Изучение аптамерных ингибиторов тромбина методами спектроскопии кругового дихроизма и поверхностного плазмонного резонанса

• Автор: Юминова, Алина Валерьевна
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 113 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. ТРОМБИН ЧЕЛОВЕКА И АПТАМЕРНЫЕ ИНГИБИТОРЫ

I.I. Способы ингибирования коагуляционного каскада, применяемые в терапии

I.II. Основные препятствия в дизайне прямых ингибиторов тромбина

I.III. Тромбин как мишень для антикоагулянтов в системе свертывания крови

I.IV. Строение тромбина человека

I.V. Получение аптамерных ингибиторов тромбина

I.VI. Модифицированные аптамеры к тромбину

I.VII. Пространственная структура аптамера 15TGT

I.VIII. Структура комплекса аптамера 15TGT и тромбина человека
I.IX. Ингибирование тромбина человека аптамером 15TGT в модельных системах и in vivo
I.X. Влияние структуры петель на функцию и структуру аптамера 15TGT

1.Х1. Влияние структуры 5’- или З’-концевого участка аптамера
на функцию и структуру 15ТСТ
1.ХП. Влияние структуры двух концевых участков аптамеров на функцию и структуру 15ТСТ
Глава II. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ. Изучение аптамерных ингибиторов тромбина методами спектроскопии кругового дихроизма и поверхностного плазмонного резонанса.
ПЛ. Определение влияния структуры петель 15ТСТ на связывание с тромбином человека
П.П. Дополнительные структурные модули
Влияние двух дополнительных к С-квадруплексу комплементарных участков
Кинетика связывания двух-доменного аптамера 31ТСТ с тромбином человека
Влияние на структуру двух дополнительных к в-квадруплексу некомплементарных участков
Влияние длины двух дополнительных участков на структуру
Комбинирование элементов структуры аптамеров 31ТСТ и 1Чи
Влияние дополнительного участка, имеющего С-квадруплексный паттерн
Глава III. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Ш.1. МАТЕРИАЛЫ

III.II. МЕТОДЫ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ

Незначительные количества аптамера обнаружены в селезенке, легких, сердце, глазах и мозге.
Время, мин Время, мин
Рисунок 22. Распределение аптамера 15TGT по органам и тканям крысы в
зависимости от времени после введения. Приведены усредненные значения в процентах от первоначальной дозы введения аптамера 10 мг/кг, 20 мг/кг, 30 мг/кг в объеме 500 мкл на крысу массой 200-250 г.
Аптамер 15TGT к экзосайту I не обнаруживается в тромбе, а также извлекает тромбин из фибриновой сетки, что подтверждает гипотезу о конкуренции 15TGT, фибрина и фибриногена за экзосайт I (77). Аптамер 15TGT значительно улучшает ингибирование тромбина гепарином, по видимому за счет увеличения аффинности между гепариновым кофактором II и тромбином, связанным с аптамером 15TGT (78).
Аптамер 15TGT с флуоресциинизотиоцианатом на З’-конце (f-HDl), связывается с протромбином и продуктами его активации (рисунок 24). Согласно современным представлениям о механизме активации, протромбин и его промежуточная активная форма мезотромбин находятся в альтернативных конформациях, определяющих последовательное расщепление двух пептидных связей в молекуле протромбина, необходимых для его превращения в тромбин. Конформация протромбина является оптимальной для расщепления связи Arg 320-11е321, в то время как мезотромбина — Arg 271-Thr272. Мезотромбин, в отличие от тромбина, имеет слабо выраженные прокоагулянтные свойства и повышенную антикоагулянтную активность, опосредованную тромбомодулин-зависимой активацией протеина С. Он