Генетическое разнообразие хантавирусов в популяциях грызунов и насекомоядных азиатской части России

• Автор: Яшина, Людмила Николаевна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 293 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. ХАНТАВИРУСЫ

1.1. История открытия

1.2. Экология и эпидемиология

1.3. Структура генома хантавирусов

1.4. Эволюция хантавирусов

1.5. Характеристика известных хантавирусов

1.5.1. Вирус Hantaan (HTNV) и HTNV-подобные вирусы

1.5.2. Вирус Seoul (SEOV) и SEOV-подобные вирусы
1.5.3. Вирус Dobrava/Belgrad (DOBV)
1.5.4. Вирус Thailand (THAI)
1.5.5. Puumala (PUUV) и PUUV-подобные хантавирусы
1.5.6. Вирус Tula (TULV)
1.5.7. Вирусы Khabarovsk (KHAV), Vladivostok (VLAV) и Topografov (TOPV)
1.5.8. Хантавирусы насекомоядных
1.6. Хантавирусы Нового Света
1.7. Распространение хантавирусов в Старом Свете
1.8. Хантавирусы азиатской части России
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы
2.2. Методы
2.2.1. Непрямой метод флуоресцирующих антител (НМФА)
2.2.2. Выделение нуклеиновых кислот
2.2.3. Обратная транскрипция - двухраундовая полимеразная цепная реакция (ОТ-ПЦР) и секвенирование
2.2.4. Праймеры
2.2.5. Филогенетический анализ
ГЛАВА 3. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ХАНТАВИРУСОВ -ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ГЛПС НА ДАЛЬНЕМ ВОСТОКЕ РОССИИ
ЗЛ. Состав генетических типов хантавирусов - возбудителей ГЛПС в Хабаровском и Приморском краях в 1996-1997 гг
3.2. Применение тест-системы на основе ПЦР для диагностики ГЛПС и
генотипирования вирусов - возбудителей
ГЛАВА 4. ПРИРОДНЫЕ НОСИТЕЛИ ПАТОГЕННЫХ ХАНТАВИРУСОВ..
4.1. Природный резурвуар нового вируса Амур (AMRV)
4.1.1. Генетическая идентификация хантавируса, циркулирующего в популяциях восточно-азиатской мыши (А. peninsnlae)
4.1.2. Филогеография вируса Амур и оценка вариабельности генома
4.2. Природный носитель вируса Hantaan (HTNV)
4.3. Молекулярная эпидемиология вируса Seoul (SEOV) на Дальнем Востоке
России
ГЛАВА 5. РАСПРОСТРАНЕНИЕ ХАНТАВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ У МЕЛКИХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ СИБИРИ И ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА
5.1. Выявление новых очагов циркуляции хантавирусов на территории Сибири, оценка инфицированное видов и установление видов животных -носителей вируса
5.2. Эпизоотологические исследования на территории Дальнего Востока.. 173 ГЛАВА 6. ХАНТАВИРУСЫ HOKKAIDO (HOKV) И PUUMALA (РЕЮУ)
6.1. Новый генетический вариант вируса HOKV в Приморье и его природный носитель, красно-серая полевка (Myodes rufocanus)
6.2. Распространение вируса HOKV на территории азиатской части России и его природные носители, красно-серая полевка (М rufocanus) и красная полевка (М rutilus)
6.2.1. Анализ генетической вариабельности вируса HOKV, циркулирующего в популяциях М. rufocanus на территории Дальнего Востока

