Эпидемиологические и микробиологичесике особенности хронической инфекции, вызванной бактериями комплекса Burkholderia cepacia, у больных муковисцидозом

• Автор: Алексеева, Галина Вальтеровна
• Шифр специальности: 14.02.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 169 с. : 9 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 1. ЭПИДЕМИOJIОГЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ ИНФЕКЦИИ, ВЫЗВАННОЙ БАКТЕРИЯМИ BURKHOLDERIA CEPACIA
1 .Эпидемиологические особенности инфекции, вызванной бактериями комплекса В. cepacia у больных муковисцидозом

2. Особенности биологии и экологии бактерий рода Burkholderia..

3. Клиническое значение бактерий В. cepacia для человека

4. Методы исследования фенотипических и генотипических свойств бактерий В. cepacia

ГЛАВА 2. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА БАКТЕРИЙ BURKHOLDERIA CEPACIA

1. Идентификация бактерий В. cepacia
2. Антигенные свойства бактерий В. cepacia
3. Особенности генома В. cepacia
4. Необычные метаболические свойства В. cepacia
5. Факторы патогенности бактерий В. cepacia
6. Формирование биопленок
7. Инсерционные последовательности (ИП)
8. Межклеточное и внутриклеточное выживание бактерий комплекса В. cepacia
ЧАСТЬ II. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЛАВА 1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Материалы
2. Методы
ГЛАВА 2. СТРУКТУРА МИКРОФЛОРЫ НИЖНИХ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ У БОЛЬНЫХ МУКОВИСЦИДОЗОМ ДЕТЕЙ РАЗЛИЧНЫХ ВОЗРАСТНЫХ ГРУПП
ГЛАВА 3. РАЗРАБОТКА АЛГОРИТМА ИДЕНТИФИКАЦИИ И ТИПИРОВАНИЯ БАКТЕРИЙ КОМПЛЕКСА В.CEPACIA
1. Фенотипические методы исследования свойств клинических штаммов В. cepacia
2. Изучение продукции факторов патогенности клиническими штаммами В. cepacia
3. Молекулярно-биологические методы для исследования госпитальных штаммов бактерий В. cepacia
4. Генетическое типирование штаммов В. cepacia, циркулирующих в различных клиниках г. Москвы и других городов России
5. Выявление эпидемически значимых штаммов В. cepacia
ГЛАВА 4. СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ В. CEPACIA, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ БОЛЬНЫХ МУКОВИСЦИДОЗОМ И ПАЦИЕНТОВ МОСКОВСКИХ СТАЦИОНАРОВ
1. Сравнение продукции факторов патогенности
2. Изучение чувствительности штаммов к антимикробным препаратам
3. Изменение чувствительности штаммов к антибиотикам по годам..
4. Выявление эпидемических маркеров
5. Выявление степени генетического родства между штаммами, выделенными от больных муковисцидозом и клиническими штаммами.
ГЛАВА 5. МОНИТОРИНГ ПЕРСИСТЕНЦИИ ШТАММОВ В. CEPACIA У
ДЕТЕЙ БОЛЬНЫХ МУКОВИСЦИДОЗОМ
1. Фенотипические свойства штаммов В. cepacia

2. Генотипические свойства штаммов В. cepacia
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СВОДНЫЕ ТАБЛИЦЫ ХАРАКТЕРИСТИК ШТАММОВ В. CEPACIA
ЛИТЕРАТУРА

устанавливать их роль в изучаемом явлении. Такой молекулярный маркер назван экспрессирующимися генами.
Секвенирование последовательностей, амплифицируемых в ПЦР, объединяет все методы типирования. В связи с этим кажется вероятным, что лучшим методом типирования является секвенирование. Однако это далеко не так, несмотря на значительное упрощение и автоматизацию в последние годы методики секвенирования.
Прежде всего, следует помнить, что данным методом анализируется только очень малая часть хромосомы микроорганизма. В отличие от методов ПЭ, Яср-ПЦР или ПП-ПЦР с помощью данного метода, тестируется только незначительный участок хромосомы, который потенциально может варьировать у штаммов бактерий. В связи с этим такая малая часть анализируемой ДНК должна отвечать нескольким критериям, чтобы ее можно было использовать для дифференциации .штаммов.
Во - первых, структура тестируемого гена или участка ДНК должна представлять собой вариабельную последовательность, фланкированную консервативными участками. Это позволяет проводить амплификацию последовательности с помощью ПЦР и типировать всех представителей вида.
Во - вторых, вариабельность внутри выбранного гена или последовательности должна быть в такой степени значимой, чтобы типировать различные штаммы определенного вида. И, наконец, выбранная для исследования последовательность не должна горизонтально передаваться в другие штаммы вида.
К сожалению, нуклетиодных последовательностей, отвечающих приведенным критериям, среди бактерий не так уж и много. Наиболее часто используемые для идентификации нового вида микроорганизмов гены 168 рРНК дают незначительную вариацию у штаммов определенного вида, а