Малая ядрышковая РНК U87 и ее ген-хозяин

• Автор: Макарова, Юлия Алексеевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 126 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Основные обозначения и сокращения.

Введение.

1. Обзор литературы

Малые ядрышковые РНК.

1.1. семейство мякРНК

1.2. НАСАсемейсгво мякРНК

1.3. Малые РНК из телец Кахаля.

1.4. РНКаза Р и РНКаза эндонуклеазы, содержащие РНК.1

1.4.1. РНКаза Р.

1.4.2. РНКаза .

1.5. Номенклатура мякРНК.
1.6. Гены мякРНК.
1.6.1. Гены мякРНК позвоночных
1.6.2. Гены мякРНК дрожжей
1.6.3. Гены мякРНК растений.
1.6.4. Гены мякРНК простейших.
1.6.5. Гены мякРНК дрозофилы
1.6.6. Гены мякРНК архебактерий.
1.6.7. Заключение.
1.7. Гены хозяева мякРНК позвоночных
1.8. Транскрипция генов мякРНК.
1.9. Созревание и транспорт мякРНК.
1 Формирование РНП.
11. Белки С мякРНП
12. Сборка С мякРНП.
13. Белки НАСА мякРНП
14. Сборка НАСА мякРИП.
15. Белки, участвующие в биогенезе С и НАСА мякРНП.
1 Модификации рРНК и их роль.
11. Виды модификаций РНК у разных таксонов
ф 12. Локализация 20метилированной рибозы и
псевдоуридина в рРНК
13. Паттерны модификации отличаются у крупных
систематических групп
14. Функции модификаций.
2. Материалы и методы
2.1. Материалы, реактивы и приборы, использованные в работе
2.2. Работа с клетками Е. соН и выделение плазмидной ДНК.
2.3. Клеточные культуры
2.4. Фракционирование клеточного содержимого
2.4.1. Выделение фракций цитоплазмы, нуклеоплазмы и ядрышек.
2.4.2. Выделение ядерной, цитоскелетной и свободной фракции.
2.5. Анализ клеточных экстрактов на сахарозных градиентах.
2.6. Выделение ДНК и РЖ.
2.6.1. Выделение ДНК.
2.6.2. Выделение РНК.
2.7. Клонирование полноразмерной копии икДНК
2.8. Клонирование локуса, несущего ген мякРНК.
2.9. РАСЕанализ иРЮ РНК.
2 Секвенирование ДНК
2 Идентификация 5концов РНК методом удлинения праймера
2 Нозернблот анализ
2 Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей
3. Результаты
3.1. РНК новая мякРНК СОсемейства.
3.1.1. Обнаружение и получение полноразмерной
нуклеотидной последовательности 1 РНК
3.1.2. Анализ нуклеотидной последовательности Е РНК.
3.1.3. Определение внутриклеточной локализации РНК.
3.1.4. РНК кодируется уникальным геном.
3.2. Ш7НС иекодирующий генхозяин Н мякРНК
3.2.1. РНК кодируется интроном некодирующего белок гена
3.2.2. Ген Ш7НО принадлежит к 5ТОР семейству генов
домашнего хозяйства.
3.2.3. Ш7НО РНК локализована в цитоплазме и стабильна.
3.2.4.НО РНК ассоциирована с рибосомами.
3.2.5. Влияние ингибиторов трансляции на концентрацию РНК.
3.2.6. Различный уровень ассоциации РЫК и РНК с рибосомами вносит вклад в их разную подверженность
3.3. Круг распространения мякРНК и ее генахозяина.
3.3.1. присутствует у позвоночных, но не у растений и дрожжей
3.3.2. Мишень РНК расположена в консервативном участке рРНК.
3.3.3. не меняет генахозяина
3.3.4. Число экзонов в гене и число генов РНК в его
нитронах может изменяться
3.3.5. Другие некодирующие гены хозяева изменяются сходным образом.
4. Обсуждение.
4.1. мотив может формироваться в предшественнике мякРНК
4.2. Количество и состав генов мякРНК в нитронах некодирующих
геновхозяев меняется у разных систематических групп
4.3. Ген принадлежит к 5ТОР семейству генов домашнего хозяйства.
4.4. Малая подверженностьиНС РНК деградации может быть
связана не только с низкой интенсивностью трансляции
4.5. Нуклеотидная последовательность более консервативна
по сравнению с транскриптами других некодирующих геновхозяев
4.5.1. Парные и множественные выравнивания II, и 5 РНК
4.5.2. Парные выравнивания локусов генов , 5 и .
4.5.3. Некодирующие шггроны в гене .
4.6. Степень консервативности РНК соответствует консервативности НТО
4.7. Функциональность некодирующих геновхозяев
Выводы.
Благодарности
Список литературы


