Расположение и возможная функциональная роль участков связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека

• Автор: Ветчинова, Анна Сергеевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 105 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список сокращений

1. Введение

2. Обзор литературы

2.1. Транскрипционные факторы, содержащие домен цинковых пальцев

2.2. представитель многофункциональных белков, содержащих мотивы цинковых пальцев

2.3 Структурные особенности

2.4 Полифункциональность белка и регуляция его активности

2.5 Функции транскрипционного фактора

2.5.1 Регуляция транскрипции

2.5.2 Взаимодействие с последовательностями иисуляторов

2.5.3 Контроль импринтинга генетической информации
2.6 i
2.7 и развитие болезней
2.8 Методы исследования ДНКбелковых взаимодействий
2.9 Сдвиг электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле
2. Метод иммунопреципитации хроматина
2. ДНКбелковые кросссшивки i ii ,
Заключение
3. Материалы и методы
3.1 Материалы
3.2 Методы
3.2.1 Получение белка в бесклеточной системе
3.2.2 Электрофорез белков в полиакриламидиом геле
3.2.3 Вестерн блот анализ
3.2.4 Получение библиотеки фрагментов ДНК локуса X5X7 хромосомы человека
3.2.5 Радиоактивное мечение фрагментов ДНК при помощи ПЦР
3.2.6 Очистка меченой ДНК
3.2.7 Связывание меченых фрагментов ДНК с белками i ii i ,
3.2.8 Сдвиг электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле
3.2.9 Связывание библиотеки коротких фрагментов ДНК с
транскрипционным фактором . Разделение фрагментов в первом
направлении
3.2. Разделение фрагментов во втором направлении
3.2. Клонирование библиотеки и трансформация клеток Е. i
3.2. Приготовление компетентных клеток .i и их трансформация
3.2. Ранжирование и анализ библиотеки
3.2. Выделение плазмид из клонов, содержащих фрагменты, связывающиеся с
3.2. Культивирование клеток
3.2. Иммунопреципитация хроматина
3.2. ПЦРампл ификация
3.2. Секвенирование и картирование последовательностей
4. Результаты и обсуждение
4.1 Получение белка и его функциональный анализ
4.2 Отбор фрагментов, связывающихся с
4.3 Клонирование фрагментов в вектор и трансформация клеток Е. i
4.4 Ранжирование полученных клонов и проверка на наличие вставки
4.5 Анализ отобранных фрагментов методом
4.6 Картирование участков связывания в локусе X5X71
4.7 Проверка способности обнаруженных фрагментов ДНК связываться с белком методом иммунопреципитации хроматина Ii Iiii
4.8 Картирование и анализ расположения фрагментов, связывающихся с , в локусе X5X7I хромосомы человека
4.9 Функциональный анализ последовательностей, обладающих инсуляторной активностью.
Выводы
Список литературы


. Клонирование библиотеки и трансформация клеток Е. Приготовление компетентных клеток . Клонирование фрагментов в вектор и трансформация клеток Е. Функциональный анализ последовательностей, обладающих инсуляторной активностью. Да молекулярный вес белка п. i сайты посадки рецепторов тиреоидных гормонов. Введение. Стремительный прогресс в молекулярной биологии позволил расшифровать полные последовательности геномов многих организмов позвоночных . В частности, была установлена полная первичная структура человеческого генома и определено положение в геноме человека большей части генов. Однако, установить функции генов на основании их первичной структуры возможно далеко не всегда. Для решения этой задачи требуется привлечение знаний из разных областей науки биоинформатики, генетики, биологии развития, молекулярной биологии, биохимии и т. Достижения в определении первичной структуры и картировании геномов привели к появлению нового направления исследований функционачьной геномики, которая включает в себя главным образом идентификацию, локализацию в геноме и функциональный анализ новых генов. В то же время геном содержит множество нетранскрибируемых функционально активных элементов, обладающих важнейшими регуляторными свойствами и имеющими решающее значение для его нормальной работы. Примерами таких элементов могут служить энхансеры, терминаторы транскрипции, участки связывания ДНК с регуляторными белками, участки начала репликации, места интеграции ретроэлементов и т. В большинстве случаев подобные структуры невозможно идентифицировать, имея данные только о нуклеотидной последовательности участков ДНК, которые их содержат. Одним из способов их корректной идентификации является соответствующий экспериментальный, функциональный подход. Известно, что многие белки способны специфически связываться с теми или иными участками ДНК. Связывание ядерных белков с регуляторными последовательностями ДНК является главным механизмом регуляции экспрессии у эукариот. Среди белков, вовлечнных в экспрессию эукариотических генов, существуют многофункциональные белки, действующие на разных этапах экспрессии генов при инициации и элонгации транскрипции, трансляции. Целью диссертационной работы является идентификация сайтов связывания транскрипционного фактора в локусс хромосомы человека, длиной около 1 млн. X5 и Сох7А1. Этот локус содержит значительное число известных генов и его нуклеотидная последовательность полностью установлена, что позволит, как картировать все отобранные элементы с большой точностью, так и сделать выводы о взаимном расположении белоксвязывающих элементов и генов и их возможной функциональной взаимосвязи. в локусе хромосомы человека между маркрами X5 и Сох7А1.