6.2.2. Генетическая идентификация хантавируса, циркулирующего среди М rufocanus на территории Прибайкалья
6.2.3. Генетическая идентификация хантавируса, циркулирующего в популяциях М. rufocanus и М. rutilus на территории Западной Сибири
6.3. Изоляты вируса PUUV из Тюменской области
ГЛАВА 7. ХАНТАВИРУСЫ KHABAROVSK (KHAV) И VLADIVOSTOK (VLAV) И ИХ ПРИРОДНЫЕ НОСИТЕЛИ Microtus maximowiczii и Microtus fortis
7.1. Генетическая идентификация хантавируса, циркулирующего среди дальневосточных полевок М. fortis
7.2. Хантавирусы, циркулирующие в популяциях полевок М. fortis и М.
maximowiczii
ГЛАВА 8. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ ХАНТАВИРУСОВ, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ СРЕДИ НАСЕКОМОЯДНЫХ НА ТЕРРИТОРИИ СИБИРИ
8.1. Вирус Seewis (SWSV) и его природные носители на территории Сибири
8.2. Новые генетические типы хантавирусов, циркулирующих среди
насекомоядных - Алтай (ALTV) и Lena (LNAV)
ГЛАВА 9. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Виды хантавирусов
Таблица
Вирус
Носитель
Географическое
распространение
(происхождение)
Заболевание
Вирусы, переносимые семейством Muridae Hantaan (HTNV)"
Da Bie Shan
Seoul (SEOV)
Dobrava (DOBV)
Saaremaa (SAAV)
Thailand (THAIV)
Amur (AMRV)
Вирусы, переносимые подсемейством Arvicotinae Puumala (PUUV)
Hokkaido (HOKV)
Tula (TULV)
Prospect Hill (PHV)
Bloodland Lake (BLLV)
Isla Vista (ISLAV) Khabarovsk (KHAV) Topografov (TOPV) Vladivostok (VLAV)
Вирусы, переносимые семейством Cricetidae Sin Nombre (SNV) Monongahela (MGLV)
New York (NYV)
Blue River (BRV)
Limestone Canyon (LCV) Bayou (BAYV)
Black Creek Canal (BCCV) Muieshoe (MULV)
Andes (ANDV)
Lechiguanas (LECV)
Oran (ORNV)
Bermejo (BERV)
HU39694 Choclo (CHOV)
Calabazo
Laguna Negra (LANV)
Rio Mamore (RIOMV)
Cano Delgadito (CADV)
El Moro Canyon (ELMCV) Rio Segundo (RIOSV)
Maciel (MACV)
Pergamino (PERV)
Juquitiba Araraquara Castelo dos Sonhos
Вирусы, переносимые семейством Soricidae Thottapalayam (TPMV)
Мыши и крысы
Полевая мышь (Apodemus agrarius)
Китайская белобрюхая крыса {Niviventer confucianus)
Крысы (Rattus rattus, R. norvegicus)
Желтогорлая мышь (A. flavicollis)
Полевая мышь (западная) (A. agrarius)
Гигантская крыса (Bandicota indica) Восточно-азиатская мышь (A. peninsulae)
Полевки и лемминги
Рыжая полевкае (Clethrionomys glareolus) Красно-серая полевка (C. rufocanus)
Обыкновенная полевка (Microtus arvalis)
Луговая полевка (М. pennsylvanicus)
Степная полевка (М. ochrogaster)
Калифорнийская полевка (М. californicus)
Большая полевка (М. fortis)
Сибирский лемминг (Lemmus sibiricus)
Большая полевка (М. fortis)
Грызуны Нового Света подсемейств Sigmodontinae и Neotominae Олений хомяк (Peromyscus maniculatus)
Олений хомяк (Р. maniculatus nubiterrae)
Белоногий хомяк (Р. leucopus)
Белоногий хомяк (Р. leucopus)
Кустарниковый хомяк (Р. boylii)
Рисовый хомяк (Oryzomys palustris)
Колючий хлопковый хомяк (Sigmodon hispidus) Колючий хлопковый хомяк (S. hispidus) Длиннохвостый рисовый хомяк (Oligoryzomys Iongicaudatus)
Рисовый хомяк (О. flavescence)
О. Iongicaudatus О. chacoensis Н.Д.
Карликовый рисовый хомяк (О. fulvescens) Zygodontomys brevicauda Маисовый хомяк (Calomys laucha)
Короткоухая рисовый хомяк (О. microtis) Тростниковый хомяк (S. alstoni)
Западный полевой хомяк (Reithrodontomys megalotis) Мексиканский полевой хомяк (R. mexicanus)
Темная полевой хомяк (Nccromys benefactus) Травяная полевой хомячок (Akodon azarae)

Насекомоядные
Азиатская гигантская белозубка (Suncus murinus)
Азия(Корея) Азия(Китай)

Повсеместно(Корея) ГЛПС
Европа(Словения) ГЛПС
Европа(Эстония) ГЛПС
Тайланд(Тайланд) Н.р.
Азия (Дал. Восток Росии, ГЛПС
Китай)
Европа(Финляндия) ГЛПС
Азия(Япония) Н.р.
Европа(Россия) Н.р.
Сев. Америка (США) Н.р.
Сев. Америка (США) Н.р.
Сев. Америка (США) Н.р.
Азия (Дал. Восток России) Н.р.
Сибирь(Россия) Н.р.
Азия (Дал. Восток России ) Н.р.
Сев. Америка (США) ХЛС
Сев. Америка (США) ХЛС
Сев. Америка (США) ХЛС
Сев. Америка (США) Н.р.
Сев. Америка (США) Н.р.
Сев. Америка (США) ХЛС
Сев. Америка (США) ХЛС
Сев. Америка (США) Н.р.
Южн. Америка (Аргентина) ХЛС
Южн. Америка (Аргентина) ХЛС
Южн. Америка (Аргентина) Н.р.
Южн. Америка (Аргентина) Н.р.
Южн. Америка (Аргентина) ХЛС
Ценр. Америка (Панама) ХЛС
Ценр. Америка (Панама) Н.р.
Южн. Америка (Парагвай) ХЛС
Южн. Америка (Боливия) Н.р.
Южн. Америка (Венесуэла) Н.р.
Сев. Америка (США) Н.р.
Ценр. Америка (Коста Рика) Н.р.
Южн. Америка (Аргентина) Н.р.
Южн. Америка (Аргентина) Н.р.
Южн. Америка (Бразилия) ХЛС
Южн. Америка (Бразилия) ХЛС
Южн. Америка (Бразилия) ХЛС
Азия(Индия) Н.р.
Примечания:
Данные из (Zaheri, 2008);
Виды хантавирусов, опубликованные в 8 отчете комитета по таксономии вирусов отмечены жирным шрифтом;
Обозначения: ГЛПС-геморрагическая лихорадка с почечным синдромом, ХЛС - хантавирусный легочный синдром, Н.р. - заболевание человека не зарегистрировано, Н.д. - нет данных