Геномный полиморфизм российской популяции Mycobacterium tuberculosis

• Автор: Гвоздевский, Николай Александрович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 111 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений

Ввсдение

Глава I. Генетическая структура i i, е

вариабельность и факторы, определяющие вирулентность. Обзор литературы

Геном М. i и характерные особенности патогена на примере штамма .V

Генетическая вариабельность М. i

Геномные и белковые факторы, определяющие вирулентность М. i

Глава II. Результаты и обсуждение

Метод вычитающей гибридизации и его применение для нолногеномного

сравнения внутривидовых вариантов М. i

Полиогсиомное сравнение штаммов А, i 8 и ,
вызывающих различные клинические формы туберкулза
Полногеномное сравнение российских клинических штаммов
А, i со штаммом v
Исследование полиморфизма дифференциальных локусов в популяции клинических штаммов А, i, циркулирующих на территории
Российской Федерации
Заключение
Глава III. Практическая часть
Материалы
Методы
Выводы
Список цитируемой литературы


v обнаружен целый набор Iэлемситов копий I и 6 копий I не описанные ранее элементов семейств I5 и I6 и повое семейство повторяющихся последовательностей Е, которое проявляет некоторые свойства мобильных генетических элементов . Интересно, что наблюдается значительное сходство I и I2 с транспозонами, обнаруживаемыми у i и . В последовательности генома было найдено два интегрированных профага 8 iv и iv2, оба длиной около Кб, организованные сходным образом. Некоторые из продуктов их генов аналогичны продуктам, кодируемым некоторыми бактериофагами . Интересно, что сайт инсерции iv соответствует части повторяющейся последовательности семейства Е см. Некоторые штаммы М. v имеет полярный эффект на экспрессию дистальных генов i. Во время последовательного ослабления патогена М. А. , профаг iv был утерян . В систематических исследованиях геномного разнообразия профагов и Iэлементов только I2элемент характеризовался значительной вариабельностью, что свидетельствует о том, что большинство профагов и Iэлементов в настоящее время являются стабильными 8. По последним данным, общее количество генов в геноме штамма М. v составляет . Это соответствует около всей потенциальной кодирующей мкости генома. Некоторые из генов имеют стоп кодоны внутри рамок считывания или мутации сдвига рамки считывания. Чаще всего эти гены являются псевдогенами. В соответствии с высоким процентным содержанием , инициаторные кодоны используются чаще, чем у i ii 9 и ii i , хотя кодон вс же служит наиболее часто встречающимся вариантом начала трансляции. Имеются несколько примеров нетипичных инициаторных кодонов, например, АТС в гене i и в В. . i этот ген начинается с , . Примерно генов транскрибируются в том же направлении, что и направление репликации, по сравнению с в В. Известно, что в других бактериях гены, транскрибируемые в направлении, совпадающем с направлением репликативных вилок, экспрессируются более эффективно , . С другой стороны, более равномерное распределение полярности генов М. Точные функции были приписаны примерно кодируемых белков, около не похожи на известные белки и могут отвечать за специфические мнкобактериальные функции . Список функциональных классов, к которым относятся белки М. Изучение аминокислотного состава нротеома М. , , , и , которые кодируются богатыми кодонами, и сравнительно меньшую частоту использования аминокислот, кодирующихся АТбогатыми кодонами, таких, как , I, , i и Туг. Также были идентифицированы две группы белков, богатых или , которые принадлежат к новым семействам РЕ и РРЕ см. Фракция протеома, появившаяся посредством дупликаций генов, составляет примерно . Е. i или В. М. i 8. М. i может синтезировать все незаменимые аминокислоты, витамины и кофакторы, перерабатывать разнообразные органические соединения. В избытке присутствуют системы метаболизма липидов, равно как и все ферменты, необходимые для гликолиза, пситозофосфатного нуги, а также цикла трикарбоновых кислот и глиоксилатного цикла 8. Было предсказано большое число оксидоредуктаз, оксигеназ и дегидрогеназ, так же как и множество оксигеназ, содержащих цитохром Р0. В аэробных условиях роста АТФ образуется путм окислительного фосфорилирования в цепях переноса электронов, включающих комплекс убихинон с цитохром редуктазой и цитохром соксидазу. Представлены также компоненты некоторых анаэробных фосфорилирующих цепей переноса электронов гены нитратредуктазы, фумаратредуктазы и, возможно, нитритрсдуктазы. Два гена кодируют гемоглобинподобные белки, которые могут защищать от окислительного стресса или участвовать в захвате кислорода. Существующий набор метаболических путей отражает удивительную способность бактерии приспосабливать свой метаболизм к изменениям окружающей среды, что помогает ей не только конкурировать с клетками лгкого за кислород, но и адаптироваться к микроаэрофильныманаэробным условиям в самом центре развивающейся гранулмы. Таблица 1. Класс Функция Число генов на г.