Выделение и сравнительное изучение природных межвидовых гибридов фагов-транспозонов Pseudomonas aeruginosa. Особенности лизогенизации и транспозиции фага PL24

• Автор: Митькина, Лариса Николаевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 122 с. : ил

1 .ОСОБЕННОСТИ ЖИЗНЕННОГО ЦИКЛА ФАГА Ми. РАННЯЯ РЕГУЛЯЦИЯ ТРАНСПОЗИЦИИ ВЫБОР МЕЖДУ ЛИЗОГЕНИЕЙ И ЛИТИЧЕСКИМ РАЗВИТИЕМ .

1.1 Выбор лизогсниялитический путь дна уровня регуляции

1.2.Модуляция активности срелрессора хозяйскими белками.

1.3.Срспрессо р.

1.4.Нестабильность лнзогенизацин фага Ми.

1.5.Структура и функции концов фага Ми.

1.6.Упаковка ДНК фага Ми.

1.7.Вырсззние фага Ми

2.СПОСОБЫ ПЕРЕМЕЩЕНИЯ ТЭ. ТРАНСПОЗИЦИЯ ФАГА Ми.

2.1 .Бактериальные ТЭ используют два основных способа

транспозиции нерепликативный и репликативный

2.2.Консервативмый ИЭЕмотив .
2.3.Биохимия реакции транспозиции реакция трансэтерификацни.
2.4.Стратсгии транспозиции ТЭ.
2.4.1.Реакции транспозиции , Тп7 и Ми очень похожи
2.4.2.0собснности транспозиции Тп7, и ТЭ семейства
2.5.Сайтспецифичсская рекомбинация Основные отличия между сайтспсцифичсской рекомбинацией и транспозицией
2.6Модсли транспозиции фага Ми Два механизма транспозиции
фага Ми консервативная и репликативная
2.7.Транспозаза МиА.
2.8.Энхансер транспозиции фага Ми.
2.9.Этапы транспозиции фага Ми
2Кофактор транспозиции белок В
.Иммунность транспозиции.
СПЕЦИФИЧНОСТЬ ТРАНСПОЗИЦИИ Ми И ДРУГИХ ТЭ
3.ГМутаторная активность фага Ми Е.соН и ФТ ЭЗ2, ВЗ Р.асгиз1по.
3.2.Спсцифичность сайтов мншени.Факторы, влияющие на выбор мишени.
4.ФАГИТРАНСПОЗОНЫ РБ.АЕЯиСИЧОБА
4.1 .Широкая распространенность ФТ Рз.асппояа
4.2.Особенности ФТ .i. Дна типа ДНКгомологии среди ФТ
4 3.Ограничение роста фага В на лиюгенах . Локус i профага
5.СХОДСТВО СТРУКТУРНОЙ, ФУНКЦИОНАЛЬНОЙ И ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ФТ . i и Е. i.
5.1.Сходство генетической и функциональной организации.
5.2.Сходсгво генетической организации генов морфогенеза ФТ и Ми
СРАВНИТЕЛЬНАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ ФТ . i.
7.СТРУКТУРА ГИБРИДОВ МЕЖДУ ФТ ГРУПП И ВЗ.
8МОДУЛЬНАЯ ТЕОРИЯ ЭВОЛЮЦИИ ФАГОВ
8.1 .Модульная структура геномов ФТ i
8.2.Фагнтранаюзоны и транспозирующие элементы. Фаг Ми. Модули транслозона
8.2.1 .Фаговые модули
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
РЕЗУЛЬТАТЫ
ВВЕДЕНИЕ


Iv с. Так, рспрсссор поддерживает лизогенное состояние, прямо ингибируя транспозицию. Для эффективной транспозиции фагового генома необходима определенная последовательность нуклеотидов или последовательность внутренней активации I i ivi , которая является транспозиционным энхансером е. МиА во время транспозиции е. Молекулы репрсссора также взаимодействуют с концами фаговой ДНК, где связывание конкурирует с транспозазой ii е. Iэлемент. Рис. Генетическая карта ранней области генома Ни. Гены А. В. кодирующие белки транспозиции МиА и , гены репрессоров с и пег. Б Регуляторная область Ми операторы . Iсвязываюций сайт, репрессоры с и пег. Промоторы, с которых инициируется синтез репрессора и белков, участвуюцих в литическом развитии, обозначены как Рем и Ре, соответственно. Стрелки указывают направление транскрипции с Ре и Рею. Внутренняя область активации 1, которая взаимодействует с транспозазой НиА. Девять связываюцих репрессор и транспозазу сайтов обозначены стрелками и пронумерованы I IX. Связывающий сайт для белка I ii обозначен овалом меяду сайтами и . Схематическое иэобраксние структуры белков транспозазы МиА и срепрессора. Белки срепрессора и транспозазы содержат гомологичные аминоконцевые ДНКсвязываюцие домены ii i выделены, которые конкурируют за одни и те е операторные сайты ДНК. Дополнительный контроль обеспечивается также конкуренцией между срепрессором и транспозазой за связывание с концами фагового генома, необходимыми для образования интермедиата транспозиции. Модуляцнн активности срснрессора хозяйскими белками. Было показано, что бактериальный белок I ii связывасгся с последовательностью фаговой ДНК между и сайтами см. Ре выхлючена ii, 6 е. Известно также, что второй клеточный фактор, бактериальный белок . Ми м индуцируют транспозицию ii i viv i ,. Кроме того, репрессор избирательно деграднруется Xпротеазой. Разрушение репрессора смягчает ингибирование Репромотора, что приводит к лнтическому развитию и может обеспечить механизм, при котором измененные условия в бактериальной хлетке передаются профагу, индуцируя репликативную транспозицию. Чувствительные к протеазе аминокислотные последовательности расположены на карбоксильном конце рспрсссора и некоторые вирулентные мутанты, содержащие мутации со сдвигом рамки внутри этой области, быстро деградируются Xпротеазой е. Полноразмерный белок гена срспрсссора , 6 аминокислот содержит два определенных домена аминоконцсвой, ДНКсвязываюший домен ii и домен карбоксильного конца, который, как предполагают, участвует в олигомеризации белка V е. Последовательность гомологична аминоконцевому ДНКсвязывающему домену транспозазы идентичных последовательностей из аминокислот и оба белка связываются с одинаковыми последовательностями ДНК внутри элемента операторI см. Было показано, что связывание с ДНК модулирует взаимодействие с несимметричной консенсусной последовательностью в пн СТТТГ А А АТ, которая повторяется 9 раз внутри оператора, причем аминоконцсвыс домены обоих белков проявляют одинаковое сродство к этим сайтам связывания v е. V е. Это различие может объясняться тем. Сравнение структур конкурирующих ДНКсвязываюших доменов транспозазы и срспрсссора фага Ми показало их высокое подобие оба белка содержат определенный структурный класс крылатого мотивааспиральоборотаспираль ixix , i , v ,9. II2 . Также было показано, что ДНКсвязываюшнс ломены белков репрессора и транспозазы фага Ми обладают подобными трехмерными структурами и тсрмостабильностью. I v е. Нестабильность лизогенизации фата Ми. Получены результаты, свидетельствующие о нестабильности лизогенизации фага Ми. Помимо известного факта, что вновь образованные лнзогены выделяют клоны. ДНК. Первая возможность не может полностью объяснить тот факт, что в некоторых колониях менее 1 клеток содержит стабильно интегрированный геном. Вырезание фаговой ДНК из лизогенов является очень редким событием см. Исследования кинетики лизогенизации в iштамме . Превращение такой промежуточной структуры в лнзоген можег быть обеспечено Вбелком.