновой кислоты вируса в образцах соответствует низшему пределу для определения методом классической гибридизации. Группе . СЮт1, и использовать этот материал как источник нуклеиновой кислоты для клонирования. Комплементарную ДНК кДНК клонировали в экспрессирующий вектор, бактериофаг , и банк рекомбинантов анализировали с помощью сывороток крови, полученных от больных хроническим ПТГ ниА,ниВ и шимпанзе с хроническим гепатитом ниА, ниВ. Из 6 исследуемых клонов, только один экспрессировал полипептид, реагировавший с сыворотками крови различных пациентов. В дальнейшем методом , используя клонированную кДНК, в биоитатах печени инфицированных шимпанзе определили присугсгвис позитивной цепи РНК длиной около 0 нуклеотидов геном ранее неизвестного вируса, названного затем вирусом ГС . Впоследствии вирус ГС был визуализирован с использованием имунноэлектроиной микроскопии в препаратах человеческой плазмы. Он представляет собой сферическую частицу около i в диаметре i М. Организация генома см. С позволила отнести его к семейству Флавивирусов vivii. Схожие нуклеотидные последовательности у вируса ГС, псстивирусов и флавивирусов были найдены в районе активного сайта РНКполимеразы, которую кодирует 5 ген. Для определения взаимоотношений между этими вирусами был выполнен филогенетический аначиз на основе 5 участка генома рис. Наиболее близкородственным ВГС является V вирус, гспатотропный вирус, который инфицирует обезьян и обладает сходной структурой организации 5 района генома, наряду с пестивирусами рис.