Геномная вариабельность трематод (Trematoda) на стадии промежуточного хозяина - моллюска

• Автор: Корсуненко, Анна Владимировна
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 174 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК ОСНОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Особенности жизненного цикла, биологии и систематики паразитических червей класса Дигенетические Сосальщики, или Трематоды (Platyhelminthes: Trematoda)

1.2. Партеногенез и клональная изменчивость. “Нестабильность”

генома трематод

1.3. Особенности организации генома трематод

1.3.1. Геном шистосом млекопитающих Schistosoma mansoni и S. japonicwn. Уникальные и повторяющиеся последовательности трематод

1.3.2. Мобильные генетические элементы трематод

1.4. Исследование геномной вариабельности и филогении трематод с помощью молекулярно-генетических маркеров
1.4.1. Внутривидовая и межвидовая генетическая изменчивость
1.4.2. Молекулярная филогения трематод
1.5. Использование молекулярно-генетических маркеров для диагностики трематод
II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
II. 1. Материалы
II.2. Методы
11.2.1. Выделение ДНК
11.2.2. Полимеразная цепная реакция
11.2.3. Элюция и секвенирование
И.2.4. Клонирование
11.2.5. Статистическая обработка результатов
11.2.6. Биоинформатический анализ данных
III. РЕЗУЛЬТАТЫ
III. 1. Исследование RAPD-изменчивости партеногенетического
потомства у представителей различных семейств трематод
III. 1.1. Клональная изменчивость в группах спороиистоидных и
редиоидных трематод
III. 1.2. Клональная и популяционная изменчивость церкарий
трематод Bucephalus polymorphus и Trichobilharzia szidali
111.2. Характеристика вариабельных RAPDs из генома церкарий трематод Trichobilharzia szidati, Т. franki и Echinoparyphium aconiatum
111.2.1. Создание RAPD-клонотеки
111.2.2. Структурные особенности RAPDs
111.3. Характеристика нуклеотидных последовательностей из генома церкарий птичьих шистосом Trichobilharzia szidati и Bilharziella polonica, полученных с помощью праймеров, сконструированных
на основе RAPDs
111.3.1. Составление клопотеки
111.3.2. Структурные особенности последовательностей, полученных на основе RAPDs
111.4. Разработка новой молекулярно-диагностической системы для детекции птичьих шистосом из рода Trichobilharzia (Т. franki, Т.
szidati, Т. regenti) на стадии промежуточного хозяина - моллюска
111.4.1. Подбор праймеров и оптимизация молекулярнодиагностической системы
111.4.2. Сравнительная характеристика последовательностей птичьих шистосом Т. franki, Т. szidati, Т. regenti, полученных с помощью локус-специфичных праймеров
TR98F и TR98R
IV. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
IV. 1. Исследование RAPD-измеичивости партеногенетического
потомства у представителей различных семейств трематод
IV.2. Анализ последовательностей, выделенных из геномов четырех видов трематод (Trichobilharzia szidati, Т. franki, Bilharziella
polonica и Echinoparyphium aconiatum)
IV.3. Разработка новой молекулярно-диагностической системы для детекции птичьих шистосом из рода Trichobilharzia (Т. franki, Т. szidati, Т. regenti) на стадии промежуточного хозяина - моллюска
V. ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

инвариантными у червей F. hepatica из Австралии и Уругвая, а также у немногочисленных / особей F. gigantica из Малайзии и F. sp. из Японии [Hashimoto et al„ 1997; Itagaki et al., 1998]: В то же время, вариабельность nadl у E. caproni составила 2.5 % [Morgan and Blair, 1998a].
Однако уровни межвидовой вариабельности, выявляемой с помощью мт маркеров у различных представителей трематод, значительно выше по сравнению с внутривидовой изменчивостью. Так, межвидовая вариабельность coxl достигала 16% у Ichthyocotylunts [Bell et al., 2001] и 6.3—14.1% у Echinosloma. Сходным образом, отличия между последовательностями coxl S. japonicum и S. mekongi, S. mansoni составили 13 и 24% нуклеотидных замен соответственно [Bowles et al., 1993]. Изменчивость по гену ND1 между видами Echinostoma составила 12.3-30.8 % [Morgan and Blair, 1998а].
1.4.2. Молекулярная филогения трематод
За последнее десятилетие большую популярность получило использование молекулярно-генетических маркеров для решения вопросов филогении и систематики трематод. Наиболее часто используемыми для этих целей маркерами являются последовательности ядерной и митохондриальной рДНК. Рибосомная ДНК представляет собой удобный молекулярный маркер и с успехом может быть использована для выявления межвидовых различий, а также филогенетических взаимоотношений между таксонами более высокого порядка (род, семейство). Чаще всего для постороения филогенетических реконструкций на уровне семейств и родов используют последовательности ядерных (18S и 28S) и митохондриальных (coxl) генов рДНК.
Использование двух ядерных генов рРНК — частичной последовательности большой (IsrDNA) и полной последовательности малой (ssrDNA) субъединиц рибосомной ДНК — позволило определить родственные связи между основными группами трематод [Olson et al., 2003]. Дополнительное использование IsrDNA, а также включение в анализ большего количества таксонов позволило во многом улучшить и уточнить более раннюю классификацию, основанную только на ssrDNA [Cribb et al., 2001]. Использование Байесова метода при построении филогенетических деревьев позволило авторам получить более точную классификацию класса по сравнению с другим использованным ими методом — максимальной парсимонии. Согласно классификации, построенной на основании анализа последовательностей ssrDNA и IsrDNA, трематоды делятся на две основные группы: порядок Diplostomida и порядок Plagiorchiida (рис. 4). В состав клады Diplostomida вошли линии Brachylaimoidea и Diplostomoidea, а также третья линия, образованная семействами кровяных сосальщиков — Sanguinicolidae, Schistosomatidae,