Пост-транскрипционное редактирование мРНК в Trypanosoma brucei на примере мРНК митохондриальной аденозинтрифосфатазы-6

• Автор: Желонкина, Алевтина Геннадьевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Балтимор(Baltimore)
• Количество страниц: 110 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список принятых сокращений Введение

Практическая ценность работы Научная новизна работы

Публикации и апробация работы

Вклад автора

Глава 1. Обзор литературы Посттранскрипционное редактирование мРНК

1.1. Виды редактирования

1.2. Трипаносомы возбудители сонной болезни

Щ 1.3. Особенности клеточной структуры и генома трипаносом

V. 1.4. Эволюция редактирования РНК

1.5. РНК, направляющие редактирование мРНК

1.6. Механизм редактирования модели ранние и модель современная
1.7. Ферменты, катапизирущие редактирование мРНК в трипаносомах, образуют комплекс
1.8. Идентификация компонентов ферментативного комплекса редактирования
1.9. Циклы иделеции и ивставки Глава 2. Материалы и методы
2.1. Реактивы
2.2. Ферменты
2.3. Изотопы
2.4. Материалы
2.5. Матрицы, использованные в реакциях ПЦР
2.6. Олигонуклеотиды и олигорибонуклеотиды
2.7. Линия трипаносом
2.8. Среда и условия выращивания Т. Ьгисе
2.9. Антитела для иммуноблотинга
2 Растворы 2 Методы
21. Выделение митохондриального экстракта из Т. Ьгисе1 и его дальнейшая очистка
22. Конструирование плазмид для трансформации
23. Проведение трансформации
24. Характеристика экстрактов с помощью Норзерн и Вестерн блот анализов
Ф 25. Получение мРНК и гРНК
V. 26. Мечение и секвенирование полученных РНК
5 27. Полный цикл реакций редактирования
28. Анализ затравленного удлинения праймера
29. Анализ двух первых стадий в обоих циклах редактирования
2. Подтверждение формирования дуплекса между мРНК и гРНК
2. Предрасщепленный анализ редактирования
2. Проведение анализа аденилирования
2. Количественный анализ Глава 3. Результаты и обсуждения
3.1. Критичные элементы гРНК для редактирования мРНК
3.2. Функции РНКлигаз комплекса редактирования
3.3. Ферментативная активность, относящаяся к одному виду
1 редактирования, может также функционировать в другом виде
редактирования
3.3.1. ОЯБЬ может функционировать в процессе Увставки
3.3.2. Фермент ивставки ТиТаве функционирует в цикле иделеции при добавлении ЛГР
3.4. Заключение
Выводы
Список публикаций
Благодарности
Список цитируемой литературы


Глава 1. Щ 1. V. 1. Циклы иделеции и ивставки Глава 2. Среда и условия выращивания Т. Выделение митохондриального экстракта из Т. Ф . V. . Количественный анализ Глава 3. от анг. , , , , , названия для гРНК, где от анг. РНК. от анг. I от анг. I от анг. от анг. РР от анг. от анг. 1 от анг. 2 от анг. ii 2 2 для РНК редактирования от анг. от анг. ТАРмишени от анг. . i i . ТЬМРномер от анг. . i ii i . от анг. V от анг. Открытие в конце х годов редактирования РНК еще раз заставило изменить наши взгляды на реализацию генетической информации в клетке, постулированной Уотсоном и Криком, где закодированная в ДНК информация транскрибируется в РНК, которая в свою очередь транслируется в функциональный белок. Редактированием РНК ii называются изменения в последовательности РНК на постгранскрипционном уровне. В настоящее время, РНКредактирование рассматривается, как сложный процесс генной экспрессии, с помощью которого организм может увеличить число синтезируемых белков без увеличения числа генов в геноме i, . , . При изучении экспрессии гена цитохром оксидазы, а именно субъединицы II в трипаносомах, было впервые замечено, что последовательность РНК, соответствующая этому гену, не совпадает с кодирующей ее ДНК . С тех пор процессы редактирования были обнаружены у разных эукариот. Редактированию подвергаются РНК разного типа матричные, транспортные, рибосомальные . . Одинцова . ., Юрина Н. П., i i . . Те гены, РНК которых проходят через процесс редактирования, называются криптогенами i, . , . Некоторые транскрипты криптогенов подвергаются лимитирующей модификации последовательности, другие подвергаются такому массивному изменению, что их кодирующая последовательность становится очевидной только после редактирования. Целью настоящей работы являлось исследование посттранскрипционного механизма редактирования мРНК в митохондриях Т. РНК субъединицы6 аденозинтрифосфатазы А6. Изучить, какие элементы гРНК являются критичными для эффективности процессов редактирования мРНК. Определить роль белков IV и V основного ферментативного комплекса в обоих циклах редактирования премРНК как при вставке так и при удалении нуклеотидов. Выяснить состоит ли комплекс редактирования из двух физически отдельных субкомплексов, ответственных за катализ либо вставки, либо делсции, и происходит ли перекрывание ферментативных активностей между двумя отдельными активными центрами комплекса, если таковые существуют. Актуальность представленной работы, прежде всего, заключается в том, что изучение процесса редактирования мРНК поможет прояснить тонкие механизмы созревания РНК в клетке. Так как сложившиеся подходы для борьбы как с человеческим сонная болезнь, так и животным болезнь Нагана трипаносомиазисом потерпели неудачу, определение новых аспектов биохимии и молекулярной биологии трипаносом может способствовать выявлению новых мишеней для создания более эффективных вакцин и поиску лечебных препаратов. Впервые установлены характеристики гРНК, которые являются критичными для направления эффективного редактирования i vi. С учетом критичных элементов были сконструированны новые гРНК i vi, которые способствовали получению высокого выхода редактированного продукта, составившего в этом случае более от нередактированной мРНК, что является значительным увеличением по сравнению с 1 в случае с природной гРНК.