Генодиагностика рака : оптимизация методов выявления мутантных аллелей в ДНК тканей и биологических жидкостей организма

• Автор: Кондратова, Валентина Николаевна
• Шифр специальности: 14.01.12
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 107 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Циркулирующие ДНК и РНК: биологическая роль

1.1.1. Горизонтальный перенос информации

1.1.2. Внеклеточные ДНК и РНК как продукты распада

1.2. Циркулирующие ДНК и РНК: маркеры опухоли

1.2.1. Концентрация ДНОК

1.2.2. Размеры фрагментов

1.2.3. Генные мутации
1.2.4. Аберрантное метилирование
1.2.5. Потеря гетерозиготности
1.2.6. Вирусные нуклеиновые кислоты
1.2.7. Циркулирующие РНК
1.3. Жидкостная биопсия: проблемы
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Выделение нуклеиновых кислот
2.2. Полимеразная цепная реакция
2.3. Секвенирование
2.4. Электрофорез ДНК
3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1. Изотахофорез нуклеиновых кислот 30 .
3.1.1. Теоретическое обоснование метода
3.1.2. Практическая реализация метода
3.1.3. Количественная экстракция нуклеиновых кислот
3.1.4. Выводы
3.2. Количественная денситометрия ДНК
3.2.1. Материалы и методы
3.2.2. Результаты
3.2.3. Выводы
3.3. Сопоставление методов выявления мутаций
3.3.1. Материалы и методы
3.3.2. Результаты
3.3.3. Выводы
3.4. Опухоли полости рта: циркулирующие вирусные ДНК
3.4.1. Материалы и методы
3.4.2. Результаты
3.4.3. Выводы
3.5. Сателлитные РЖ как маркеры опухолевого роста
3.5.1. Материалы и методы
3.5.2. Результаты
3.5.3. Выводы
4. ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ ПУБЛИКАЦИИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ:
БФС - бромфенол синий
ВЭБ - вирус Эпштейна-Барр
ГИТЦ - гуанидинизотиоцианат
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ДОГТР - другие опухоли полости рта
кДа - килодальтон
кДНК - комплементарная ДНК
КЦ - ксиленцианол
ЛЦР - лигазная цепная реакция
микроРНК - малые некодирующие молекулы РНК
мкг - микрограмм
мкл - микролитр
МКИ - межквартильный интервал
мРНК - матричная РНК
мтДНК - митохондриальная ДНК
нг - нанограмм
ОТ-ПЦР - обратная транскрипция-полимеразная цепная реакция
ОТ-ПЦР-РВ - обратная транскрипция-полимеразная цепная реакция в
реальном времени ПААГ - полиакриламидный гель
п.о. - пара оснований
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ПЦР-РВ - ПЦР в реальном времени
РНГ - рак носоглотки
РНК - рибонуклеиновая кислота
рРНК - рибосомная РНК
т.п.о. — тысячи пар оснований
тРНК - транспортная РНК

А В С D Е
12 12 12 12
Рис. 2. ИТФ ДНК в трубках агарозного геля.
(А-D) Образец гетерогенной ДНК (100 нг в 1 мл диализованного раствора) концентрировали в
стеклянных и пластиковых трубках. Распределение «свидетелей» (КЦ и БФС) наблюдали в видимом свете (изображения под № 1), распределение ДНК - в УФ свете (изображения под № 2).
(A) Образец ДНК перед ИТФ (в стеклянной трубке.)
(B) Образец (А) после ИТФ (окраска бромистым этидием).
(C) Образец ДНК после ИТФ в пластиковой трубочке (отмечен участок иссечения трубки, содержащий полосу ДНК; окраска SYBR Gold).
(D) Электрофорез образца ДНК в гомогенном поле (катодная и анодная камеры содержат один тот же буфер: 12 мМ Трис-Р-аланин, pH 8,6).
(E) Элюция ДНК из среза 10% полиакриламидного геля (срез выдержан 1 час в дистиллированной воде в присутствии SYBR Gold и помещен в 1 мл буфера 12 мМ Трис-Р-аланин, pH 8,6). Распределение ДНК до и после ИТФ в течение 3 час при комнатной температуре (изображения № I и №2, соответственно; окрашивание SYBR Gold).