Штаммы вируса Западного Нила, циркулирующие на территории дельты Волги

• Автор: Альховский, Сергей Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 128 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Экология вируса Западного Нила ЗН и его значение в

инфекционной патологии человека.

1.1.1 Географическое распространение вируса

Западного Нила.

1.1.2 Филогенетические взаимоотношения различных изолятов вируса Западного Нила

1.1.3 Значение членистоногих в экологии вируса Западого Нила

1.1.4 Значение позвоночных в экологии вируса Западного Нила

1.1.5 Клинические проявления лихорадки Западного Нила

1.2 Молекулярно генетическая организация вируса
Западного Нила
Собственные исследования Глава 2 . МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1 Место сбора и объем полевого материала.
2.2 Методы сбора, транспортировки, хранения и подготовки
полевых материалов.
2.3 Вирусологическое обследование
2.4 Штаммы и нуклеотидные последовательности
вируса Западного Нила, использованные в работе.
2.5 Выделение тотальной РНК из осветленной клеточной
или тканевой суспензии.
2.6 Реакция обратной транскрипции
2.7 Проведение полимеразной цепной реакции.
2.8 Электрофорез ДНК.
2.9 Секвенирование ДНК.
2. Компьютерная обработка данных.
Глава 3. ПОЛУЧЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Разработка ОТПЦР тест системы для детекции вируса ЗН.
3.1.1 Подбор праймеров
3.1.2 Определение специфичности ОТПЦР тест системы.
3.1.3. Определение чувствительности ОТПЦР тест системы.
3.2 Зараженность вирусом Западного Нила птиц дельты Волги и
Волго Ахтубинской поймы.
3.2.1 Выявление РНК вируса Западного Нила у птиц
методом ОТПЦР
3.2.1.1 Зараженность вирусом ЗНптиц в различных природных зонах дельты Волги.
3.2.1.2 Зараженность вирусом ЗН диких и синантропных
птиц дельты Волги.
3.2.1.3 Выявление РНК вируса ЗН у мелких позвоночных,
в дельте Волги
3.2.2. Вирусологическое обследование птиц дельты Волги
3.3 Генетический анализ штаммов вируса ЗН, выделенных в
дельте Волги от птиц в и гг
3.3.1 Анализ нуклеотидных последовательностей.
3.3.2 Анализ предсказанных аминокислотных последовательностей
3.3.3 Филогенетический анализ.
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ
ВЫВОДЫ.
Благодарности
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


На основании полученных нуклеотидных последовательностей провести филогенетический анализ и определить генетические характеристики выделенных штаммов вируса ЗН. Основные положения, выносимые на защиту. Разработана чувствительная и высокоспецифичная ОТПЦР тест система для детекции вируса ЗН в биологических образцах. Определены показатели зараженности вирусом ЗН птиц в дельте Волги и Волго Ахтубинской поймы в и гг. Определены молекулярно генетические характеристики штаммов вируса ЗН, выделенных от птиц в дельте Волги в и гг. Научная новизна и практическая ценность работы. Разработана ОТГ1ЦР тест система для специфичной детекции вируса ЗН в биологических образцах с чувствительностью до БОЕмл. Использование разработанной системы целесообразно при проведении исследований, посвященных вирусу ЗН, в которых необходима быстрая и надежная детекция вируса в биологических образцах, в том числе и с диагностическими целями. Разработанная тест система защищена патентом РФ 9 от . Впервые в России проведено масштабное исследование зараженности вирусом ЗН птиц в природных очагах дельты Волги и Волго Ахтубинской поймы с использованием ПЦР. Всего обследовано более птиц, принадлежащих к различным семействам, собранных как в диких, так и в антропогенных биоценозах. Согласно полученным результатам уровень зараженности вирусом ЗН птиц в дельте Волги составил ,3 и 9,6 в и гг. Зараженность птиц Волго Ахтубинской поймы в г. Зараженность вирусом ЗН синантропных птиц составила в г. Волги ,9, а на территории Волго Ахтубинской поймы 4,1 . В результате вирусологического обследования, от птиц дельты Волги и Волго Ахтубинской поймы было выделено штаммов вируса ЗН. При этом два штамма вируса были выделены в г. Для изучения их молекулярно генетических характеристик, у выделенных штаммов были определены нуклеотидные последовательности 5концевой области генома, включающей в себя 5нетранслируемый регион и гены всех структурных белков. На основе сравнения полученных нуклеотидных последовательностей было показано, что выделенные штаммы вируса ЗН практически идентичны штамму Аэ, выделенному здесь в г. ЛЗН, и несут в рассматриваемой области по сравнению с ним от 4 до 8 нуклеотидных и до 3 аминокислотных замен. Полученные результаты свидетельствует о тесной связи вирусной популяции, циркулирующей среди птиц, с эпидемическими штаммами вируса. Показано, что сайт потенциального гликозилирования оболочечного белка Е у штаммов, выделенных в дельте Волги от птиц, представлен в четырех формах, при этом у двух штаммов, вследствие замены А8п48ег, функциональная активность сайта элиминирована. Вирус Западного Нила ЗН принадлежит к роду vivi семейства vivii. Семейство объединяет небольшие нм, РНКсодержащие, покрытые липидной оболочкой вирусы. Род vivi в настоящее время включает представителя. Из них многие являются опасными патогенами человека, способными вызывать обширные эпидемии вирус Желтой лихорадки, вирусы Денге и омской геморрагической лихорадок, вирусы Японского и СентЛуис энцефалитов и др. Внутри рода выделено 9 серокомплексов и несколько не сгруппированных вирусов. Вирус ЗН входит в антигенный комплекс Японского энцефалита, в который помимо ВЗН входит еще вирусов. Большинство флавивирусов входят в экологическую группу арбовирусов, т. Львов и др. Термин вирусы, передаваемые членистоногими введен с г. В г. Международный подкомитет по номенклатуре вирусов ввел термин vi. Для флавивирусов основным переносчиком являются комары, для видов клещи, для представителей рода основной переносчик достоверно не выявлен. Подавляющее большинство абовирусных инфекций относятся к природноочаговым зоонозам, причем в патологии человека участвует около флавивирусов Львов и др. Вирус ЗН является типичным арбовирусом, для распространения которого характерны все основные свойства арбовирусов. Возникновению эпидемической ситуации часто предшествует эпизоотия среди домашних или синантропных животных, которая в свою очередь развивается после эпизоотии среди диких животных. Заболевания среди диких животных, как правило, остаются незамеченными.