Гомо- и гетеродимеризация трансмембранных сегментов рецепторов семейства ERBB

• Автор: Минеев, Константин Сергеевич
• Шифр специальности: 03.01.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 125 с. : ил.

Введение

Глава 1. Обзор Литературы

1.1.Среды, имитирующие мембранное окружение

1.1.1 .Органические растворители

1.1.2. Анизотропные среды

1.1.3. Мицеллы

1.1.4 Бицеллы

1.1.5. «Нанодиски»

1.1.6. Липосомы

2.1.7. Заключение

1.2. Особенности ЯМР-спектроскопии мембранных белков

1.2.1. Оптимизация поперечной релаксации
1.2.2. Стратегии изотопного мечения
1.2.3. Парамагнитноеусичениерелаксации
1.3. Рецепторы семейства ЕгЬВ
Глава2. Материалы и методы
2.1. Выделение пептидов
2.2. Приготовление образцов
2.3 Оптические методы исследования
2.3.1. Динамическое светорассеяние
2.3.2. КД-спектроскопия
2.4. Спектроскопия ЯМР
2.5. Отнесение сигналов в спектрах ЯМР
2.6. Получение ограничений на расстояния и углы для расчета пространственной структуры
2.7. Расчет пространственной структуры
2.8. Исследование ЯМР релаксации
2.9. Исследование перехода мономер-димер
2.10. Анализ гидрофобных свойств трансмембранных а-спиралей
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1. Экспериментальные данные для расчета пространственных структур ТМ доменов
3.2. Отнесение сигналов в спектрах ЯМР
3.3. Динамические характеристики объектов исследования
3.4. Элементы вторичной структуры
3.5. Расчет пространственной структуры
3.6. Интерфейс димеризации
3.6.1. Гидрофобные свойства взаимодействующих поверхностей
3.6.2. Специфические взаимодействия на интерфейсе димеризации
3.7. Взаимодействия с головными группами липидов: топология белка в бицеллах
3.8. Процессы медленного конформационного обмена в трансмембранных доменах
3.9. Соответствие полученных структур активному состоянию рецептора: вклад в понимание процессов активации
3.10. Объяснение механизма действия известных патогенных мутаций в трансмембранных доменах рецепторных тирозин киназ на основании полученных в данной работе данных
Заключение
Выводы
Список сокращений
Список литературы

(/А)(Г) = 3т(л/,Г)со8Ь(ЛсГ)ехр(- Д*гХО(о)
.|~~тп

ЧЧ

РРС , Оц г- П п с, «-п П

I ГТ~1
1 1 | 1 '1 1 VI
3 1 1 1 1 1 [ :
Р1ГС . п" (;‘ 1 1 п л (п п. П
(с) . * т */-}
I «1 1 *4
1 1 ' -у а 1 |.. г, 1 VI
8 1 | 1
РРС . <с> П п

Рис. 6 Импульсные последовательности, применяемые для переноса поляризации в гетероядерных экспериментах : СЫРТ (а); ГЫЕРТ(Ь) и СЫХСРТ(с)
Таким образом, при низких тс доминирующим механизмом переноса является КССВ, а при высоких - кросс-коррелированная релаксация. При идеальных условиях получается, что СШТХЕРТ будет всегда более эффективным, чем ШЕРТ и СШРТ, однако на практике получается, что необходимость в дополнительных импульсах, контролирующих все генерируемые компоненты матрицы плотности, может понизить результирующую чувствительность. Разработанные эксперименты на базе СШРТ, СЕПТЕРТ и ТЕОБУ можно использовать для исследования объектов массой до 1000 кДа [90].