Определение роли dCTCF в организации дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами bithorax-комплекса Drosophila melanogaster

• Автор: Ивлиева, Татьяна Александровна
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 97 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Е ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Регуляция транскрипции в bithorax-комплексе Drosophila melanogaster

1.1.1. Структура ВХ-С

1Л .2. Фазы регуляции ВХ-С

1Л.З. Границы регуляторной области ВХ-С

1.1.3.1. Fab

1.1.3.2. Fab

1.1.3.4. Fab
1.1.4. Дистанционные взаимодействия между регуляторными
элементами ВХ-С
1.1.4.1. Элемент PTS (Promotor Targeting Sequence)
1.1.4.2. Элемент РТЕ (Promoter Tetherig Element)
1.1.4.3. Коммуникаторная роль инсуляторов
1.2. Белки, участвующие в поддержании дистанционных взаимодействий

1.2.1.1. CTCF как транскрипционный фактор
1.2.1.2. Инсуляторная роль CTCF
1.2.1.3. CTCF и дистанционные взаимодействия
1.2.2. Гомолог CTCF у дрозофилы

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Генетические методы
2.1.1. Линии Drosophila melanogaster
2.1.2. Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий
2.1.3. Фенотипический анализ экспрессии генов yellow и white в трансгенных линиях
2.1.4. Генетические скрещивания
2.2. Биохимические методы
2.2.1. Выделение ДНК из дрозофилы
2.2.2. Саузерн-блот-анализ
2.2.3. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР)
2.2.4. Молекулярное клонирование
2.2.5. Трансформация бактериальных клеток плазмидами
2.2.6. Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса
2.2.7. Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля
2.2.8. Создание конструкций
2.2.9. Метод торможения ДНК-белковых комплексов в геле (EMSA)
2.2.10. Иммунопреципитация хроматина

3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Исследование границ Fab-3, Fab-4 и Fab-б на способность блокировать взаимодействие между энхансерами и промоторами
3.2. Fab-3, Fab-4 и Fab-6 способны поддерживать дистанционные взаимодействия
3.3. Способность границ Мер, Fab-6, PTS/F8 к дистанционным взаимодействиям не зависит от dCTCF
3.4. Изучение роли dCTCF во взаимодействиях между предпромоторной областью rtmAbd-B и границами PTS/Fab-8 и Fab
3.5. Участок предпромоторной области гена Abd-B селективно взаимодействует с границами своей регуляторной области
4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Свойства новых границ Fab-3, Fab-4 и Fab
4.2. Роль dCTCF в поддержании дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами в bithorax- комплексе Drosophila melanogaster
4.3. Селективность дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами в bithorax-комплексе
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Роль CTCF в образовании хроматиновых контактов в данном локусе была подтверждена с помощью программируемого нокаута гена, а также мутирования сайта связывания CTCF в 3’HSl (Splinter et al., 2006).
Регуляция транскрипции в локусе генов второго класса главного комплекса гистосовместимости человека (MHCII)
Гены HLA-DRB1 и HLA-DQA1 из МНСИ человека конститутивно эксперссируются в В-лимфоцитах, макрофагах и дендритных клетках. Транскрипция этих генов регулируется элементом XL9, который расположен между ними. XL9 содержит сайт связывания CTCF, который обуславливает его энхансер-блокирующую активность в трансгенных модельных системах (Majumder et al., 2006).
Рисунок. 13. Схема хроматиновой петли, образующейся в локусе генов НЬА-ОЯВ1 и НЬА-Б()А1 из МНСІІ человека (РЫШрэ & Согсея, 2009). Пояснения в тексте.
С помощью метода ЗС был показан физический контакт между регуляторным элементом ХТ9, связывающим СТСР, и промоторными областями двух окружающих его генов (Міцшшіег щ а1., 2008). Наличие таких контактов необходимо для координированной активации этих генов. Образование