Полиморфные варианты генома человека и риск развития острого инсульта

• Автор: Бондаренко, Елена Александровна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 186 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ.

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Острый инсульт: клиническое описание

1.2 Основные факторы риска развития острого инсульта

1.2.1 Модифицируемые факторы риска развития острого инсульта

1.2.2 Немодифицируемые факторы риска развития острого инсульта

1.2.2.1 Генетические факторы риска развития острого инсульта

1.3 Анализ генетических ассоциаций

1.3.1 Метод «Анализ генетических ассоциаций»

1.3.1.1 Система гемостаза
1.3.1.2 Ренин-ангиотензиновая система
1.3.2 Полногеномный ассоциативный анализ
1.3.2.1 Платформа Infinium BeadChip, «Illumina», США
1.3.2.2 Платформа GeneChip «Affymetrix», США
1.3.2.3 Сравнение платформ GeneChip «Affymetrix», США и Infinium BeadChip, «Illumina», США
1.3.2.4 Полногеномный анализ сцепления инсульта с использованием ДНК-микрочипов высокой плотности и панелей микросателлитных ДНК-маркеров
1.3.2.5 Полногеномный ассоциативный анализ острого
инсульта
Глава 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Общая характеристика анализируемых выборок
2.2 Молекулярно-генетические методы анализа
2.2.1 Выделение геномной ДНК из цельной крови человека

2.2.2 Анализ полиморфизмов генов F2 (c.20210G>A), F5 (с.169Ю>А), GP1BA (-5Т>С Kozak), PAI-l (c.675_676delinsG), ALOX5AP (SG13S114 SG13S32, SG13S89, SG13S25), PDE4D (SNP87, SNP41, SNP45)
2.2.3 Методы статистического анализа результатов исследования
2.2.4 Полногеномный ассоциативный анализ
Глава 3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 Анализ генов-кандидатов острого инсульта
3.1.1 Анализ ОНП в генах, кодирующих белки системы свертывания крови и гемостаза
3.1.2 Анализ g.l 1417 11704del287 полиморфизма в гене, кодирующем
ангиотензин превращающий фермент (АСЕ)
3.1.3 Анализ полиморфизмов SG13S114, SG13S32, SG13S89 и SG13S25 в гене ALOX5AP
3.1.4 Анализ полиморфизмов SNP41, SNP89, SNP45 в генеPDE4D
3.2 Корреляционный анализ ДНК-маркеров с основными клиническими
ПрОЯВЛеНИЯМИ ИНСуЛЬТа В Группе боЛЬНЫХ ОСТрЫМ ИНСУЛЬТОМ
3.3 Анализ ассоциаций между различными комбинациями изучаемых ОНП
в выборках больных острым инсультом и контрольной группе
3.4 Полногеномный ассоциативный анализ острого инсульта
3.4.1 Анализ главных компонент
3.4.2 Анализ ассоциаций между однонуклеотидными ДНК-маркерами и развитием ишемического инсульта с использованием доминантного типа наследования
3.4.3 Анализ ассоциаций между однонуклеотидными ДНК-маркерами и развитием ишемического инсульта с использованием аддитивного типа наследования
3.4.4 Анализ ассоциаций между однонуклеотидными ДНК-маркерами и развитием ишемического инсульта с использованием рецессивного типа наследования
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

основа АПС-устойчивости была открыта в 1994 г. Был обнаружен однонуклеотидный полиморфизм в гене, кодирующем Ф5, и ассоциированный с фенотипом АПС-устойчивости (Bertina et al., 1994). Фактор 5 кодируется геном F5 более 80 т.п.о., который состоит из 25 экзонов и был картирован на хромосоме lq23 (Jenny et al., 1987). В 1691 положении данного гена была обнаружена замена G —» А, которая приводит к замене Arg506 на Gin. Данная замена встречается в случайных выборках с частотой от 2% до 15% и до 60% у некоторых пациентов с ВТ в анамнезе (Bertina et al., 1994). Arg506 находится в сайте первичного разрезания АПС тяжелой цепи фактора 5а и способствует последующей липид-зависимой инактивации разрезания по Arg306 (Kalafatis et al., 1994). Очевидно, что нарушение процесса инактивации кофактора FXa Ф5а вносит вклад в увеличение риска тромбоза. Однако было показано, что мутантный Ф5, выделенный из крови пациентов с АПС-устойчивостью активен как кофактор АПС в инактивации FVIIIa (Varadi et al., 1996). В in vitro экспериментах показано, что при соответствующих условиях (высокий уровень Ф5а в присутствии протеина S и FXa) АПС-катализируемая инактивация нормального Ф5а и активированного Ф5а с заменой Arg506Gln была одинаковой (Rosing et al., 1995). Открытие функции Ф5 как кофактора АПС усилило ассоциации между мутацией Arg506Gln и гиперкоагуляционным статусом, связанным с АПС устойчивостью. В активированной форме фактор 5 выполняет важнейшую функцию в прокоагуляционном каскаде, без которой наблюдались бы сильные кровотечения. С другой стороны, неактивированный предшественник белкового фактора, в виде которого он циркулирует в плазме крови, обладает антикоагуляционными свойствами, функционируя как кофактор АПС в регулировании активности FVIIIa. Неспособность полностью выполнять эту антикоагуляционную функцию может лежать в основе развития тромбоза (Nicolaes et al., 2002). Молекулярный механизм, посредством которого фактор 5 может выполнять свою функцию кофактора АПС в понижающей регуляции активности FVIIIa, до конца не ясен. Отдельные эксперименты показали, что прокоагуляционная активность Ф5 (т.е. разрезание по Arg709 и Argl545 ассоциированное с высвобождением В-домена) приводит к потере антикоагуляционной активности Ф5 как кофактора АПС, что позволяет предположить вовлеченность В-домена в эту функцию (Рис. 6) (Varadi et al., 1996).