Эволюция короткого ретропозона В1

• Автор: Вениаминова, Наталья Александровна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 138 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Основные обозначения и сокращения

Введение

1. Обзор литературы

Мобильные генетические элементы

1.1. Ретротранспозоны.

1.2. Длинные ретропозоны I

1.3. Короткие ретропозоны I.

.3.1. Структура I.

1.3.1.1. Голова.

1.3.1.2. Тело

1.3.1.3. Хвост.
1.3.1.4. I с нетипичной структурой.
1.3.2. Механизм амплификации I.
1.3.2.1. Транскрипция.
1.3.2.2. Постгранскрипционная модификация.
1.3.2.3. Транспорт в цитоплазму.
1.3.2.4. Ретропозиция I
1.3.3. I, произошедшие из 7 РНК
1.3.3.1. I.
1.3.3.2. II
1.3.3.3. 7 РНКродственные I из геномов тупай
1.3.4. Возможные функции I и их роль в эволюции генома.
1.3.4.1. I, как источник последовательностей, регулирующих транскрипцию генов.
1.3.4.2. I и альтернативный сплайсинг
1.3.4.3. элементы и аденозининозиновое редактирование
1.3.4.4. Роль I при стрессовых воздействиях
1.3.4.5. Гены малых РНК, произошедшие от I.
1.3.4.6. I как филогенетические маркеры
2. Материалы и методы.
2.1. Материалы, реактивы и приборы, использованные в работе.
2.1.1. Ферменты и наборы
2.1.2. Плазмидные векторы.
2.1.3. Другие реактивы
2.1.4. Материалы
2.1.5. Приборы
2.2. Выделение геномной ДНК.
2.3. Полимеразная цепная реакция
2.4. Электрофорез ДНК в агарозном геле
2.4.1. Выделение ДНК из геля
2.5. Радиоактивное мечение ДНК
2.6. Дотгибридизация.
2.7. Получение компетентных клеток
2.8. Создание геномных библиотек и их скрининг
2.9. Выделение плазмидной ДНК.
2.9.1. Метод 1.
2.9.2. Метод II
2 Секвенирование ДНК.
2 Компьютерный анализ
2 Выделение ядерного экстракта клеток асцитной карциномы Эрлиха АКЭ
2 Получение конструкций для транскрипции.
2 Транскрипция i vi
3. Результаты.
3.1. Число копий В1 в геномах разных семейств грызунов
3.2. Варианты нуклеотидных последовательностей В1 элементов
грызунов различных семейств.
3.3. Структура рВ 1 грызунов различных семейств.
3.4. Структура В1 и филогенетические связи грызунов различных семейств
3.5. Транскрипция рВ1 i vi
3.6. Поиск повторяющихся последовательностей в геноме i
4. Обсуждение результатов.
4.1. Эволюция В1 I.
4.2. I и филогения грызунов
4.3. Транскрипционная активность рВ 1.
Благодарности.
Список литературы


ретротранспозоны, как следует из названия, ограничены с двух сторон левым 5 и правым 3 длинными концевыми повторами и реплицируются подобно ретровирусам. Эти элементы транскрибируются РНКполимеразой II, с промотора, который находится в 5концевом . Кроме того, ретротранспозоны кодируют белки, необходимые для их амплификации. Эти белки закодированы в двух открытых рамках считывания i , . Белок считывается с первой рамки 1 . После процессинга полипептидного продукта гена образуются структурные белки нуклеокапсиды, связывающейся с РНК рстротранспозона. 2 кодирует полипротеин , который содержит 1 домены аспарагиновой протеиназы, необходимой для посттранскрипционного процессинга этого полипептида 2 обратную транскриптазу и рибонуклеазу Н, которые, образуя бифункциональный полипептид, осуществляют обратную транскрипцию и удаление РНКматрицы 3 интегразу, которая встраивает новую копию рстротранспозона в геном. По мере того как происходит накопление данных но определению нуклеотидных последовательностей различных эукариотических геномов, становится ясно, что геномы большинства организмов содержат ретротранспозоны. Несмотря на то, что практически все эти ретротранспозоны содержат гены и , указанные гены значительно отличаются своей нуклеотидной последовательностью и геномной организацией в различных элементах. Международным комитетом по таксономии вирусов IV было предложено разделить ретротранспозоны в зависимости от порядка расположения в них функциональных доменов в гене на группы ТуЗ Воске . Ту 1i Воеке . В элементах группы Ту i в гене функциональный домен образ ной транскриптазы располагается за интегразой, а у элементов группы ТуЗ функционапьный домен интегразы следует за доменом обратной транскриптазы, подобно организации гена у ретровирусов позвоночных Рис. Комитетом IV элементы группы Ту 1i предложено называть псевдовирусами vvii, а ТуЗ метавирусами vii. Рис. Два типа ретротранспозонов, отличающихся порядком расположения в них функциональных доменов в гене . Семейство vii населяет геномы многих эукариот, такие, как грибы vi . i . i , ii . . . V . vii классифицируют на группы в зависимости от присутствия ivi или отсутствия vi дополнительной третьей рамки считывания, обладающей сходством с геном v настоящих ретровирусов. Группа vi i , , отличается наличием хромодомена , который располагается на Сконце интегразы и содержит аминокислот i, . Кроме того, выделяют группу ivi ретротранспозоны i , . Филогенетический анализ vii показывает наличие клад vi, . 3, v включая и i2 семейства, i, , , , или клады . i . i i, i , V . Семин и Ильин, . Большинство клад vii имеют ограниченное распространение и встречаются только в отдельных таксономических группах, таких как членистоногие , 3 и , нематоды Сег, оболочники i и Тог и растения i. И только клада vi широко распространена среди грибов, растений и позвоночных. vvii предложено разделить на три группы vvi идентифицированы в геномах растений, ivi и ivi v . i . Наличие гена v не ограничено представителями ivi. Открытая рамка считывания, соответствующая vподобному гену, обнаружена также в элементах, принадлежащих к представителям отдельных родов семейств vii vi, ivi и vvii ivi i . Например, следующие метавирусы имеют vподобный ген i, недавно обнаруженный в геноме паразита человека i i . i, распространенный в геноме ii i V, и 2 ячменя Vii .