Разработка и апробация метода гибридизации на гидрогелевых биочипах для анализа MLL-транслокаций и SNP в геноме человека

• Автор: Митяева, Ольга Николаевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 98 с. : ил.

Введение.

Цель и задачи исследования.

Глава II. 2. Обзор Литературы.

1.1. Биочипы история создания, типы, применение

1.1.1 Основные этапы развития методов основанных на

гибридизации нуклеиновых кислот.

1.1.2 Биологические микрочипы на основе трехмерных ячеек геля

1.1.3 Применение гелевых биочипов в биологии и медицине

1.2 Классификация мутаций.

1.3 Хромосомные транслокации при лейкозах.

1.3.1 Классификация лейкозов.

1.3.2 Хромосомные аберрации при лейкозах.
1.3.3 Транслокации с участием гена МП
1.3.4 Методы генодиагностики лейкозов.
1.4 Молекулярногенетический анализ в судебномедицинской экспертизе
1.4.1 История применения молекулярногенетических методов в судебномедицинской экспертизе
1.4.2 БИР мишень для молекулярногенетического анализа в судебномедицинской экспертизе
1.4.3 Ген АВО
1.4.4 ГенНЬА0А1.
1.4.5 Ген АМЕЬХУ.
1.4.6. Оценка идентификационной информативности локуса
Глава 2. Материалы и методы
2.1 Источники генетического материала.
2.2 Общая схема проведения анализа.
2.3 Экстракция тотальной РНК из лимфоцитов костного мозга
2.4 Экстракция геномной ДНК из слюны.
2.5 Аллельспецифичная ПЦР для генотипирования локуса НЬАЭА
2.6 Проведение полимеразной цепной реакции.
2.6.1 ОТПЦР для анализа МХтранслокаций
2.6.2 ПЦР для идентификации личности
2.7 Синтез олигонуклеотидов для иммобилизации в гелевых ячейках микрочипа
2.8 Изготовление микрочипов
2.8.1 Последовательности иммобилизованных олигонуклеотидов и схема МХБиочипа.
2.8.2 Последовательность иммобилизованных олигонуклеотидов и схема ИЛБиочипа.
2.9 Визуализация ПЦР продуктов в агарозном геле
2. Гибридизация на олигонуклеотидном биочипе.
2. Регистрация изображения и обработка результата
2. Статистическая обработка данных.
Глава III. 3. Результаты и обсуждение
3.1. Анализ транслокаций МХБиочип.
3.1.1. Выбор транслокаций с участием гена
3.1.2. Выбор последовательностей праймеров для мультиплексной ПЦР и олигонуклеотидных зондов. Конструирование и принцип работы МХБиочипа
3.1.3. Разработка процедуры анализа транслокаций
3.1.4 Алгоритм анализа гибридизационной картины,
используемый в программном обеспечении 1гтеУаге
3.1.5. Частоты встречаемости анализируемых транслокаций при остром лимфобластном лейкозе II и остром нелимфобластном лейкозе 1I.
ЗЛ.б.Новое место перестройки 1
3.1.7. Особенности анализа 1.
3.1.8. Отличительные особенности метода гибридизации на
олигонуклеотидном микрочипе
3.2. Биочип для идентификации личности ИЛБиочип.
3.2.1. Выбор локусов
3.2.2. Конструирование и принцип работы биочипа.
3.2.3. Алгоритм анализа гибридизационной картины, используемый в программном обеспечении I.
3.2.4. Отработка протокола анализа
3.2.5 Тестирование на модельных объектах
3.2.6. Генотипирование коллекции ДНК
3.2.6.1 Соответствие молекулярногенетического анализа
группы крови с серологическим.
3.2.6.2. Основные параметры информативности локусов 1 и АВО для популяции славян.
3.2.7 Сравнение предлагаемого метода с другими методами, используемыми для идентификации личности
3.2.8 Область применения разработанного ИЛБиочипа
Заключение
Список литературы
Список сокращений.
ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
дНТФ дезоксирибонуклеотидтрифосфаты
дУТФ дезоксиурацилтрифосфат
кДНК кодирующая дезоксирибонуклеиновая кислота
ИЛБиочипом биочип для идентификации личности
мРНК матричная рибонуклеиновая кислота
ОЛЛ острый лимфобластный лейкоз
ОНЛЛ острый нелимфобластный лейкоз
ОТПЦР обратная транскрипция с полимеразной цепной реакцией
ПЗС прибор с зарядовой связью
ПЦР полимеразная цепная реакция
РНК рибонуклеиновая кислота
РХВ равновесие ХардиВайнберга
ТАЕ буфер, состоящий из триса, ледяной уксусной кислоты и ЭДТА
ТЕ буфер, состоящий из триса и ЭДТА
ФСБ фосфатносолевой буфер
ХМЛ хронический миелобластный лейкоз
ЭДТА этилендиаминтетраацетат
X ген амелогенина
АВО ген системы группы крови АВО, кодирующий гликозилтрансферазу ген тирозин киназы
, , 4, 6, 9, , , , гены, участвующие в образовании химерного гена с геном в ходе транслокаций с участием хромосомы
I ген i i 1, кодирует фактор транскрипции ВСЯ ген i i
ген ii , i, кодирует фактор транскрипции 2 3 ген ii 3, кодирует фактор транскрипции
ФранкоАмериканоБританская классификация острых лейкозов I iii i i флуоресцентная гибридизация i i
I иммуноглобулин
i антигены лейкоцитов человека
1 ген главного комплекса гистосовместимости второго класса
ген i i i
Биочип биочип для анализа Iтранслокаций
дискриминирующий потенциал
РЕ xi потенциал исключения отцовства
I i i Ix усредненный индекс отцовства
I i ii информационное содержание полиморфизма
i iii i полимеразная цепная реакция с последующим анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов
ген i i
ii i ген рецептора ретиноивой кислоты
ii i полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
i i i полиморфизм конформаций одноцепочечной ДНК
ген, кодирующий фактор транскрипции i i i
0,2 фосфатный буфер, содержащий 2,М и 0,М ЭДТА короткие тандемные повторы
V vi варьирующееся количество тандемных повторов
Введение


