Иммуногенотипирование и генодиагностика в биомедицине: фундаментальные и прикладные аспекты

• Автор: Кофиади, Илья Андреевич
• Шифр специальности: 03.03.03
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 219 с. : 18 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ СОКРАЩЕНИЙ ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 ИСТОРИЯ РАЗВИТИЯ ПРЕДСТАВЛЕНИЙ О РОЛИ ГЕНОВ В ФОРМИРОВАНИИ ИММУНОАССОЦИИРОВАННЫХ ПРИЗНАКОВ
1Л Л «Догеномный» период развития генетического направления в иммунологии 1Л .2 Иммуногенетика в постгеномную эру
1.2 ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНОВ ИММУННОГО ОТВЕТА И ИХ РОЛЬ В ФОРМИРОВАНИИ ЕСТЕСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ К ИММУНОЗАВИСИМЫМ ЗАБОЛЕВАНИЯМ
1.2.1 Роль НЕА-генов в развитии предрасположенности к иммунозависимым заболеваниям
1.2.2 не-НБА гены иммунной системы в ответе на инфекции и измененные собственные антигены
1.3 ИММУНОГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕХАНИЗМЫ ФОРМИРОВАНИЯ ЕСТЕСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ К ВИЧ-ИНФЕКЦИИ/СПИД
1.3.1 Роль НЬА в формировании генетически обусловленной устойчивости и чувствительности к ВИЧ-инфекции
1.3.2 не-НЬА гены в ответе на ВИЧ
1.3.3 Популяционный подход к изучению ВИЧ-инфекции/СПИД
1.3.4 Фармакогенетика противовирусных средств
1.4 ГЕНЫ ИММУННОЙ СИСТЕМЫ В КОНТРОЛЕ КАНЦЕРОГЕНЕЗА
1.4.1 Иммунологический контроль опухолеобразования

1.4.2 Современная теория иммунологического надзора
за опухолями
1.5 РОЛЬ ГЕНЕТИЧЕСКОГО АППАРАТА В ОТВЕТЕ НА РАДИАЦИОННОЕ ВОЗДЕЙСТВИЕ
1.5.1 Эффекты радиационного воздействия
1.5.2 Контроль клеточного цикла
1.5.3 Репарация ДНК
1.5.4 Гены иммунного ответа в реакции организма
на облучение
1.6 ВОЗМОЖНОСТИ ПРИМЕНЕНИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ
В ИММУНОЛОГИИ
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 СВЕДЕНИЯ ОБ ИССЛЕДОВАННЫХ ОБРАЗЦАХ
2.1.1 Установление особенностей распределения генетических маркеров, ассоциированных с устойчивостью/ чувствительностью к ВИЧ-инфекции/СПИД и препаратам
APT: характеристика групп сравнения
2.1.2 Установление ассоциации генетических маркеров с вероятностью развития радиационных осложнений
онкологического генеза: характеристика групп сравнения
2.1.3 Разработка нового подхода к мониторингу вирусной нагрузки и оценке эффективности терапии у пациентов
клиники трансплантации органов: клинический материал
2.1.4 Разработка лабораторного метода для оценки эффективности подавления экспрессии генов вируса гептита С кандидатными препаратами миРНК:
клетки и их источники

2.2 ВЫБОР ГЕНОВ ДЛЯ УСТАНОВЛЕНИЯ АССОЦИАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ МАРКЕРОВ
С ВЕРОЯТНОСТЬЮ РАЗВИТИЯ РАДИАЦИОННЫХ ОСЛОЖНЕНИЙ ОНКОЛОГИЧЕСКОГО ГЕНЕЗА
2.3 ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК
2.4 ПРОВЕДЕНИЕ КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ПЦР
В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ
2.4.1 Параметры, использовавшиеся для описания
ПЦР в реальном времени
2.4.2 Специфичность и чувствительность тест-систем
2.5 ГЕНОТИПИРОВАНИЕ
2.6 СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПРОДУКТОВ ПЦР
2.6.1 Проведение ПЦР с целью получения матрицы
для сиквенсной реакции
2.6.2 Проведение сиквенсной реакции
2.6.3 Секвенирование
2.7 СТАТИСТИЧЕСКАЯ ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ
2.8 СИНТЕЗ ГЕНА
2.9 ПРОЕКТИРОВАНИЕ И СИНТЕЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ МОЛЕКУЛ
КАНДИДАТНЫХ МИРНК
2.10 КО-ТРАНСФЕКЦИЯ РЕКОМБИНАНТНЫХ
ПЛАЗМИД И СИНТЕТИЧЕСКИХ МОЛЕКУЛ МИРНК
2.11 ОБРАТНАЯ ТРАНСКРИПЦИЯ И ПОЛИМЕРАЗНАЯ
ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ
2.12 СИНТЕЗ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ
2.13 ИСПОЛЬЗОВАННОЕ В РАБОТЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ И БАЗЫ ДАННЫХ
2.13.1 Программы и онлайн алгоритмы
2.13.2 Базы данных

В целом процесс формирования полиморфизма является наглядным отображением эволюционной роли мутационного процесса. Именно полиморфизм генов иммунного ответа обеспечивает выживание человека, как вида в условиях агрессивной окружающей среды (Пальцев 2009). Однако с другой стороны, принимая во внимание полигенный и мультифакториальный характер наследования большинства признаков, следует отметить, что при определенных условиях позитивный эффект, связанный с носительством определенного генотипа, может быть нивелирован или даже перекрыт негативным эффектом, сказывающимся на ином этапе биохимической реакции или в ином биологическом пути.
Так, например, гаплотип HLA-A1-B8-DR3, распространенный в настоящее время среди европеоидов, сыграл положительную роль во время средневековых пандемий. Носители этого гаплотипа имели преимущество в выживании, поскольку его наличие связано с показателями врожденного иммунитета, играющими важную роль в защите от инфекционных агентов. Однако в изменившихся с тех пор условиях окружающей среды данный гаплотип демонстрирует достоверную ассоциацию с заболеваниями аутоиммунного генеза, включая сахарный диабет I типа и ряд других эндокринных патологий (Price 1999). Этот пример является весьма показательным для определения роли окружающей среды в развитии имуноассоциированных заболеваний. Так новые типы внешних воздействий, накрадываясь на уникальный для данной популяции набор генетически детерминированных признаков, могут стать причиной достаточно быстрого с эволюционной точки зрения распространения заболеваний среди носителей определенного генотипа.
1.1.2 Иммуногенетика в постгеномную эру
Однако дальнейшее развитие фундаментальных концепций иммунологии требовало перехода на «геномный» уровень исследований с
привлечением данных о генетических основах регуляции иммунных реакций,