Роль систем репарации и структуры хроматина эукариотической клетки в интеграции ретровирусов

• Автор: Таганов, Константин Дмитриевич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 109 с. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

1 ВВЕДЕНИЕ.

2 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1. Повреждение эукариотической ДНК при интеграции ретровирусов.

2.2. Механизмы репарации двунитевых разрывов ДНК в клетках эукариот.

2.3. Семейство I3подобных киназ

2.4. Формирование клеточного ответа на повреждения ДНК

2.5. Клеточные белки и интеграция ретровирусов

2.6. Хроматин и инте1рация ретровирусов.

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Анализ нуклеотидной последовательности участков между ДНК провируса и клеткихозяина в и клетках.
4.2. Ранарация промежуточного комплекса интеграции в реакции i vi.
4.3. Влияние ингибиторов семейства РКкиназ на процесс репарации i vi.
4.4. Влияние структуры хроматина на интеграцию ретровирусной ДНК i vi.
5. ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Целью настоящей работы было исследование роли систем репарации по и путям, а также формирования неслучайного профиля интеграции ретровирусов, определяемого влиянием структуры хроматина эукариотической клетки. Определить нуклеотидную последовательность сиейсорных участков между ДНК провируса и ДНК клеткихозяина в контрольных и дефектных линиях клеток. Проанализировать в этих линиях присутствие и длину повторов ДНК клеткихозяина, фланкирующих провирус, а также целостность вирусной ДНК. Создать экспериментальную систему i vi для изучения репарации промежуточного комплекса интеграции, зависящую от присутствия белкового экстракта из клеток , с помощью которой можно изучать учасгие белков клетки хозяина, а в частности пути, в заключительном этапе интеграции ретровирусов. Создать систему интегации минивирусной ДНК в хроматин i vi и с ее помощью изучить влияние структуры хроматина ДНКмишсни и присутствие транскрипционных факторов 3 и 4 на распределение горячих точек интеграции. Семейство ретровирусов vii состоит из разнообразных РНКсодержащих вирусов, объединенных схожими особенностями строения и жизненного цикла 1. Диаметр вирионов колеблется от до 0 нм, а их внешняя липидная оболочка включает гликопротеины для взаимодействия с клеточной мембраной. Они могут быть классифицированы по нескольким признакам. Данное семейство делится на семь родов. Пять из них включают онковирусы два остальных рода это лентивирусы и спумановирусы. Другая широко используемая классификация основана на вирусных мишенях. Гак, ретровирусы, способные заражать только мышиные клетки, называются экоторопными к амфотропным или политропным относятся ретровирусы, имеющие более одного вида хозяев. Онковирусы присутствуют персистируют во всех классах позвоночных, и многие из них обладают канцерогенным действием. Из них наиболее хорошо изучены вирус саркомы кур vi vi V и вирус мышиной лейкемии Молони i i vi V. Лентивирусы имеют особое значение их патогенез связан с избирательной инактивацией определенного типа клеток организма. Примером может служить вирус иммунодефицита человека IV iii vi, вызывающий СПИД. Относительно мало известно о спумановирусах. К этому роду относят пенистый вирус человека vi, который не связывают с появлением какихлибо патологий 8. Ретровирусы с простой организацией генома обычно содержат только вышеперечисленные гены. Дополнительная генетическая информация может находиться в ретровирусах более сложной организации, некоторые из которых кодируют, например, невирионные регуляторные белки и протоонкогены. Процесс попадания ретровирусной частицы внутрь клетки представляет собой первый этап ее жизненного цикла. Он состоит из нескольких событий, которые запускаются взаимодействием поверхностного гликопротеина 1 вируса, кодируемого геном ел у, со специфическим рецептором а клеточной мембране. Эго приводит к изменению конформации рецептора и последующему слиянию вирусной и клеточной мембран, что обеспечивает попадание ретровирусного нуклеокапсида с генетическим материалом в форме РНК внутрь клетки. Взаимодействие Зиклеточный рецептор определяет выбор организмамишени, а также тканеспецичность вирусные частицы без поверхностного гл и ко протеина неинфекционны, а клетки, не имеющие специфичного рецептора, устойчивы к заражению. После проникновения в цитоплазму в нуклеокапсиде происходит реакция обратной транскрипции вирусной РНК в ДНК, катализируемая вирусной обратной транскриптазой ревертазой, причем в качестве затравки используется одна из тРНК клетки. В процессе обратной транскрипции происходит синтез ДНКкопии вирусного генома, а также удвоение так называемых длинных концевых повторов ЬТ, содержащих промотор и необходимых для интеграции вирусной ДНК в хромосому клеткихозяина. Интеграция ретровирусной ДНК в геномную ДНК клеткихозяина происходит в три этапа, два из которых катализируются вирусной интегразой Рис. Транспорт вирусной ДНК в ядро клетки процесс очень сложный, и многие его детали в настоящее время не ясны.