Выявление и характеристика кодирующих последовательностей на B-хромосомах сибирской косули

• Автор: Дементьева, Полина Владимировна
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 148 с. : ил.

Оглавление

Список принятых в работе сокращений и условных обозначений

Введение

1. Обзор литературы

1.1 В-хромосомы

1.1.1. Происхождение В-хромосом

1.1.1.1 Происхождение В-хромосом от аутосом

1.1.1.2 Происхождение В-хромосом от половых хромосом

1.1.1.3 Происхождение В-хромосом в результате межвидовой гибридизации

1.1.2 Отличительные свойства В-хромосом

1.1.2.1 Перспективы использования В-хромосом в биотехнологии

1.1.3 Структура В-хромосом
1.1.3.1 Молекулярный состав В-хромосом
1.1.3.2. Локализация уникальных аутосомных генов на добавочных хромосомах
1.1.4 В-хромосомы млекопитающих
1.2 Сегментные дупликации и амплификация генов
1.3 Структура и функции генов TNNI3K, FPGT и LRR1Q
1.3.1 Структура и функции гена TNNI3K
1.3.2 Структура и функции гена FPGT
1.3.3 Структура гена LRRIQ
1.4 Род косуля Capreolus
1.4.1 Филогенетические связи семейства Cervidae
1.5 Хромосомная эволюция семейства оленьих (Cervidae)
1.6 Заключение
2. Материалы и методы
2.1 Материалы
2.2. Методы
2.2.1 Культивирование культур клеток фибробластов и получение суспензии хромосом..
2.2.2 Приготовление препаратов метафазных хромосом
2.2.3 GTG-бэндинг
2.2.4 Флуоресцентная in situ гибридизация
2.2.4.1 Гибридизация
2.2.4.2 Постгибридизацнонные отмывки, детекция и усиление сигнала
2.2.5 Полимеразная цепная реакция
2.2.6 DOP-ПЦР

2.2.7 Получение DOP библиотеки ДНК ВАС клонов
2.2.8 Мечение ДНК ВАС клонов
2.2.9 Полимеразная цепная реакция в реальном времени
2.2.10 Получение Cot 10 ДНК косули
2.2.10.1 Реассоциация ДНК
2.2.10.2 Гидролиз однонитчатой ДНК S1-нуклеаюй
2.2.11 Секвенирование ДНК
2.2.11.1 Секвенирование ДНК
2.2.11.2 Переосаждение ДНК
3. Результаты и обсуждение
3.1 Стандартизация кариотипа косули, выявление гомологичных районов аутосом косули, коровы и верблюда
3.2 Картирование участков ДНК, лежащих на В-хромосомах косули
3.2.1 Картирование участков ДНК, лежащих на В-хромосомах косули с помощью ВАС клонов коровы
3.2.2 Картирование участков ДНК, лежащих на В-хромосомах косули, с помощью ПЦР на библиотеке сортированных добавочных хромосом
3.3 Оценка копийности генов, присутствующих на добавочных хромосомах у сибирской косули
3.4 Сравнение первичной структуры гомологичных фрагментов ДНК аутосом и В-хромосом
3.4.1 Сравнение первичной структуры гомологичных фрагментов ДНК аутосом и В-
хромосом гена LRRIQ
3 4.2 Сравнение первичной структуры гомологичных фрагментов ДНК аутосом и В-хромосом генов TNNI3K и FPGT
3.5 Оценка эволюционной консервативности генов TNN13K и FPGT
3.5.1 Сравнение первого экзона гена FPGTв ряду' млекопитающих
3.5.2 Сравнение второго экзона гена FPGT в ряду млекопитающих
3.5.3 Сравнение третьего экзона гена FPGT вряду млекопитающих
3.5.4 Сравнение четвертого экзона гена FPGT в ряду млекопитающих
3.5.5 Сравнение промоторной области гена TNNI3K у оленьих
3.5.6 Сравнение первого экзона гена TNNI3K у оленьих
3.6 Обнаружение транскрипционной активности копии гена FPGTрасположенного на В-хромосомах
4. Заключение

56 Thomomys baitae 76 1-12 Mi Patton, Sherwood 1
57 Thomomys umbrinus 76-78 6-12 Mi Patton, Sherwood, 1
58 Ts eher skia triton 28 1-2 A Борисов и др., 1
59 Uromys caudimaculatus 46 1-12 SM, M, A Baverstock et al., 1
*Примечания: М - метацентрическая хромосома, SM - субметацентрическая, А -акроцентрическая, mi - микрохромосома.
Согласно таблице 1, добавочные элементы в одних отрядах млекопитающих представлены очень широко, в других — встречаются очень редко или совсем отсутствуют. Так только в одном семействе Canidae отряда хищных у шести видов были обнаружены добавочные хромосомы. И единичное число видов, относящихся к отрядам насекомоядных, рукокрылых и приматов, содержат добавочные элементы в своем кариотипе. В отряде рукокрылых существует два вида, несущих В-хромосомы. В отряде насекомоядных встречается только один вид с В-хромосомами - малая белозубка.
Из таблицы 1 также ясно видно, что рекордсменом по числу видов, несущих В-хромосомы, является отряд грызунов.
Вероятно, это связано с тем, что отряд грызунов отличается высокими темпами кариотипической эволюции и, соответственно, кариотип грызунов отличается наиболее высокой перестроенностью по сравнению с другими группами млекопитающих. Помимо грызунов данный феномен характерен и для семейства собачьих Canidae (Trifonov et al., 2002).
В отряде парнокопытных можно выделить четыре вида, несущих добавочные элементы: сибирская косуля (Capreolus pygargus) (Sokolov et al., 1978; Graphodatsky et al., 1990), большой мазама (Mazama americana) (Taylor et al., 1969), серый мазама (Mazama gouazoubirä) (Neitzel et al., 1987) и кабарга (Moschus Sibiriens) (Sokolov, Prikhodko, 1998). Примечательно, что все эти виды обладают кариотипом с большим числом акроцентрических хромосом.