Характерные особенности химерных белков RecAX21 и RecAX53(Pseudomonas aeruginosa/Escherichia coli), обладающих повышенной рекомбиногенностью

• Автор: Червякова, Дарья Борисовна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 92 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений.

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Введение

I. 2. Функции гомологической рекомбинации

1. 3.Функции белка

1. 4. Структурнофункциональные особенности белка .

1.4. 1. Первая кристаллическая структура белка

I. 4. 2. Структуры активных филаментов

1. 5. Биохимические свойства белка

1.5. 1. Реакция переноса нити
1. 5. 2. Взаимодействие белка с он ДНК
1. 5. 3. Гидролиз АТФ
1. 5. 4. Связывание белка с двунитевой ДНК
1. 5. 5. Роль белка в реакции переноса нити.
1. 6. Гиперрекомбинания зависимая и независимая.
1. 7. Гиперрскомбиногснный белок
1. 8. Химерные белки X iii i.
Глава 2. Материалы и методы
2. 1. Конструирование векторов для экспрессии химерных белков
2. 2. Бактериальные штаммы.
2. 3. Ферменты и реактивы
2. 4. ДНК
2. 5. Среды
2. 6. Подготовка хроматографических носителей для выделения белков
2. 7. Выделение и очистка белков
2. 8. Реакции, катализируемые белками
2. 8. 1. Гидролиз АТФ.
2. 8. 2. Реакция переноса нити
2. 8. 3. Флюоресцентный метод анализа скорости инициации реакции переноса нити
2. 8. 4. Точность результатов.
Глава 3. Результаты и обсуждение...
Исследование рекомбинационных свойств химерных белков НесЛХ относительно ЯесАХ и химерного белка ЯесАХ,
по сравнению с белками КссАЕс и ЯссАРа.
3. 1. Скорости гидролиза ЛТФ, характерные химерным белкам
ЯесАХ, ЯесЛХ и КесАХ.
3. 2. Стехиометрия связывания химерных белков
3.3. Аффинность химерных белков КесАХ, ЯесАХ и ЯссЛХ к он ДНК
3. 4. Формирование химерными белками ЯесАХ, ЯесАХ и ЯесАХ
пресинаптических комплексов на коротких олигонуклеотидах.
3.5. Вытеснение химерными белками КссЛХ, ЯесАХ и ЯесАХ белка ББВ с
кольцевой он ДНК.
3. 6. Диссоциация химерных белков ЯесЛХ, ЯесЛХ и ЯесЛХЗЗ
с конца линейной он ДНК
3. 7. Связывание химерных белков ЯесАХ, ЯесАХ и Ясс АХ с днДНК
3. 8. Эффективность химерных белков ЯесЛХ, КесАХ и ЯссЛХ в реакции переноса нити ДНК
3. 9. Белок ЯесАХЗЗ активнее белков ЯссАЕс и ЯесЛРа инициирует
реакцию переноса нити
Глава 4. Заключение
4. 1. Особенности химерного белка ЯесАХ, лежащие в основе
его повышенной рекомбиногенности.
4. 2. Характерные особенности химерного белка ЯссЛХ, определяющие его
гинеррекомбиногенность.
Глава 5. Выводы
Список публикаций но теме диссертации
Список литературы


Она необходима для репарации повреждений ДК, репликации генома и правильной ещрегации хромосом в мейозе. ГР является основным механизмом поддержания генетической изменчивости популяций Ланцов, . Открытие гена гесЛ, выполняющего основные функции процесса ГР у ii i сделанное в году Кларком и Маргулисом, ознаменовало начало эры изучения молекулярных механизмов рекомбинации . Фундаментальную роль белка в регуляции метаболизма ДНК отражает его высокая консервативность в эволюции его структурные и функциональные гомологи были обнаружены во всех трех царствах живого у бактерий, архей и эукариот . iv, . Образуя активный филамент на ДНК, белок выполняет несколько функций в бактериальной клетке Ланцов, . . Он осуществляет основной процесс ГР грансферазную реакцию, участвует в репарации ДНК, обладает копротеазной активностью, катализируя автокаталитическое расщепление белка x А, ряда других реирсссоров и индуцируя тем самым ответ, а также задействован в мутагенсзе Сох, . В свете важной биологической роли белка , особого внимания заслуживают такие белки , которые обладают усиленными рекомбинационными свойствами. Изучение свойств птеррскомбиногенных белков позволит детальнее понять осуществляемую белком трансфсразную реакцию и выделить наиболее важные . ДНК характеристики белка . Исследование белков , обладающих повышенной рекомбииогеиностыо, позволило выявить два механизма, приводящих к повышению частоты рекомбинационных обменов ЧРО в клетке зависимый и независимый v, . В первом случае ЧРО преимущественно увеличивается в результате накопления белка в клетке при опосредованной дсрспрессии оисрона, а во втором случае к высоким значениям ЧРО приводит повышенная активность самого белка , вызванная его структурными особенностями. Известные мутантные формы белка из ii i . и 0 повышают ЧРО по зависимому пути v . v . из i вызывает увеличение ЧРО по независимому механизму v . Одним из первых изученных гиперрекомбиногенных белков , вызывающих повышение ЧРО но независимому пути, можно по праву считать белок , вызывающий увеличение частоты рекомбинации в 6,5 раз но сравнению е белком , при отсутствии индукции функций клетки v . По сравнению с белком , с гиперрекомбиногенностыо белка коррелирует повышенная стабильность его нуклеопротеиновых филаментов, более активное вытеенение белком белка с онДНК и связывание с днДНК, а также повышенная активность белка в инициации реакции переноса нити ДНК v . Для более легального исследования рекомбинационных свойств белка создали химерных гена гесА, состоящих из фрагментов генов гесА из i и ii i vv . Генетический анализ выявил среди них рекомбинационно полноценный геи X v . Наше внимание привлекли 3 химерных гена пара гесАХ и гесАХу и ген гесАХЗЗ. Химерный белок X отличается от белка X одной аминокислотной заменой а. , но при этом обладает почти втрое большей рекомбииогенностыо, чем белок X. Химерный белок X отличается от белка 5 а. ЧРО. Экспрессия гена гесАХЗЗ приводит к повышению ЧРО в бактериальных клетках почти в 9 раз, по сравнению с геном гесЛЕс, и в 1,5 раза по сравнению с v . Все три химерные гены гесА не приводят к конститутивной индукции функций клетки, т. X и X характерен независмый механизм гиперрекомбинации, как и для белка v . Перед нами возник вопрос какие свойства лежат в основе повышенной рекомбиногенности белков X и X В представленной работе дается ответ на поставленный вопрос. Цель работы. Целыо работы было выявление тех биохимических особенностей белков X и X, которые лежат в основе их повышенной рекомбиногениосги. Задачи исследовании.