Изучение РНК-белковых взаимодействий в аналогах 3ОS-инициаторного комплекса рибосом Е. coli

• Автор: Наргизян, Маги Гегамовна
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1984
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 140 c. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

Глава I. СУБЧАСТИЦА РИБОСОМ Б.i

Обзор литературы

1.1. Функции 5 субчастицы в процессе инициации трансляции .

1.2. Структура В субчастицы.

1.2Л. Пространственная структура I6 РНК. .

1.2.2. Белки субчастицы.

1.2.3. Модели субчасткцы .

1.2.4. Расположение рибосомных белков в составе субчастицы

1.2.5. Расположение 6 РНК в составе

субчастицы.
1.2.6. Участки связывания лигандов на
суб частице
1.3. Конформационные изменения 6 субчастицы. .
Глава II. ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ I6 РНК И тРНК
с ривосалными БЕЛКАМИ методом уфинду
ЦИР0ВАННЫХ РНКБЕЛКОВЫХ СШИВОК.
Обсуждение результатов.
2.1. Метод УФиндуцированных полинуклеотид
белковых сшивок.
2.1.1. Принцип метода
2.1.2. Применение метода УФиндуцированных
2.1.3. Двухкомпонентные нуклеопротеидные комплексы
2.1.4. Многокомпонентные нуклеопротеиды. .
2.2. РНКбелковые контакты в аналогах 6
инициаторного комплекса.
2.2.1. Введение
2.2.2. Получение и характеристика тройных комплексов
2.2.3. Условия облучения и характеристика
облученных тройных комплексов.
2.2.4. Определение белков субчастицы рибосом .i пришивающихся к I6
в составе комплексов 1,,1. . .
2.2.5. Определение рибосомных белков, приши
вающихся к тРНК в составе комплексов 1,, III.
2.3. Получение и свойства мономеркурированп
ной тРНК
2.3.1. Меркурирование тРНК.
2.3.2. Демеркурирование полимеркурированной
тИЖ в неденатурирующих и денатурирующих условиях
2.3.3. Свойства мономеркурироваиной тРНК .
2.3.4. Взаимодействие с белками немодифицированной и мономеркурированной i в комплексе с полкзаряженными субчастицами рибосом .i
Глава III. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
ЛИТЕРАТУРА


Целью образования инициаторного комплекса является размещение в Ручастке рибосомы истинного инициаторного кодона. , гораздо реже инициация начинается с , еще реже с 6 и только в одном случае с 7. Второй доказанной на сегодняшний день областью связывания мРНК с рибосомой является так называемая последовательность ШайнДальгарно. В г. Шайн и Дальгарно постулировали возможность образования при инициации спаренного участка, включающего полипуриновнй участок, находящийся с 5конца мРНК недалеко от инициаторного кодона, и полипиримидиновый участок, расположенный недалеко от 3конца I6 РНК , Стейц и Джейкс получили первое экспериментальное подтверждение этой гипотезы инициаторный комплекс, образованный i vi рибосомой . РЗ фрагментом начала цистрона Абелка РНКколифага , обрабатывали колицином ЕЗ эта нуклеаза делает I разрыв, отсекая от 3конца РНК фрагмент в нуклеотидов. РНК. В дальнейшем был получен ряд экспериментальных данных, также подтверждающих эту гипотезу . Эффективность взаимодействия ШайнДальгарно определяется 3мя параметрами длиной спаренного участка, расстоянием между спаренным участком и инициаторным кодоном и вторичной структурой фрагмента мРНК, содержащего этот участок. рибосомой и iтРНК показывает, что длина спаренного участка от 3х до 9 нуклеотидов . Расстояние между спаренным участком и инициаторным кодоном величина критическая, оптимальное расстояние 72 нуклеотида . В мутантах с расстоянием более 9 или менее 5 нуклеотидов подавлена трансляция. И наконец, III параметр, влияющий на эффективность взаимодействия ШайнДальгарно, это степень экспонированности этой последовательности и инициаторного кодона во вторичной структуре мШК. Ясно, что, чем более экспонированы на поверхности мРНК последовательность ШайнДальгарно и инициаторный кодон, тем эффективнее инициация, и это показано в ряде работ напр. Это может объясняться динамичной конформацией мРНК рибосома связывается с мРНК, когда последняя находится в более открытой конформации. Достаточно ли рибосоме для выбора правильного места связывания экспонированного инициаторного кодона и расположенной на оптимальном расстоянии от него экспонированной последовательности ШайнДальгарно Такой вывод можно сделать из работ, в которых получены мутанты с делениями целых блоков нуклеотидов в области, расположенной сразу перед последовательностью ШайнДальгарно, что не сказалось на их способности к трансляции ,. Альтернативной точки зрения придерживается Голд с сотр. РНК существуют дополнительные детерминанты узнавания. Они основывают сво мнение на отсутствии корреляции между эффективностью трансляции и силой взаимодействия ШайнДальгарно. Однако, авторы игнорируют роль конформации мРНК в регуляции доступности для рибосомы потенциальных сайтов инициации. Шерер и др. А в инициаторном кодоне считается 1, кодон от 1 до 3 и наблюдали общие структурные элементы на участках слева и справа от кодона инициации. Стормо и др. Авторы предположили, что некоторые, если не все, из этих неслучайных нуклеотидов могут участвовать в процессе узнавания рибосомой мРНК. Еэкой статистический анализ имеет ряд ограничений не учитывается роль высшей структуры мРНК инициаторных областей, а также данные об относительной эффективности трансляции в разных инициаторных областях, т. И в заключение, остановимся на связывании инициаторной тРНК в ЗОбинициаторном комплексе. До того, как мы перейдем к этому вопросу, напомним, что общепринятой в настоящее время является двухсайтовая модель функционирования рибосомы Уотсона , по которой на рибосоме одновременно существует два участка связывания тРНК Асайт участок связывания аминоацилтРНК в претранслокационном состоянии рибосомы и Рсайт участок связывания тРНК в посттрзнслокационном состоянии рибосомы. Это функциональные определения А и сайтов. Сайт в физическом, структурном понимании это совокупность участков или фрагментов компонентов рибосом, сближенных, контактирующих, т. РНК и мРНК.