Полиморфизм генов метаболизма этанола в населении Евразии

• Автор: Кальина, Нина Ромуальдовна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 95 с. : ил.

Содержание

Список использованных сокращений

Введение

1. Обзор литературы

1.1. Метаболизм этанола в организме человека

1.2. Полиморфизм генов метаболизма этанола и номенклатура аллелей

1.3. Выявление атипичных ферментов метаболизма этанола и кодирующих 13 генов

1.4. Популяционные исследования частот аллелей генов АБН1В и А1ЛЖ2

1.5. Структура гаплотипов локусов АПН и АЫ)Н

2. Материалы и методы

2.1. Материалы

2.2. Методы
2.2.1. Хранение образцов
2.2.2. Выделение и хранение препаратов геномной ДНК
2.2.3. Оценка количества ДНК
2.2.4. ПЦР-Амплификация
2. 2.5. Электрофоретический анализ ДНК в ПААГ
2.2.6. Статистический анализ данных
3. Результаты и обсуждение
3.3.1. Определение частот аллелей и генотипов гена альдегиддегидрогеназы
АЬВН2*01и487Ьу$ (ге671) в исследуемых популяциях
3.2. Анализ географического распределения частот аллеля А7,0/72*487Ьуа в 42 популяциях мира
3.3. Определение частот аллелей и генотипов гена альдегиддегидрогеназы 44 АОН1В*Аг47№я (1229984 ) в исследуемых популяциях
3.4. Анализ географического распределения частот аллеля ЛВН1В*47Шз в

популяциях мира
3.5. Определение частот аллелей и генотипов по однонуклеотидным 56 полиморфизмам локуса АБН в шести популяциях
3.6. Определение частот пятсайтовых гаплотиов локуса АБН
3.7. Внутрипопуляционная дифференциация по нейтральным БТІІ-маркерам
3.8. Сопоставление географического распределения частот аллелей 66 АБП1В*47Н1ч и А1БН2*504Ьу.ч и возможные факторы отбора.
Выводы
Благодарности
Список литературы
Приложения

Список используемых сокращений
ПЦР — полимеразная цепная реакция
ПДРФ — полиморфизм длины рестрикционных фрагментов
ЭДТА, EDTA — этилендиаминтетрауксусная кислота
ПААГ - полиакриламидный гель
SDS (sodium dodecyl sulfate) - додецил сульфат натрия
АДГ, ADH - алкогольдегидрогеназа
АльДг, ALDH — альдегиддегидрогеназа
МІМ, ОМІМ ID - идентификационный номер гена в базе данных менделируюгцих
признаков человека
НАД, никотинамидадениндинуклеотид
NADPH- никотинамиддинуклеотид фосфат - восстановленная форма НАД
Arg,Cys, His,Lys, Glu , Ile, Val - стандартные сокращения названий аминокислот
EcoRJ, HaelII, SmimI, Rsal, Styl - стандартные названия соответствующих ферментов — эндонуклеаз рестрикции
DMSO - диметилсульфоксид
BSA - бычий сывороточный альбумин
Мед. - медицинский
ALFRED - Allele Frequecny Database — база данных о частотах полиморфизмов генома человека
SNP - Single nucleotide polymorphism - однонуклсотидный полиморфизм, замена единичного нуклеотида, встречающаяся в популяции с частотой не менее 1-5%
ТЕМЕД, TEMED -Тетраметилэтилендиамин
STR - short tandem repeat, короткий тандемный повтор

2.2.5. Электрофорез в ПААГ
Стекла тщательно обрабатывали детергентом, промывали водой и ополаскивали дистиллированной водой. Для приготовления ПААГ использовали TBE-буфер (Tris base 89 гпМ, борная кислота 89mM, EDTA 2тМ). Непосредственно перед заливкой геля в 30 мл готового раствора добавляли 100 мкл 25% персульфата аммония и 100 мкл ТЕМЕД. Гель заливали между двух стеклянных пластин размером 150x150 мм.
Перед нанесением образцов проводили префорез при напряжении 300 V в течении 30 мин. Электрофорез проводили в TBE-буфере при 300V, при температуре геля <45С°. Окончание электрофореза определяли по положению маркерных красителей. После окончания электрофореза гель на стекле оставляли на 20 мин. в 1х буфере ТВЕ с добавлением бромистого этидия. Визуализацию проводили в УФ-свете, фотографии получали с помощью видосистемы «Gel Imager» (компания «Хеликон»,Россия)
2.2.6. Статистическая обработка данных
Значение стандартной ошибки рассчитывали по формуле
где р — частота аллеля, N - число индивидов в выборке.
Соответствие распределения частот генотипов в исследованных выборках равновесному распределению Харди-Вайнберга оценивали с помощью критерия у2 и точного теста Фишера с использованием программных пакетов "Статистика" и
расчет. Sj=
"SPSS".