Оглавление. Введение. Цель и задачи исследования. Глава II. Обзор Литературы. Классификация мутаций. Хромосомные транслокации при лейкозах. Классификация лейкозов. Хромосомные аберрации при лейкозах. Методы генодиагностики лейкозов. ГенНЬА0А1. Ген АМЕЬХУ. Глава 2. Источники генетического материала. Общая схема проведения анализа. Экстракция геномной ДНК из слюны. Проведение полимеразной цепной реакции. Последовательности иммобилизованных олигонуклеотидов и схема МХБиочипа. Последовательность иммобилизованных олигонуклеотидов и схема ИЛБиочипа. Гибридизация на олигонуклеотидном биочипе. Статистическая обработка данных. Глава III. Анализ транслокаций МХБиочип. Выбор транслокаций с участием гена
3. Выбор последовательностей праймеров для мультиплексной ПЦР и олигонуклеотидных зондов. Частоты встречаемости анализируемых транслокаций при остром лимфобластном лейкозе II и остром нелимфобластном лейкозе 1I. ЗЛ. Особенности анализа 1. Биочип для идентификации личности ИЛБиочип. Конструирование и принцип работы биочипа. Алгоритм анализа гибридизационной картины, используемый в программном обеспечении I. Основные параметры информативности локусов 1 и АВО для популяции славян. Список сокращений. Введение. Сегодня все чаще в различных областях медицины используются данные о геноме конкретного человека. Это анализ мутаций при диагностике наследственных заболеваний, исследование изменений в геноме при уточнении диагноза и назначении терапии при онкологических заболеваниях. Также зарождается новое направление в медицине предиктивная медицина, которая изучает генетическую предрасположенность индивида к различным заболеваниям и пытается свести к минимуму шансы возникновения заболевания или снизить тяжесть протекания болезни путем корректировки образа жизни и ранней диагностики. Широкое использование молекулярногенетических методов в практике невозможно без создания новых технологий, позволяющих проводить одновременный анализ множества генетических изменений. Одним из наиболее перспективных подходов на сегодняшний день является сочетание мультиплексной ПЦР с гибридизацией на олигонуклеотидной матрице или биологическом микрочипе биочипе. В работе предложены два биочипа биочип для анализа ряда хромосомных транслокаций при лейкозах у детей и биочип для идентификации личности, позволяющий анализировать набор однонуклеотидных полиморфизмов i i i. Необходимость анализа транслокаций при лейкозах связана с тем, что это заболевание занимает ведущее место среди онкологических заболеваний у детей. Всего лишь лет назад выживаемость при детских лейкозах составляла 5, тогда как в настоящее время она составляет по данным 5летней оценки. Такой успех в лечении был достигнут благодаря использованию наиболее эффективных комбинаций различных цитостатических препаратов, а так же рационализации терапии, основанной на углубленной диагностике заболевания, в том числе и с использованием молекулярногенетических методов. Алейникова О. В. и др.