Генетическое разнообразие и филогеография печеночных сосальщиков Opisthorchis felineus и Clonorchis sinensis (Trematoda, Opisthorchiidae) на территории России и стран Восточной Азии

• Автор: Брусенцов, Илья Иванович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 143 с. : ил.

Оглавление
ВВЕДЕНИЕ
Цель и задачи
Научная новизна и практическая ценность
Положения, выносимые на защиту
Апробация работы
Публикации
Вклад автора
Структура и объем работы
Благодарности
Список использованных сокращений
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Общая характеристика семейства Opisthorchiidae (Looss, 1899)
1Л Л Систематика описторхид
1Л.2 Особенности жизненного цикла представителей семейства
Opisthorchiidae
1 Л.З Распространение описторхид
1Л.4 Эпидемиологическая значимость описторхид
1.2 Современные молекулярно-генетические подходы в паразитологии
1.2.1 Сравнительный обзор методов диагностики и мониторинга паразитозов
1.2.2 Характеристика молекулярно-генетических маркеров
1.2.3 Молекулярная филогенетика
1.2.4 Популяционно-генетический анализ, основанный на оценке ДНК-последовательностей
1.3 Особенности популяционной генетики паразитов со сложным жизненным циклом

1.3.1 Сравнение генетического разнообразия паразитов и их хозяев
1.3.2 Роль хозяев в формировании популяционно-генетической структуры паразитов и расширении их ареала
1.4 Исследования генетического разнообразия трематод
1.4.1 Исследования эпидемиологически значимых трематод с помощью микросателлитных, митохондриальных и рибосомальных маркеров
1.4.2 Виды рода ОрйЛюгс/гй
Заключение
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Создание коллекции ДНК различных видов описторхид
2.2 Выделение ДНК
2.3 Разработка универсальных праймеров
2.4 Полимеразная цепная реакция
2.5 Электрофорез нуклеиновых кислот
2.6 Очистка ПЦР продукта
2.6.1 Элюция ДНК из агарозного геля
2.6.2 Ферментативная очистка ПЦР продукта
2.7 Секвенирование амплифицированных фрагментов
2.8 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ампликона (ПЦР-ПДРФ)
2.9 Видоспецифическая ПЦР
2.10 Компьютерный анализ последовательностей ДНК
2.11 Статистический анализ данных
2.12 Филогенетический анализ
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Нуклеотидный полиморфизм митохондриального (coxl) и рибосомальных (ITS1,1TS2) маркерных фрагментов ДНК у патогенных описторхид России
3.2 Разработка молекулярно-генетических методов видовой идентификации описторхид России, основанных на полиморфизме ITS
3.2.1 Видоспецифическая ПЦР
3.2.2 ПЦР с анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ам пли кона (ПЦР-ПДРФ)
3.2.3 Видовая идентификация описторхид в экологических исследованиях
3.3 Филогенетический анализ О. felineus и С. sinensis
3.4 Популяционно-генетический анализ О. felineus с использованием coxl и
1TS1 маркерных фрагментов ДНК
3.4.1 Генетическое разнообразие О. felineus
3.4.2 Медианные сети гаплотипов
3.4.3 Генетическая дифференциация популяций
3.4.4 Обсуждение
3.5 Генетическое разнообразие и популяционно-генетическая структура С. sinensis
3.5.1 Генетическое разнообразие С. sinensis
3.5.2 Медианные сети гаплотипов
3.5.3 Генетическая дифференциация популяций
3.5.4 Обсуждение
3.6 Демографическая история и филогеография исследованных видов
3.6.1 Демографическая история О. felineus
3.6.2 Демографическая история С. sinensis
3.6.3 Обсуждение
Заключение

последствия для исследователя, а именно: значительный внутриорганизменный полиморфизм, который увеличивается с возрастом организма.
Для исследования популяционно-генетической структуры и идентификации паразитических видов наиболее часто используют внутренние транскрибируемые спейсеры ITS1 и ITS2 (Erensoy, Kuk, Ozden, 2009; Morgan et al., 2005; Morgan, Blair, 1995; Prasad et al., 2008; Semyenova et al., 2006) и митохондриальные маркеры (Liu et al., 2012; Pour, Hosseini, Shayan, 2011; Saijuntha et al., 2008; Semyenova et al., 2006; Thaenkham et al., 2010; Yanagida et al., 2012; Zarowiecki, Huyse, Littlewood, 2007).
1.2.3 Молекулярная филогенетика
Молекулярная филогенетика позволяет установить родственные связи между живыми организмами на основании изучения структуры ДНК, РНК и белков. Результаты молекулярно-филогенетического анализа, выявляющего эволюционные взаимосвязи между различными биологическими видами, имеющими общего предка, удобно представлять графически в виде филогенетических деревьев - филограмм или кладограмм, в зависимости от применяемых методов молекулярно-филогенетического анализа, описанных ниже.
Любая позиция в последовательности макромолекулы может рассматриваться в качестве признака. После выравнивания последовательностей получается матрица огромного количества признаков, на основании которых можно быстро оценить филогенетические отношения исследуемых видов.
В случае простейшей матрицы признаков можно считать, что каждая позиция имеет равное значение (вес) и что вероятность замены одного признака на другой одинакова. Однако это условие почти никогда не выполняется. Существует большое количество различных моделей эволюции последовательности макромолекул. Эти модели отличаются параметрами, используемыми для описания веса, с которым один элемент заменяется другим в ходе эволюции (Kishino, Hasegawa, 1989; Таvare, 1986).