Молекулярно-генетические подходы к изучению РНК-содержащих вирусов на моделях морбилливируса байкальской нерпы и вируса клещевого энцефалита

• Автор: Беликов, Сергей Иванович
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Иркутск
• Количество страниц: 234 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 1. Таксономия вирусов.

ГЛАВА 2. Род iivi организация генома, структурные белки,

транскрипция и репликация.

ГЛАВА 3. Род vivi организация генома, структурные белки и

репликация флавивирусной РНК.

ГЛАВА 4. Методы молекулярной биологии, используемые для

анализа нуклеотидной последовательности вирусного РНК

4.1. Получение к ДНК на основе вирусной РНК

4.2. Методы определения нуклеотидных последовательностей
4.3. Методы построения филогенетических схем.
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЛАВА 5. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.
5.1. Материалы.
5.2. Методы
ГЛАВА 6. Идентификация неизвестного патогена, вызвавшего
эпизоотию байкальской нерпы, методом гибридизации
нуклеиновых кислот
6.1. Выбор олигонуклеотидных зондов для обнаружения РНК
вируса чумы плотоядных.
6.2. Гибридизация РНК из тканей нерпы, имеющей
клиническую картину заболевания, характерную для вируса чумы плотоядных
6.3. Сравнительная гибридизация РНК, выделенных от погибших животных и животных без клинических проявлений инфекции.
6.4. Оптимизация условий гибридизации, выбор эффективных
6.5. Оценка уровня зараженности популяции нерпы
6.6. Выявление уровня гомологии между вакцинным штаммом
V и вирусом байкальской нерпы.
ГЛАВА 7. Определение и сравнительный анализ нуклеотидных
последовательностей морбилливирусов.
7.1. Определение и сравнительный анализ нуклеотидных
последовательностей фрагментов гена изолята вируса от байкальской нерпы и вакцинных штаммов V.
7.2. Определение и сравнительный анализ нуклеотидных
последовательностей фраг ментов гена Р вируса от байкальской нерпы, вакцинных штаммов V и изолятов V от животных.
7 3. Анализ нуклеотидной и аминокислотной
последовательностей генов и белков Р, С и V.
7.4. Анализ нуклеотидной и аминокислотной
последовательностей гена Н белка гемагглютинина.
7.5. Изучение структуры фрагмента гена Р изолятов вируса байкальской нерпы в течение летнего периода от
начала эпизоотии
ГЛАВА 8. Молекулярногенетическое изучение вируса КЭ,
циркулирующего на территории России
8.1. Определение структуры фрагмента гена Е
8.2. Филогенетический анализ
8.3. Анализ аминокислотной структуры фрагмента белка Е . .
ГЛАВА 9. Определение гетерогенности популяции вируса на
территории России методом гибридизации.
9.1. Усовершенствование подходов к количественному анализу данных гибридизационных тестов
9.2. Генетическая гетерогенность ш таммов вируса, вызвавших заболевание различной тяжести у больных людей
9.3. Сравнительный анализ гетерогенности региональных вирусных популяций
9.4. Различия в генетических вариантах вируса КЭ, выделенного от клещей и животных в ПрибайкальеЗабайкалье
9.5. Поиск корреляции между вирулентностью штамма и данными его гибридизации с различными зондами.
ГЛАВА . Синтез олигонуклеотидов.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Г. Способ синтеза олигополинуклеотидов и устройство для его осуществления Авторское свидетельство 6, , с. Апробация работы и публикации. Материалы диссертации были представлены на Международном симпозиуме iivi ii, v, на второй Верещагинской байкальской международной конференции, Иркутск, на юбилейной научной конференции Природноочаговые болезни человека, Омск, на международной научной конференции Вирусные, риккетсиозные и бактериальные инфекции, переносимые клещами, Иркутск, на научной конференции Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера, Новосибирск, на первой международной конференции iivi i i i, Новосибирск, . По материалам диссертации имеется публикаций, включая монографию 4 статьи в центральной печати, 4 статьи в зарубежной печати и 5 авторских свидетельств. Структура и объем работы. Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы 4 главы, 6ти глав собственных исследований, заключения, выводов и списка использованной литературы 9 отечественных и зарубежных источников и приложения. Объем работы составляет 4 страницы машинописного текста, включающего таблиц и рисунков. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ГЛАВА I. Таксономия вирусов. Для определния таксономического положения вирусов существует несколько методических подходов, принимающих во внимание различные свойства вирусов и основанные на патогенетических и экологических характеристиках, на физикохимических свойствах, на иерархической системе, на типе нуклеиновой кислоты, на стратегии репликации, на симметрии и деталях капсида, на свойствах поверхностного белка и такдалее. В году был образован международный комитет по номенклатуре вирусов, который теперь переименован в Международный комитет по таксономии вирусов. Он предлагает классифицировать вирусы по иерархической системе. Наивысшая ступень семейство ii, затем подсемейство i, которое содержит в названии сочетание vii, затем следует род vi и, наконец, общепринятое название вируса и обозначение конкретного штамма. Например vivii, vivi, i ii vi , i ii vi i i. Эта классификация не учитывает структуру нуклеиновой кислоты вируса, поэтому параллельно существует еще одна система, называемая Балтиморской классификацией рис. В этой класификации учитывается вирусный геном, точнее тип нуклеиновой кислоты, и вирусы подразделяются на 7 классов, в том числе, на ДНКсодержащие вирусы с одноцепочечной и или двухцепочечной ДНК и на РНКсодсржащис вирусы с двухцепочсчпой РНк и одноцепочечной РНК разной полярности плюс или минус цепь. Гак как исследуемые нами вирусы относятся к классам IV и V , ниже приведен состав этих классов рис. Рис. Схематическое изображение, иллюстрирующее Балтиморскую классификацию вирусов животных и человека. Рис. РНКсодержащие вирусы, входящие в классы IV и V по Балтиморской классификации. ГЛАВА 2. Род iivi представляет собой небольшую группу внутри подсемейства xvii i, , относящемуся к V классу вирусов по Балтиморской классификации. К этому классу отнесены вирусы, содержащие одноцепочечную, минус цепь РНК. Подсемейство xvii выделено недавно и в него, кроме рода iivi, входят еще две группы вирусов род vi и род xvi, ранее составлявшие один род xvi. К рабулавирусам относятся вирусы парагриппа человека типов 2, 4, вирус болезни Ньюкастла, вирус свинки и др. Сендай вирус и др. Подсемейство xvii вместе с другим подсемейством vii входят в свою очередь в семейство xvii. По более ранней классификации в состав семейства xvii входил род vi. Таким образом, семейство парамиксовирусов включало 3 рода вирусов xvi, vi и iivi Сиссонс, Мауо, . До недавнего времени вплоть до г. V вирус крупных парнокопытных, вирус чумымелких жвачных V, вызывающий заболевание у овец, коз и др. V классический вирус чумки собак, поражающий большинство семейств отряда хищных iv. Наиболее древними из этих вирусов являются вирус кори и вирус крупного рогатого скота, известные ещ со века нашей эры i, , ii, . Вирус чумы плотоядных более молодой, возраст его составляет примерно 0 лет , . И, наконец, сравнительно недавно в г.