Исследование структурных хромосомных и внехромосомных копий мобильных диспергированных генов дрозофилы

• Автор: Любомирская, Наталия Вениаминовна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1984
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 122 c. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ ГЕНЫ И МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ

ГЕНОМА . Ю

I. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОМ ДРОЗОФИЛЫ.

II. МНОЖЕСТВЕННЫЕ СГРУППИРОВАННЫЕ ГЕНЫ

1. Гены рибосомной и РНК.

2. Гены рибосомной 5 РНК.

3. Гистоновые гены

4. Гены тРНК

III. МОБИЛЬНЫЕ ДИСПЕРГИРОВАННЫЕ ГЕНЫ
1. Общая характеристика структуры и организация в
геноме дрозофилы
2. Транскрипция МДГ.
3. Тонкая структура ДКП и прилежащих к ним участков
IV. ДРУГИЕ ПОДВЖНЫЕ ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЭЛЕМЕНТЫ ДРОЗОФИЛЫ
1. Семейство квэлементов.
2. Рфактор и гибридный дисгенезис .
3. Перемежающиеся повторы .
V. МДГ В ДРУГИХ ОРГАНИЗМАХ. СХОДСТВО МДГ С ПРОРЕГРОВИРУ
САМИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ И ПТИЦ
VI. ВОЗМОЖНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ПЕРЕМЕЩЕНИИ ВДГ.
VII. ВОЗМОЖНАЯ РОЛЬ МДГ.
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
УШ. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
I. Ферменты, меченые предшественники, реактивы и
материалы
Стр.
2. Клетки и среды.
3. Получение ДНК
4. Обработка ДНК энзимами и энзиматические методы мечения ДНК.
5. Фракционирование ДНК.
6. Получение РНК
7. Фракционирование РНК.
8. Гибридизационные процедуры.
РЕЗУЛЬТАТЫ
IX. СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ МОБИЛЬНОГО ДИСПЕРГИРОВАННОГО
ГЕНА ЩИ
1. Рестриктное картирование и определение числа
копий МДГ4 в геноме дрозофилы
2. Организация МДГ4 в геноме дрозофилы
3. Организация ВДГ4 в различных типах клеток
. .
4. Амплификация ГДДГ4 в культуре клеток дрозофилы
5. Транскрипция ЩИ
X. СТРУКТУРА ВНЕХРОМОСОМНЫХ КОПИЙ ГДДГ
1. Обнаружение экстрахромосомных сверхспирализованных кольцевых молекул ДНК дрозофилы, соответствующих ВДП, ЩГЗ, ВДГ4 и i
2. Структурная организация кольцевых молекул ДНК, соответствующих МДП.
3. Структурная организация кольцевых молекул ДНК, соответствующих ВДГ i
4. Структурная организация кольцевых молекул ДНК, соответствующих ЩГЗ.
Стр.
XI. ОБСУЖДЕНИЕ .
1. Особенности структурной организации МДГ4
2. Кольцевая сверхспирализованная ДНК дрозофилы . .
3. Обнаружение и характеристика кольцевых молекул
ДНК различных МДГ
4. Возможные механизмы образования кольцевых молекул
ДНК МДГ
XII. ВЫВОда.
ЛИТЕРАТУРА


Показано, что только один вариант амплифицируется в культуре клеток, и мы предполагаем, что только этот вариант ВДГ4 способен перемещаться. Изучение ВДГ4 в нашей группе развивалось как комплексное исследование, в настоящее время определена первичная структура ДКП и прилежащих к ним участков для нескольких копий ВДП 3 и продемонстрировано сходство их тонкой структуры с ДКП других ВДГ и проретровирусов позвоночных. В ходе этой работы было показано, что рядом с ДКП имеются участки гомологии с тРНК и полипуриновый блок. Значительное сходство ВДГ и проретровирусов не может быть случайным, и поэтому высказывается предположения о том, что они имеет общую природу ,5,. Как известно, проретровирусная ДНК обнаруживается в метках хозяина не только в составе хромосомной ДНК, но также в виде самостоятельных кольцевых сверхспирализованных молекул. В связи с этим нам представлялось интересным выяснить, могут ли ВДГ также существовать в виде экстрахромосомных кольцевых молекул. К моменту начала данной работы Флавелл и ИшХоровиц показали, что ВДГ i обнаруживается в составе кольцевой экстрахромосомной ДНК в культуре клеток . Кс ,, однако, оставалось неясным является ли этот ВДГ исключением, или образование кольцевых ДНК свойственно и другим ВДГ. ВДГ в составе экстрахромосомных кольцевых ДНК двух линий и Кс культуры клеток . Показано, что МДГТ, ВДГЗ и i обнаруживаются в виде кольцевых молекул ДНК в обеих линиях. Кольцевые молекулы ДНК ВД были детектированы только в линии . Исследована общая структура кольцевых молекул этих МДГ, показано, что в основном кольцевые молекулы ДНК этих МДГ содержат только по одному ДКП, кольцевые молекулы ДНК ВДГ i в линии Кс могут быть как с одним, так и с двумя ДКП, что согласуется с результатами, полученными Флавеллом и ИшХоровицем ,. Кроме того мы обнаружили, что помимо полноразмерных кольцевых молекул ДНК гена i в линии имеются также молекулы, содержащие делецию размером примерно 0,4 тпн, причем такие делетированные копии существуют также и в хромосомной ДНК этой линии культуры клеток. Нами также продемонстрировано, что в линии выявляются только полноразмерные кольцевые молекулы ДНК ВДГЗ с одним ДКП, а в линии Кс только укороченные молекулы, содержащие I ДКП и делецию размером около 1,3 тпн. Показано также, что такие делегированные варианты ВДГЗ существуют в хромосомных ДНК мух и обеих линий культуры клеток . амплифицируются только полноразмерные копии ВДГЗ, в линии Кс происходит увеличение числа только делегированных копий этого ВДГ. В работе обсуждаются возможные механизмы образования таких кольцевых молекул ДНК ВДГ, которые, вероятно, являются промежуточным звеном в процессе перемещения ВДГ. ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ ГЕНЫ И МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ ГЕНОМ . Е1це в конце х годов Бриттен и Дэвидсон , при изучении кинетики реассоциации ДНК, выделенной из различных организмов, обнаружили, что в отличие от прокариотической ДНК, которая ведет себя как единый ренатурационный комплекс, ДНК эукариот ведет себя как сложная система, состоящая как бы из трех компонентов сильно повторяющейся I раз, умеренно повторяющейся л5 раз и уникальной ДНК. В дальнейшем при исследовании чередования повторяющихся и уникальных последовательностей в ДНК были выделены два типа организации генома эукариот . Первый тип характеризуется чередованием сравнительно коротких 0 пн умеренно повторяющихся последовательностей с уникальными последовательностями длиной пн. Такой тип организации генома был выявлен у ксенопуса, морского ежа и получил название ксенопустипа . Второй тип организации генома эукариот представляет собой чередование умеренно повторяющихся последовательностей длиной пн с уникальными последовательностями размером 0 пн. Такой тип организации генома был впервые обнаружен у . Эксперименты по кинетике реассоциации выявили также, что геном дрозофилы, размер которого составляет 1,6 тпн , на состоит из уникальных последовательностей ДНК, составляют умеренные повторы и сильные повторы.