Естественная рекомбинация у пикорнавирусов

• Автор: Белалов, Илья Шамильевич
• Шифр специальности: 03.02.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 103 с. : ил.

Оглавление
Список сокращений
Введение
Цель работы
Задачи работы:
Научная новизна
Практическая значимость работы
Обзор литературы
Строение генома пикорнавирусов
Трансляция вирусного генома
Репликация генома
Сборка вириона
Классификация пикорнавирусов
Эволюция пикорнавирусов
Рекомбинация
Естественная рекомбинация
Роль рекомбинации в эволюции
Материалы и методы
Выравнивание нуклеотидных последовательностей
Реконструкция филогении методом Neighbor-joining
Бутстрэп анализ
Матрицы филогенетической совместимости
Анализ филогенетического группирования
Графики сходства нуклеотидных последовательностей и бутскан-анализ
Консенсусное филогенетическое дерево
Реконструкция филогении с использованием Байесового вывода вероятности

Результаты
Матрицы филогенетической совместимости
Бутскан-анализ и графики сходства последовательностей
Филогенетические взаимоотношения в разных областях генома между
представителями вируса гепатита А
Филогенетические взаимоотношения для расширенной выборки вируса
гепатита А в двух участках генома
Анализ филогенетического группирования парэховирусов человека в
различных участках генома
Филогенетические взаимоотношения между парэховирусами человека в
структурной области генома
Филогенетические взаимоотношения между парэховирусами человека в неструктурной области генома
Обсуждение результатов
Рекомбинация у вируса гепатита А
Репродуктивная изоляция генотипов вируса гепатита А
Классификация вируса гепатита А и рекомбинация
Распределение точек рекомбинации у вируса гепатита А и других
пикорнавирусов
Рекомбинация у парэховирусов человека
Эндемичность ЗС-протеазы парэховирусов на территории Бразилии
Рекомбинация и молекулярное типирование пикорнавирусов
Рекомбинация и видовая идентичность пикорнавирусов
Выводы
Список литературы

Список сокращений
IRES - internal ribosome entry site; сайт внутренней инициации трансляции
elF - eukaryotic initiation factor; эукариотический фактор инициации
трансляции
РСВР - poly-cytosine binding protein; полицитозин-связывающий белок
РТВ - poly-pyrimidine tract binding protein; полипиримидин-связывающий
белок
РАВР - poly-adenylate binding protein; полиаденилат-связывающий белок
hnRNP С - heterogenous nuclear ribonucleoprotein С; гетерогенный ядерный
рибонуклеопротеин С
ere - cis-replicative element; we-репликативный элемент
НТО - нетранслируемая область
EV - энтеровирус
EMCV - Encephalomyocarditis virus; вирус энцефаломиокардита
FMDV - Foot-and-mouth disease virus', вирус ящура
HEV - Human enterovirus', энтеровирус человека
HRV - Human rhinovirus ; риновирус человека
SVDV - Swine Vesicular Disease Virus; вирус пузырчатки свиней
PTV1 - Porcine Teschovirus 1; вирус Тешена
TMEV - Theiler’s Murine Encephalomyelitis Virus; вирус энцефаломиелита
мышей Тейлера
HAV - Hepatitis A virus; вирус гепатита A
HPeV - Human parechovirus; парэховирус человека
tMRCA - time of most recent common ancestor; время жизни последнего
общего предка
ПЦР - полимеразная цепная реакция

Бутстрэп анализ
Бутстрэп анализ использовался для повышения качества реконструкции филогенетических взаимоотношений между исследуемыми
последовательностями, а также для оценки достоверности филогенетического группирования. Из исходного выравнивания нуклеотидных последовательностей случайным образом выбирается столбец (нуклеотиды из разных последовательностей, имеющие одинаковую позицию в выравнивании) и копируется в новое выравнивание, так продолжается до тех пор, пока длина нового выравнивания не достигнет исходного. Всего использовалось сто таких выравниваний. Для каждого выравнивания методом Neighbor-joining было построено филогенетическое дерево. На основе ста полученных деревьев, по правилу большинства (Margush and McMorris 1981), строилось итоговое филогенетическое дерево. Для получения бутсрэп-реплик использовалась программа SeqBoot. Построение итогового филогенетического дерева производилось с помощью программы Consense (Felsenstein 1989).
Матрицы филогенетической совместимости
Расчет матриц филогенетической совместимости проводился с помощью программы Simmonics v.1.6 (Simmonds and Smith 1999). Из полногеномного выравнивания был получен набор пересекающихся выравниваний длиной 500 нуклеотидов с шагом 100. По каждому из полученных выравниваний методом Neighbor-joining было построено филогенетическое дерево с использованием ста бутстрэп-псевдорепликатов. Каждое построенное дерево сравнивалось со всеми остальными. Для каждой пары филогенетических деревьев определялось наименьшее число топологических изменений, которое нужно внести в одно дерево, для того чтобы его топология (суть филогения) стала идентичной топологии второго дерева (Robinson and Foulds 1981). Полученная величина нормировалась на количество клад в дереве. Группы последовательностей с бутстрэп-поддержкой менее 70% при анализе не учитывались.