Изучение взаимодействия TFIID - общего фактора транскрипции и PBAP - комплекса, ремоделирующего хроматин

• Автор: Сошникова, Наталия Валерьевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 91 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений

Введение

Обзор литературы

1. Общие принципы инициации транскрипции

1.1. Организация промотора

1.2. Нуклеосомная организация промотора

1.3. Сборка преинициаторного комплекса

2. Общий фактор транскрипции ТИП

2.1. ГВР

2.2. Структура ТНГО

2.3. Ферментативные активности субъединиц ТРГГ
3. Ремоделирование хроматина
3.1. Классификация ремоделирующих комплексов
3.2. семейство
3.3. Доменная структура субъединиц ВАР и РВАР комплексов
3.3.1. Домены, опосредующие белковые взаимодействия
3.3.2. ДНКсвязывающие домены
3.3.3. Актин как компонент ЭХУТБОТ комплексов
3.4. Функции ВАР и РВАР комплексов
3.5. Механизм действия 8Ш18 комплексов
4. Упорядоченное рекрутирование генспсцнфичный механизм активации транскрипции
Экспериментальная часть
1. Объекты и задачи исследования
2. Материалы и методы
2.1. Материалы.
2.1.1. Штаммы и вектора . i.
2.1.2. Клеточные линии.
2.1.3. Работа с дрозофилами
2.1.4. Бактериальные среды
2.1.5. Ферменты и реактивы
2.1.6. Антитела
2.1.7. Праймеры
2.2. Работа с клетками
2.2.1. Трансформация 2 клеток
2.2.2. РНК интерференция
2.3. Работа с ДНК
2.3.1. Приготовление компетентных клеток
2.3.2. Трансформация бактерий
2.3.3. Щелочное выделение плазмидной ДНК
2.3.4. Обработка ДНК рсстриктазами
2.3.5. Лигирование
2.3.6. Выделение геномной ДНК из мух
2.3.7. Гельэлектрофорез ДНК.
2.3.8. ПЦР
2.3.9. Ссквенирование ДНК
2.4. Работа с РНК
2.4.1. Получение двухцепочечной РНК
2.5. Работа с белками
2.5.1. Экспрессия и очистка рекомбинантных белков
2.5.2. Получение антител и их очистка
2.5.3. Белковый гельэлектрофорез
2.5.4. Вестернблот анализ
2.5.5. Соосаждение беклов антителами иммунонреципитация
2.5.6. Дотблот анализ
2.5.7. Получение белковых экстрактов из 2 клеток
2.5.8. Выделение эмбрионального ядерного экстракта
2.5.9. Хроматографическая очистка комплекса
2.5 Гельфильтрация
2.5 Фингерпринтный анализ с использованием I массспектроскопии
2.6. Иммуноокрашивание полнтенных хромосом
2.7. Хроматиниммунопреципитация СЫР
2.8. Использованное программное обеспечение.
3. Результаты
3.1. Очистка содержаще о комплекса из ядерного экстракта эмбрионов
3.2. Анализ компонентов комплекса
3.2.1. Результаты фингерпринтного анализа с использованием I массспектроскопин
3.2.2. Коиммунопреципитация компонентов комплекса
3.2.3. Истощение
3.3. Иммуноокрацшвание политенных хромосом
3.4. Распределение компонентов комплекса на промоторе и кодирующей области
Б АУРзависимых 1енов
3.5. Влияние нокдаунов компонентов комплекса на связывание общего комплекса с промоторами БАУРзависимых генов
3.5.1. Влияние нокдауна ЭАУР на распределение компонентов ТПГО и
РВАР на промоторах 8АУРзависимых генов
3.5.2. Влияние нокдауна ВАР0 на распределение БАУР и компонентов
комплексов ТР1ГО и РВАР на промоторах ЯАУРзависимых генов
3.5.3. Влияние нокдауна ТАР4 на распределение Б АУР и компонентов ТР1ГО и РВАР на промоторах 8АУРзависимых генов
4. Обсуждение результатов
Выводы
Благодарности
Список литературы


Материалы. Штаммы и вектора . i. Клеточные линии. Гельэлектрофорез ДНК. Использованное программное обеспечение. Очистка содержаще II . Универсальная стимулирующая активность Нетранслируемая последовательность Дикий тип тысяч мн. Живые организмы сложно организованные системы, способные хранить и передавать потомкам свою генетическую информацию. Принципы и механизмы реализации наследственной информации интересуют исследователей с момента открытия основного постулата молекулярной биологии ДНКФРНКбелок. Генстичсская информация о структуре отдельных белков и нуклеиновых кислот у всех организмов заключена в молекулах ДНК или РНК в виде последовательностей нуклеотидов, называемых генами. Координированная работа экспрессия большого числа генов возможна лишь благодаря наличию тонких регуляторных механизмов, определяющих место, время и уровень экспрессии конкретного гена или группы генов. Экспрессия генов в эукариотической клетке представляет собой сложный многостадийный процесс, включающий, в себя транскрипцию генов переписывание генетической информации с ДНК на специальные матричные РНК мРНК, процессинг и сплайсинг мРНК модификации мРНК и удаление избыточных частей последовательностей мРНК, экспорт упакованных мРНК из ядра в цитоплазму, трансляцию построение на основе мРНК белковой последовательности и постгрансляционные модификации белков. Важнейшим этапом является транскрипция, осуществляемая главным ферментом ДНКзависимой РНКполимеразой и многочисленными регуляторными белками факторами транскрипции. Факторы транскрипции взаимодействуют с регуляторными нуклеотидными последовательностями генов, друг с другом, с молекулами РНКполимеразы и необходимы для правильного узнавания транскрипционным комплексом регуляторных последовательностей в составе генов, а их координированная работа приводит к повышению или понижению уровня или активации транскрипции соответствующих генов при ответе клеток на внешние или внутренние регуляторные сигналы.