Изучение молекулярной организации жгутиков Haloarcula marismortui

• Автор: Сюткин, Алексей Сергеевич
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 122 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Жгутиковая подвижность бактерий

1.1. Общая характеристика

1.2. Строение и сборка бактериального жгутика

1. 3. Ультраструктура филамента

1. 4. Множественность флагеллиновых генов у бактерий

2. Краткая характеристика бактериальных пилей 1У-го типа

2. 1. Общие сведения
2. 2. Ультраструктура пилей 1У-го типа
2. 3. Сборка пилей 1У-го типа
3. Жгутиковая подвижность Архей
3.1. Общая характеристика
3. 2. Организация генов аппарата подвижности Архей
3.3. Регуляция сборки аппарата жгутиковой подвижности Архей
3. 4. Исследование структуры жгутика Архей
3. 5. Гликозилирование белков у Архей
3. 6. Эксперименты по инактивации генов флагеллинов
4. Другие поверхностные структуры архей
4. 1. Краткая характеристика других поверхностных структур архей
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
5. Материалы и методы исследования

5. 1. Химические реагенты и ферменты
5.2. Буферы и другие растворы, использованные в работе
5.3. Среды
5. 4. Штаммы микроорганизмов
5. 5. Плазмиды
5. 6. Методы
5. 6. 1. Выделение плазмидной ДНК
5. 6. 2. Выделение тотальной ДНК H. marismortui
5. 6. 3. Полимеразная цепная реакция
5. 6. 4. Обработка ДНК эндонуклеазами рестрикции
5. 6. 5. Электрофорез ДНК в геле агарозы
5. 6. 6. Очистка фрагментов ДНК
5. 6. 7. Лигирование ДНК
5. 6. 8. Использование Т-вектора для клонирования ПЦР-продуктов
5. 6. 9. Получение компетентных клеток Escherichia coli
5. 6. 10. Трансформация компетентных клеток Escherichia coli плазмидной ДНК
5. 6. 11. Инактивация гена/7аВ H. marismortui
5.6. 12. Выделение жгутиков
5. 6. 13. Электрофорез белков в ДСН-ПААГ
5. 6. 14. Специфическое окрашивание
для идентификации гликопротеинов
5.6. 15. Сканирующая микрокалориметрия

5. 6. 16. Масс-спектрометрия
5. 6. 17. Электронная микроскопия
5. 6. 18. Ограниченный протеолиз филаментов Н. тагіятогШі
5. 6. 19. Изучение гетерогенности флагеллинов Н. тагізтоПиі и Н. lacusprofun.cH
5. 6. 20. Трансформация клеток Н. тагіятогШі
5. 6. 21. Получение поликлональных антител
5. 6. 22. Иммуноблоттинг
5. 6. 23. СНИ-анализ
5. 6. 24. Выделение триптического фрагмента Р1аВ-флагеллина
Н. таштогШі (ТР-БІаВ) и определение его границ
5. 6. 25. Биоинформатический анализ флагеллинов Н. таттоПиі
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
6. Изучение молекулярной организации жгутиков
Н. тагізтоПиі
6. 1. Выделение и характеристика жгутиков Н. тагіатогШ
6. 2. Сканирующая микрокалориметрия
6. 3. Анализ последовательностей флагеллинов Н. тапэтоНш
6. 4. Обнаружение гетерогенности Р1аВ-флагеллина в составе филаментов
6. 5. Гликозилирование флагеллинов Н. таттоПиі
6. 6. Выделение структурного домена РІаВ-флагеллина Н. таштогШі
6. 7. Роль избыточности по генам флагеллинов у Н. тагізтогШ
6. 8. Биоинформатический анализ флагеллинов Н. тагіятогіиі

жгутики H. salinarum из 5 они имеют общий план строения. Внешний домен представляет собой трехзаходовую спираль, намотанную вокруг коровой части, в которой отсутствует внутренний канал. Внутренний кор консервативен но форме и размеру у обоих организмов и имеет толщину около 5 нм. Данный кор, по-видимому, образован гидрофобными а-спиралями N-концевых частей флагеллинов. Так как флагеллины архей имеют высококонсервативную область в 30-40 аминокислот на N-конце (Kalmokoff et al., 1990; Kalmokoff and Jarrell, 1991; Bardy et al., 20036), предполагается, что такая структура коровой области является общей для всего домена Архей. В отличие от консервативного внутреннего домена, внешняя часть филамента у данных организмов отличается, что и приводит к различию в толщинах жгутиков - 14 нм у Sulfolobus shibatae и 10 нм у
Н. salinarum. Отличия в данной области, по-видимому, отражают адаптацию организмов к специфическим условиям обитания (Cohen-Krausz and Trachtenberg, 2002; Cohen-Krausz and Trachtenberg, 2008).
PibD/FlaK
Рисунок 10. Схематичное изображение строения жгутика архей на примере 3. асігіосаісіагіш. М - мембрана; Б-Іауег- Б-слой. Рисунок взят из (81іаЬариге еі аі., 2014).