Исследование полиморфизма генов ариламин N-ацетилтрансфераз и ассоциации полиморфных вариантов с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска

• Автор: Никишина, Марина Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 125 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений.

Введение.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Структурные характеристики белков .

1.2 Структурные особенности генов .

1.3 Реакция ацетилирования и субстратная специфичность ариламин ацетилтрансфераз

1.4 Аллели Т2 человека

1.5 Аллели человека.

1.6 Тканевая и органная локализация .

1.7 Роль негенетических факторов в регуляции активности .

1.7.1 Влияние препаратов на активность 1 и 2.
1.7.2 Изменение активности при некоторых заболеваниях
1.8 Ассоциация полиморфизма и полифакторных заболеваний.
1.8.1 Полиморфизм и рак легкого.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Объект исследования.
2.2 Материалы.
2.3 Методы
2.3.1 Подбор эндонуклеаз рестрикции
2.3.2 Сравнение нуклеотидных последовательностей генов .
2.3.3 Выделение ДНК из цельной крови.
2.3.4 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов.
2.3.5 Полимеразная цепная реакция
2.3.6 Ферментативный гидролиз.
2.3.7 Анализ продуктов ферментативного гидролиза
2.3.8 Статистическая обработка полученных данных
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ.
3.1 Оптимизация набора эндонуклеаз рестрикции для выявления полиморфных вариантов генов .
3.1.1 Выявление полиморфизма С0Т гена .
3.1.2 Выявление полиморфизма Л гена 1.
3.1.3 Выявление полиморфизма А2Т гена 1.
3.1.4 Выявление полиморфизмов С0Т и 1А гена 2
3.1.5 Выявление полиморфизмов 7, Т9С и 9 гена 2
3.1.6 Выявление полиморфизма С1Т гена 2.
3.2 Поиск новых полиморфизмов в гене 2
3.3 Полиморфизм генов Тв контрольной выборке европеоидов
г. Новосибирска
3.3.1 Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов гена I
в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска
3.3.2 Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов гена
в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска
3.4 Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена 2 и их комбинаций с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска
3.4.1 Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена
с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска
3.4.2 Анализ ассоциаций комбинаций генотипов гена 2 с раком легкого
у европеоидов г. Новосибирска
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ.
4.1 Оптимизация набора эндонуклеаз рестрикции для выявления полиморфных вариантов генов Т методом ПДРФанализа
4.2 Поиск новых полиморфизмов в гене 2
4.3 Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов генов
в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска
4.4 Исследование ассоциаций полиморфных вариантов гена 2 и их комбинаций
с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска
Заключение.
Выводы.
Список литературы


Впервые предложен способ обнаружения полиморфизма Д гена 1 методом ПДРФанализа и предложены способы однозначного определения полиморфизмов А2Т гена 1 и С0Т, 7 гена 2 этим методом. Предложенные способы ПДРФанализа позволяют различать полиморфизмы С0Т и 1 7 и Т9С, 9 гена 2. Впервые в России охарактеризована частота встречаемости полиморфных вариантов СТ, С0Т, 0,1, Т2С, А2Т и Д гена 1 и С0Т, 1, А4С, С9Т, Т9С, 9 гена 2. Впервые у европеоидов Западной Сибири определены частоты встречаемости полиморфных вариантов С2Т, 3 и 7 гена 2. Установлено, что аллель 3 гена 2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого. Генотип 3АА у мужчин, в том числе курящих, ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого. Комбинация генотипов гена 2 20137 ассоциирована с устойчивостью к раку легкого, а комбинация 20137 ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого. Предложены новые способы ПДРФанализа генов 4 Г, которые позволяют однозначно определить полиморфизмы А2Т гена и С0Т, 7 гена 2, а также различить полиморфизмы С0Т и 1 7 и Т9С, 9 гена 2. Эти способы применимы в исследованиях, направленных на изучение функциональных проявлений полиморфизмов генов кинетических характеристик аллозимов и популяционногенетических исследованиях. Полученные данные о распределении аллелей и генотипов полиморфных вариантов у жителей г. Новосибирска представляют интерес для геногеографических и генетикоэпидемиологических исследований широко распространенных заболеваний человека. ВУЗов. Предложенные способы ПДРФанализа позволяют однозначно определять полиморфизмы С0Т и 7 гена 2 и А2Т гена 7, а также различать полиморфизмы С0Ти 1 7 и Т9С, 9 гена 2. Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов генов 1 и 2 у европеоидов г. Новосибирска соответствует таковому в других популяциях европеоидов. В европеоидной популяции г. Новосибирска аллель 3 гена 2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого. Генотип 3АА у мужчин, в том числе курящих, ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого. Комбинация генотипов 20137 гена 2 в исследованной популяции ассоциирована с устойчивостью к раку легкого, а комбинация 20137 ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого. Материалы исследования были представлены на III съезде биохимического общества СанктПетербург, 8ой Международной Пущинской школеконференции молодых ученых Биология наука XXI века Пущино, на Российской научнопрактической конференции, посвященной летию НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН Современное состояние и перспективы развития клинической онкологии Томск, на V молодежной научной конференции СО РАМН Фундаментальные и прикладные проблемы современной медицины Новосибирск, . Публикации По материалам диссертации опубликовано работ из них 4 в рецензируемой печати. ГЛАВА 1. Ариламин ацетилтрансферазы обнаружены у многих видов от бактерий до человека. Эти ферменты осуществляют перенос ацетила от ацетилСоА на аминогруппу соединений, принадлежащих к классам ароматических аминов, гетероциклических аминов и гидразинов. i . . Реакция ацетилирования катализируется двумя цитоплазматическими ацетилтрансферазами Е. ацетилтрансферазой I Тина 1 и ацетилтрансферазой II Типа 2. Гены, кодирующие данные белки, впервые были открыты в г. . . а i . Секвенирование последовательностей 1 и 2 выявило наличие аллельных вариантов, которые i viv оказывают влияние на активность соответствующих белков. 2 Vi . 1 . . i . Еще в г. . . . кролика показали, что один из остатков цистеина играет важную роль в активности. , известных к настоящему времени. При помощи сайтнаправленного мутагенеза показано, что остаток ii . человека , , , и хомяка .