Разработка и применение метода мультилокусного VNTR-анализа для изучения генетического разнообразия изолятов Neisseria gonorrhoeae

• Автор: Кушнир, Анастасия Викторовна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 129 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Введение
1 Обзор литературы
1.1 Биология Neisseria gonorrhoeae
111 Общая характеристика N gonorrhoeae

112 Организация генома и факторы патогенности N gonorrhoeae
113 Инфекционный процесс, вызванный N gonorrhoeae
1.2 Устойчивость TV gonorrhoeae к антибиотикам
121 Применение антибиотиков дня лечения гонореи
12 2 Механизмы устойчивости к антибиотикам
1.3 Молекулярная эпидемиология гонореи
13 1 Важность шинирования N gonorrhoeae для эпидемиологических цепей
13 2 Методы цитирования изо пятое N gonorrhoeae на основе фенотипа
13 3 Методы цитирования шопятов N gonorrhoeae на основе генотипа
2 Материалы и методы
2 1 Материалы
2 11 Коллекции ДНК клинических изопятов N gonorrhoeae
212 Реактивы
213 Растворы и буферы
2 14 О пигону клеотидные праймеры
2 2 Методы
2 2 1 Поиск VNTR-чокусов
2 2 2 Мупътшокусный VNTR-анапиз
2 2 3 Секвенирование ДНК
2 2 4 Ора-типирование
225 NG-MAST
2 2 6 Статистический анализ данных
3 Результаты исследования
3 1 Разработка методики мультилокусного VNTR-анализа
3 11 Поиск потенциальных VNTR-чокусов в геноме N gonorrhoeae
3 12 Тестирование VNTR-чокусов на коллекции ДНК N gonorrhoeae
3 13 Расположение VNTR-чокусов в геноме N gonorrhoeae относительно кодирующи последовательностей

3.2 Изучение генетического разнообразия изолятов N gonorrhoeae, выделенных в городе
Алматы (Казахстан)
3 2 1 Мулыпичокусный УМТЯ-анализ изолятов N gonon■hoeae
3 2 2 Ора-типированш и ЫС-КЫЯТ
3 2 3 Сравнение методов типирования
3 3 Изучение генетического разнообразия изолятов N gonorrhoeae, выделенных в семи
городах России
3 3 1 Мучътичокусный УШЯ анализ изолятов N §опоггЬоеае
3 3 2 Кластерный анализ
3 33 Резучътаты УИТЯ-аначиза и устойчивость к антибиотикам
3 3 4 Сравнение методов типирования на выборке из 102 изочятов
4 Обсуждение результатов
Выводы
Список сокращений и условных обозначений
Список литературы

ВВЕДЕНИЕ
Актуальность работы
Бактерии Neisseria gonorrhoeae являются возбудителем гонореи, инфекционного заболевания человека, передаваемого половым путём. По данным ВОЗ в мире ежегодно возникает более 80 миллионов новых случаев заболевания гонореей [1]. Заболеваемость гонореей в России в 2011 году составила 38.35 случаев на 100000 населения, что превышает аналогичные показатели для Нидерландов (21.49 случаев), Венгрии (13.74 случаев), Швеции (10.09 случаев) и других стран Европейского Союза [2].
Гонорея может вызывать тяжёлые осложнения, такие как эпидидимит (воспаление придатка яичка) у мужчин и воспаление органов малого таза у женщин, которое в свою очередь, повышает риск внематочной беременности и бесплодия. Бактерии N. gonorrhoeae могут инфицировать слизистые оболочки новорожденных (гонококковая бленнорея новорожденных) при прохождении через родовые пути заражённой матери, что может привести к слепоте [3]. Важно также отметить, что гонорея ассоциирована с трансмиссией вируса иммунодефицита человека [4].
К настоящему моменту не существует вакцины против гонореи, а для лечения гонореи используют антибиотики. Своевременная идентификация заболевания и эффективное лечение антибиотиками являются основными подходами для предотвращения распространения гонореи. Однако во многих странах существуют такие проблемы, как рост заболеваемости гонореей и распространение устойчивости к антибактериальным препаратам, ранее рекомендованным для лечения гонореи (например, пенициллин, эритромицин, тетрациклин и ципрофлоксацин), а также снижение чувствительности к антибиотикам, рекомендованным недавно, таким как азитромицин и цефалоспорины третьего поколения (цефиксим и цефтриаксон) [5, 6]. Таким образом, при определённых обстоятельствах гонорея может стать неизлечимой болезнью.

Таблица 1.
Механизмы устойчивости N. gonorrhoeae к антибиотикам
Антибиотик Механизм действия Гены, связанные с устойчивостью Механизм устойчивости
Пенициллин Взаимодействие с белками РВР2 и РВР1, подавление синтеза пептидогликанов клеточной стенки репА * ропА Изменение мишени антибиотика
mtrR, mtrCDE * Выведение из клетки
Цефиксим, цефтриаксон * репВ * pilQ Снижение проникновения в клетку
Ыа{ ТЕМ-1) Инактивация антибиотика
Спектиномицин Подавление синтеза белка ген 16S рРНК rpsE Изменение мишени антибиотика
Азитромицин Подавление синтеза белка mtrR, mtrCDE mef Выведение из клетки
ген 23 S рРНК Изменение мишени
Тетрациклин Подавление синтеза белка mtrR, mtrCDE Выведение из клетки
penB Снижение проникновения в клетку
rpsJ Изменение мишени антибиотика
tetM
Ципрофлоксацин Подавление репликации ДНК gyrA parC Изменение мишени антибиотика