Молекулярно-генетическая характеристика последовательности HS.633957 человека

• Автор: Полев, Дмитрий Евгеньевич
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 148 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список сокращений и обозначений

Введение

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1Л Геном человека

1.2 Регуляция транскрипции генов

1.2.1 Регуляторные элементы генов

1.2.2 Регуляция транскрипции генов за счёт метилирования ДНК

1.2.3 Регуляция транскрипции генов за счёт модификаций хроматина

1.2.4 Роль клеточного протоонкогена с-Мус в регуляции транскрипции генов

1.3 Некодирующие РНК

1.3.1 История обнаружения миРНК
1.3.2 Функции миРНК
1.3.3 Основные признаки миРНК
1.4 РНК-маркёры опухолей
Глава 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Результаты анализа структуры кластера №.633957 базы данных ипЮепе
3.2 Результаты экспериментальной проверка экспрессии локуса №.633957 в нормальных и опухолевых тканях
3.3 Определение первичной структуры транскриптов локуса №.633
3.4 Определение основной сплайсинговой формы РНК
3.5 Анализ открытых рамок считывания
3.6 Анализ вторичной структуры РНК
3.7 Поиск потенциальных мишеней предсказанной миРНК
3.8 Изучение регуляторных участков локуса

3.9 Модификации хроматина в районе локуса Hs.633
ЗЛО Связь хроматина в районе первого экзона локуса Hs.633957 с транскрипционными факторами
3.11 Идентификация сайтов связывания транскрипционного фактора с-Мус
3.12 Филогенетический анализ локуса Hs.633
3.13 Поиск гомологичных транскриптов
3.14 Происхождение повторов L2 и AluJo в локусе Hs.633
3.15 Происхождение шпильки пре-миРНК Hs.633
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Локус Hs.633957 транскрибируется с образованием различных форм транскрипта, но имеет одну доминирующую форму
4.2 В локусе Hs.633957 закодирована миРНК, потенциально способная регулировать экспрессию гена DPYS
4.3 Экспрессия локуса Hs.633957 обусловлена Мус-зависимым промотором, специфическим для приматов
4.4 Структурная и регуляторные области гена миРНК Hs.633957 произошли de novo у приматов
4.5 Последовательность Hs.633957 как онкомаркер
Заключение
Выводы
Благодарности
Список литературы
Приложения

Список сокращений и обозначений
Сокращения на русском языке:
г - грамм
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кисло га
ЖКТ - желудочно-кишечный тракт
кДНК — комплементарная ДНК
МЖ - молочная железа
минтРНК - малые интерферирующие РНК
миРНК - микроРНК
мл - миллилитр
млн — миллион
нт - нуклеотид
нкРНК - некодирующая РНК ОРС — открытая рамка считывания
ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией
ПИК — преинициаторный комплекс
п.н. - пар нуклеотидов
пре-миРНК - предшественник миРНК
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота

интерференции PITK, приводящий к деградации мРНК (Hutvagner and Zamore, 2002). В то же время, степень комплементарное между миРНК и её мишенью влияет и на стабильность миРНК. Было показано, что миРНК, которые полностью комплементарны своим мишеням, быстро деградируют. Данное явление может объяснять, почему большинство миРНК имеет только небольшой участок, комплементарный мишени (Ameres et al., 2010). Интересно, что это же явление используется вирусами для контроля над экспрессией генов хозяина. Так, недавно было показано, что последовательности HSUR1 и HSUR2 вируса Herpesvirus saimiri имеют участки, комплементарные клеточной миРНК miR-27, которые, при взаимодействии с данной миРНК, активируют её деградацию. В результате нарушается регуляция активное целого ряда клеточных генов (Cazalla et al., 2010).
Консервативность является одним из обязательных критериев при поиске новых миРНК (Ambros et al., 2003; Stark et al., 2003; Rajewsky, 2006). Начиная с первых миРНК Iт-4 и let-7, которые сами оказались консерватавными и имели консервативные сайты-мишени (Lee et al., 1993; Moss et al., 1997; Reinhart et al., 2000), считается, что миРНК и их мишени - это консервативные элементы. В то же время, сайт-мишень не обязательно должен быть консерватавным, чтобы взаимодействовать с миРНК (Selbach et al., 2008), поэтому критерий консервативности полезен скорее для уменьшения количества ложноположительных результатов при массовом предсказании новых миРНК и. их мишеней, а не при индивидуальномфассмотрении генов.
Несмотря на то, что миРНК активно изучаются, и известны основные принципы биогенеза миРНК, компьютерные предсказания новых миРНК и их мишеней остаются неточными, а работы разных авторов лишь частично подтверждают друг друга (Rajewsky, 2006; Mendes et al., 2009). Только экспериментально можно окончательно подтвердить или опровергнуть принадлежность РНК-продукта какого-либо гена к миРНК.