Кроме того, они вносят вклад в представление о тенденциях изменений гомологичных генов у позвоночных. Малые ядрышковые РНК мякРНК, англ. , впервые описаны в конце х годов в клетках млекопитающих, однако существенный прогресс в данной области достигнут только к середине х благодаря развитию адекватных экспериментальных подходов. К настоящему времени известно более 0 видов мякРНК, и этот список продолжает расти. Круг распространения мякРНК очень широк они присутствуют у всех эукариот и даже у архебакгерий, где, видимо изза отсутствия ядрышка, были названы i. МякРНК относятся к стремительно растущей группе некодирующих РНК, которые выполняют в клетке удивительно широкий спектр функций. МякРНК локализованы в ядрышке, количество их разновидностей и копий таксонспецифично. Например, у позвоночных видов этих РНК примерно в два раза больше, чем у дрожжей. Кроме того, в клетке позвоночных число молекул каждого вида лежит в диапазоне от 4 до 5 , а у дрожжей от Ю2 до 3 x i, . Почти все известные мякРНК необходимы для процессинга . , 5. и рРИК транскрибируются в ядрышке в составе пре. При созревании в этот предшественник вносится несколько разрывов, в результате чего удаляются внешние и внутренние транскрибируемые спейсеры и высвобождаются молекулы рРИК. Одновременно с транскрипцией начинаются модификации нуклеотидов рРНК, происходящие, за единичными исключениями , , на стадии пре, еще до завершения транскрипции i vi, . Интересно, что модификации полностью отсутствуют в транскрибируемых спейсерах i vi, . Две наиболее распространенные модификации метилирование остатков рибозьт по 2ОН и превращение уридина в псевдоуридин. Количество таких модифицированных нуклеотидов различно у разных таксонов например, у позвоночных насчитывается примерно 0 участков модификаций каждого вида, а у дрожжей около ii i, . Почти все мякРНК определяют сайты модификации рРНК, а также участвуют в разрезании прерРИК. Нуклеотидные последовательности мякРНК обладают рядом консервативных элементов. К мякРНК также относят РНК, входящую в состав РНКазы и иногда похожую на нее РНК РНКазы Р. Несколько видов РНК этого семейства необходимы для разрезания прерРНК 3, 8, и v i, , в ходе которого они комплементарно взаимодействуют несколькими участками с прерРНК, действуя как РНКшапероны i . Их отсутствие приводит к гибели клеток. Интересно, что детали такого консервативного процесса отличаются у разных таксонов. Так, 8 РНК, участвующая в образовании рРНК, присутствует у позвоночных, но не найдена у растений и дрожжей . Остальные мякРНК вовлечены в метилирование рибозы по 20положению мякРНК определяет остаток рибозы, который будет модифицирован, а связанные с ней белки осуществляют метилирование. Большинство таких гидовых мякРНК участвует в модификации рРНК. Длина большинства С мякРНК составляет около и. Все РНК семейства содержат последовательности С и . Они расположены в 5 и 3 концевых участках мякРНК и обычно сближены за счет шпилыш, образованной концами РНК рис. Образующаяся структура, включающая последовательности С, и концевую шпильку, названа мотивом . Недавно показано, что мотив устроен сложнее и состоит из двух коротких двуцепочечных участков и расположенной между ними петли. Такая структура включает в себя обнаруженный недавно РНКмотив, названный i или, сокращенно, i . Этот структурный мотив часто присутствует в РНК он неоднократно встречается в рРНК, найден в 4 мяРНК, в нескольких мРНК и в РНК РНКазы . Консенсусная последовательность мотива включает в себя нуклеотидов Рис. Первый двуцелочечиый участок образован обычно двумя парами, а второй двуцепочечный участок начинается двумя неканоническими парами, обычно , и состоит из четырех пар комплементарно взаимодействующих остатков.