Структурно-функциональный анализ промоторных областей гена oct-1 мыши

• Автор: Сытина, Елена Вячеславовна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 101 с. : ил.

Содержание
4 Введение.

Список обозначений и сокращений.

Литературный обзор

1. Инициация транскрипции эукариотической РНКполимеразой II. . . .

1.1 Элементы последовательности ДНК, участвующие в инициации транскрипции РНКполимеразой II.

1.2 Общие транскрипционные факторы РНКполимеразы II

1.3 Медиатор РНКполимеразы II.

2. 1 полифункциональный фактор.

2.1 Строение белка 1.

2.2 Взаимодействие 1 с участками связывания

2.3 Альтернативный сплайсинг 1 премРНК
2.4 Взаимодействие 1 с факторами транскрипции и коактиваторами .
2.5 Фосфорилирование 1 в клеточном цикле.
2.6 Взаимодействие 1 с белками .
2.7 Взаимодействие 1 с белками ядерного матрикса.
2.8 Участие 1 в репликации ДНК. . .г . . .
2.9 Участие 1 в эмбриональном развитии, морфогенезе и дифференцировке клеток
2. 1, иммунная система и гемопоэз
2. 1 и эндокринная система.
Цели и задачи исследования.
Материалы и методы.
1. Реактивы и материалы
2. Стандратные методы
2.1 Выделение плазмидной ДНК с тритоном X0
2.2 Получение компетентных клеток
2.3 Трансформация
2.4 МеченисДНК.
2.5 Получение клеточных экстрактов из клеток миеломы 0
2.6 Задержка подвижности в геле комплексов ДНКбелок.
2.7 Выделение больших количеств суперскрученной плазмиды с очисткой
2.8 Рестрикция
2.9 Лигирование.
2. Электрофорез ДНК в агарозном геле
2. Выделение ДНК из легкоплавкой агарозы
2. Культивирование клеток.
2. Транзиентная трансфекция и определение люциферазной активности
3. Клонирование 5нетранслируемых областей гена мыши .
3.1 Клонирование 5нетранслируемых областей гена мыши перед экзоном 1
3.2 Клонирование 5нетранслируемых областей гена мыши перед экзоном 1
4. Футпринтинг
5. Создание репортерных плазмид.
Результаты исследования.
1. Экзонинтронная структура гена мыши и человека.
2. Клонирование и анализ 5областей перед экзонами 1 и 1
3. Поиск сайтов связывания, потенциально способных
участвовать в ауторегуляции гена .
3.1 Анализ ДНКбелковых комплексов методом задержки подвижности в геле
3.2 Поиск методом футпринтинга сайтов связывания,
потенциально способных участвовать в ауторегуляции гена . .
4. Изучение промоторной активности 5областей перед экзонами
1 и 1 в клетках линии фибробластов 1.
V 4. Юпределенте активности промоторов 1 и 1 .
4.2Функциональный анализ 5фланкирующей области экзона 1 . . . .
4.3Изучение активности промоторов Ши 1 в лимфоидных и
нелимфоидных клетках.
Обсуждение результатов
Список литературы


При изучении процессов регуляции транскрипции и механизмов действия различных белковых транскрипционных факторов важно понять в какой мере данный процесс является специфическим или универсальным. Несомненный интерес представляет изучение механизмов, позволяющих одному и тому же белку участвовать как в активации, так и в репрессии целого ряда генов. Белок ОсЫ фактор транскрипции, принадлежащий к РОисемейству. Описанный в конце х годов, ОсМ долгое время считался исключительно вездесущим фактором транскрипции, регулирующим работу генов домашнего хозяйства клетки. Позднее было показано, что Ос11 принимает участие в регуляции экспрессии ряда тканеспецифических генов, в том числе генов интерлейкинов, легких и тяжелых цепей иммуноглобулинов, генов пролактина, гонадолиберина, тиреотропина и др. К настоящему моменту описано более полутора десятков геновмишеней Оа1, несколько взаимодействующих с ним кофакторов, показано его участие в прикреплении хроматина к ядерной мембране. При этом ничего не известно о регуляции экспрессии самого гена ос. Обзор литературы. Инициация транскрипции эукариотической РНКнолнмеразой II. РНКполимераза II РНКполН участвует в транскрипции генов, кодирующих все цитоплазматические РНК и все, за исключением одной 6, , входящие в состав мяРНП. В разных типах клеток и на разных стадиях развития экспрессируется разный спектр генов, процессы экспрессии находятся под конролем нескольких механизмов. Одним из основных механизмов, определяющих экспрессию, является регуляция транскрипции генов через белковые факторы транскрипции и регуляторные последовательности ДНК промоторы, энхансеры, сайленсеры. Взаимодействие факторов транскрипции с последовательностямимишенями и с другими транскриппционными факторами и кофакторами приводит к активации или репрессии генов. Вопрсвых, активаторы транскрипции стимулируют присоединение i базовых компонентов преинициаторного комплекса общих факторов транскрипции и РНКполимеразы к коровым элементам промотора через взиамодействие с компонетами этого комплекса. Вовторых, активаторы стимулируют транскрипцию после образования преинициаторного комплекса стадия i. Втретьих, активаторы могут взаимодействовать с факторами, способными изменять структуру хроматина в районе промотора. Локальное изменение структуры хроматина стимулирует присоединение общих факторов транскрипции и образование преинициаторного комплекса то есть, двух вышеупомянутых стадий. Показано, что у дрожжей объектом регуляции служит в основном первая стадия 2. Активаторы транскрипции могут взаимодействовать со многими компонентами базового комплекса, но основной мишеныо для них является, вероятно, сложный белковый комплекс, называемый Медиатор. Он служит мостом между связанными со своими специфическими последовательностямимишенями факторами транскрипции и базовым транскрипционным комплексом, собранным на промоторе. Элементы последовательности ДНК, участвующие в инициации транскрипции РНКполН. Известно, по крайней мере, три типа последовательностей ДНК, имеющих большое значение при инициации транскрипции РНКполИ. Это, вопервых, коровый промоторный элемент, расположенный рядом с участком инициации транскрипции. Описаны два класса коровых элементов ТАТАбокс расположен на расстоянии п. и инициаторный богатый пиримидинОхМ участок 4i, влючающий старт инициации транскрипции. Существуют также неканонические промоторы, не содержащие ТАТАбокса или инициатора 4. Два других типа последовательностей, участвующих в инициации транскрипции проксимальный элемент промотор, расположенный на расстоянии от до нескольких сотен п. Общие транскрипционные факторы РНКполимеразы II. В последнее время были идентифицированы и охарактеризованы факторы, необходимые для транскрипции i vi. Эти факторы высококонсервативные белки, описаны для различных организмов, от дрожжей до человека. Они получили название общих транскрипционных факторов ii .