Филогенетические взаимоотношения в роде Pisum L., реконструированные на основе генов гистона H1

• Автор: Зайцева, Ольга Олеговна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 134 с. : ил.

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
Актуальность проблемы
Цели и задачи
Научная новизна
Научно-практическая ценность
Личный вклад автора
Апробация
Публикации
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Общие сведения о гистонах
Структура молекулы линкерных гистонов Н1 и Н5
Глобулярный домен
Концевые домены
Функции гистона Н1 в клетке
Неаллельная гетерогенность гистона Н1
Субтипы гистона Н1 у млекопитающих
Субтипы гистона Н1 у птиц
Субтипы гистона Н1 у насекомых
Горох в исследованиях изменчивости Н1
Структура рода Різит Б
Основные проблемы систематики рода Різит Ь
Попытки реконструкции филогенетических отношений в роде горох
Использование генов гистонов в качестве молекулярных маркеров
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Объект исследования
Выделение гистона Н1
Выделение БСА экспресс-методом
Электрофорез гистона HI и SC А
Выделение ДНК из свежих тканей
Выделение ДНК СТАВ-хлороформным методом
Электрофорез ДНК в агарозном геле
Праймеры
Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
Определение нуклеотидной последовательности ДНК
Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции
Компьютерный анализ данных
РЕЗУЛЬТАТЫ
Анализ распределения комбинаций трех диморфных маркеров у диких и
культурных форм гороха
Электрофоретический анализ субтипа 5 гистона Н1
Определение нуклеотидной последовательности гена His5
Определение нуклеотидной последовательности гена His
Филогенетические реконструкции на основании нуклеотидных
последовательностей
Филогенетические деревья, построенные по последовательностям гена
His5
Дерево Neighbor-Joining
Дерево Maximum Parsimony
Дерево Maximum Likelihood
Байесовская реконструкция филогении
Филогенетические деревья, построенные по последовательностям гена
His?
Генеалогии аллелей генов His5 и His
Рекомбинация между генами His5 и His7
Анализ последовательностей пластидного межгенного спейсера psbA-trnH
у различных образцов гороха

ОБСУЖДЕНИЕ
Анализ распределения комбинаций трех диморфных маркеров у диких и
культурных форм гороха
Электрофоретический анализ субтипов гистона Н1 у гороха в свете данных
секвенирования генов His5 и His7
Анализ филогенетических реконструкций, основанных на нуклеотидной
последовательности гена His5
Анализ филогенетических реконструкций, основанных на нуклеотидной
последовательности гена His
Анализ последовательностей пластидного межгенного спейсера psbA-trnH
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Выделение гистона HI
Гистон HI выделяли из тканей растения модифицированным методом Джонса (Johns, 1964). Около 500 мг молодых листьев гомогенизировали путем протирания растительного материала сквозь мелкоячеистую сетку (1x1 мм2) из нержавеющей стали в 12 мл 0,15 М NaCl. Центрифугировали при 1500 g в течение 5 минут. Гистон Н1 экстрагировали ресуспендированием осадка в 1 мл 5% НС104 и центрифугировали при 1500 g в течение 5 минут. К супернатанту добавляли смесь 6-10 объемов ацетона и концентрированной серной кислоты с конечной концентрацией 0,5 М, и оставляли осаждаться на
2-8 часов. Осажденный белок центрифугировали при 1500 g в течение 5 минут и растворяли в 0,015 мл раствора для образцов, содержащего 0,9 М уксусной кислоты, 8 М мочевины и 15% сахарозы.
Выделение SCA экспресс-методом
Около 20 мг муки из сухих семядолей индивидуальной горошины суспендировали в 0,2 мл раствора, содержащего 0,9М уксусную кислоту, 8 М мочевину, и 15% сахарозы.
Электрофорез гистона Н1 и SCA
Электрофорез образцов проводили по методу Панима и Чокли (Panyim, Chalkley, 1969) при напряжении 20-60 В/см в пластинке 15% ПААГ длиной 10-35 см и толщиной 0,8 мм (массовое соотношение акриламида и N, N’ -метиленбисакриламида 1:30), содержащего 6,25 М мочевину и 0,9 М уксусную кислоту. Гель полимеризовали с 0,5% (по объему) ТЕМЕД и 0,05% персульфата аммония.