Структурные и эпигенетические нарушения генома человека при глиобластоме

• Автор: Алексеева, Екатерина Александровна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 128 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Эпидемиология, классификация, диагностика и лечение глиобластомы.

1.2. Современные представления о происхождении ГБ

1.3. Молекулярно-генетические изменения при ГБ

1.3.1. Регуляторные каскады, нарушенные при ГБ

1.3.2. Генные мутации

1.3.3. Аномальное метилирование генов

1.3.4. Изменение конийпости участков хромосом

1.3.5. Молекулярные подтипы ГБ

1.4. Характеристика хромосомного района 10q23.3-26.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Клинический материал
2.2. Забор крови и операционного материала
2.3. Выделение геномной ДНК
2.4. Выделение РНК из лимфоцитов периферической крови
2.5. Синтез кДНК
2.6. Микросателлитпый анализ
2.7. Рестрикционный анализ
2.8. МЧ-ГІЦР участков промотора гена MGMT
2.9. ПЦР в режиме реального времени (Real time-ПІДР)
2.10. Количественный микросателлитпый анализ (КМА) в реальном времени
2.11. Электрофорез в 1ІААГ
2.12. Ультратонкое окрашивание ПААГ нитратом серебра
2.13. Программное обеспечение
2.14. Статистическая обработка результатов
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Исследование ПГ в локусс 10ц23.3-26.3, содержащем гены-кандидаты РТЕК 1-'СГЯ2, МК167 и МСМТ, при ГБ
3.2. Исследование числа копий локуса 10с]23.3-26.3 в образцах с выявленной ПГ
3.2.1. Разработка системы эндогенного контроля для КМА в реальном времени
3.2.2. Определение числа копий локуса 10с]23.3-26.3 методом КМА в реальном времени
3.3. Анализ метилирования промотора гена МСМТ
3.4. Комплексная оценка молекулярных повреждений гена МвМТ при ГБ..
3.5. Исследование влияния хирургического вмешательства на экспрессию гена МОМТ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АЛ — акриламид
ВОЗ - Всемирная организация здравоохранения
ГБ - глиобластома
ГЭБ - гематоэнцефаличсский барьер
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
КМА - количественный микросателлитный анализ
КТ - компьютерная томография
МоАТ - моноклональные антитела
мРНК - матричная РНК
МРТ - магнитно-резонансная томография
МС-ГІЦР - метил-снсцифичсская Г1ІIP
МЧ-ГЩР - мстил-чувстви гсльпая ГИ [Р
ОДР — однородительская дисомия
п.н. - пар нуклеотидов
ПААГ — полиакриламидный гель
I II ' - потеря гетерозиготносте
ПОГМ - первичные опухоли головного мозга
НІДР - полимеразная ценная реакция
РМЖ — рак молочной железы
ТКС - тирозипкиназа С
ЦНС - центральная нервная система
ОД'ГА - натриевая соль этилендиаминтстрауксуспой кислоты
APS - аммония персульфат
IОН 1 - изоцитратдегидрогеназа
ГАК - киназа фокальной адгезии
FISH - флуоресцентная гибридизация in situ
MGMT - О -метилгуапин-ДПК-метилтрапсфсраза
Р13К - фосфатидилипозитол-3-кипаза

Это може-]' говорить о том, что для этих генов метилирование не является основным механизмом регуляции.
1.3.4. Изменение копийностиучастков хромосом.
Изменение копийности участков хромосом является одним из наиболее частых событий в геноме опухолевой клетки. Области аллельного дисбаланса, то есть участки с потерей или увеличением копий одного из аллелей, могут содержать гены-кандидаты, вовлеченные в развитие заболевания, и, в целом, отражают общую нестабильность генома при раке. Эти изменения выявляются с самых ранних стадий канцерогенеза, и их дальнейшее накопление характеризует прогрессию опухоли. В дополнение известно, что нарушения нормальной копийности ДНК могут приводить к изменению экспрессии генов и, в ряде случаев, к аномалиям метилирования их регуляторных областей. Таким образом, обнаружение хромосомных участков с измененной копийностыо в геноме опухолевой клетки позволяет выявить основные онкогены и гены-супрессоры, вовлеченные в процесс развития конкретной опухоли. [I leaphy С. et al., 2007; Freire P. et al., 20081.
При ГБ выявлены учас тки хромосом, которые характеризуется увеличенным числом копий: 2р, Зр, 3q, 4q, 5р, 7р, 7q, 8q, llq, 12q, 13q, 15q, 17q, 19q и 20q (табл. 4) [Arslantas A. et al., 2004; Furnari F. et al., 2007; Nakahara Y. et al., 2004; Ruano Y. et al., 2006; Sasaki T. el al., 2003; Suzuki T. et al., 2004; Yin D. et al., 2009]. Многие из таких участков хорошо изучены и содержат известные онкогены, увеличение копий которых приводит к их активации. Для детекции участков ДНК с увеличенной копийностыо применяют сравнительную геномную гибридизацию, флуоресцентную гибридизацию in situ (FISH) и SNP микрочипы |Heaphy С. et al., 20071.
Увеличение копий таких генов, как EGFR, MDM4, PDGFRA, CDK4 как было описано выше, приводит к нарушению ключевых сигнальных путей із развитии ГБ [Yin D. el al., 20091. Амплификация гена EGFR встречается наиболее часто (около 40%).