Геномный полиморфизм Streptococcus pyogenes различных emm-генотипов

• Автор: Полякова, Екатерина Михайловна
• Шифр специальности: 03.02.03, 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 133 с. : ил.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
СГА - стрептококки группы А
(т.)п.н. - (тысячи) пар нуклеотидов
ICE - интегрированный коньюгативный элемент
IS - инсерционная последовательность
ТНВ - Todd-Hewitt Broth, среда для культивирования
стрептококков
EDTA - этилен-диамин-тетрауксусная кислота
ТЕ - трис-EDTA буферный раствор
ТВЕ - трис-боратный буферный раствор
SDS - додецил сульфат натрия
PBS - натрий-фосфатный буфер
КОЕ - колониеобразующая единица
ИА - индекс адгезии
ПИК% - процент инфицированных клеток
ОП - оптическая плотность
I II ГР - полимеразная цепная реакция
RAPD - ПЦР-анализ со “случайной” затравкой
PFGE - гель-электрофорез в пульсирующем поле
MLST - типирование посредством мультилокусного
секвенирования
100 bp ladder - маркер молекулярных весов (100, 200, 300, ...1000 п.н.)

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ОГЛАВЛЕНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ
2. ОБЗОР НАУЧНОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
2.1 ХАРАКТЕРИСТИКА ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ РОДА STREPTOCOCCUS И
2.1.1 Общие сведения
2.1.2 Классификация представителей рода Streptococcus
2.2 ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ О СТРЕПТОКОККАХ СЕРОГРУПЫ А
2.2.1 Идентификация S. pyogenes
2.2.2 Классификация S. pyogenes
2.2.3 Заболевания, вызываемые S. pyogenes, их лечение и
профилактика
2.3 ОСОБЕННОСТИ ГЕНОМА S. pyogenes
2.3.1 IS элементы S. pyogenes
2.3.2 Транспозоны и интегрированные коньюгативные
элементы S. pyogenes
2.3.3 Бактериофаги S. pyogenes
2.3.3.1 Влияние умеренных бактериофагов на мутационный процесс у
S. pyogenes
2.3.3.2 Генетический полиморфизм S. pyogenes, опосредованный умеренными бактериофагами
2.3.3.3 Бактериофаги и антибиотикоустойчивость S. pyogenes
2.4 ОСНОВНЫЕ ФАКТОРЫ ПАТОГЕННОСТИ S. pyogenes
2.4.1 Факторы патогенности, кодируемые хромосомными генами
2.4.1.1 Гиалуроновая капсула
2.4.1.2 Поверхностные белки S. pyogenes
2.4.1.2.1 Белок М
2.4.1.2.2 С5а-пептидаза
2.4.1.2.3 Фибронектинсвязывающие белки и Fc-рецепторы
2.4.1.3 Экстрацеллюлярные продукты
2.4.2 Факторы патогенности, кодируемые фаговыми генами
2.5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ ОБЗОРА ЛИТЕРАТУРЫ
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Объекты исследования
3.2 Условия культивирования бактерий
3.3 Выделение хромосомной ДНК
3.4 Полимеразная цепная реакция
3.5 ПНР со «случайной» затравкой
3.6 Электрофорез в пульсирующем электрическом поле
3.6.1 Приготовление препаратов ДНК в агарозных блоках
3.6.2 Рестрикция хромосомной ДНК эндонуклеазой Smal
3.6.3 Параметры электрофореза
3.7 Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей
3.8 Секвенирование
3.9 Рестрикция и лигирование ДНК
3.10 Оценка антибиотикочувствительности штаммов
3.11 Построение кривой роста штаммов
3.12 Прямой бактерицидный тест
3.13 Сравнение адгезивной способности штаммов S. pyogenes
по отношению к клеткам эпителия человека
3.14 Оценка вирулентности штаммов
3.15 Компьютерный анализ ДНК и статистическая обработка данных
4. РЕЗУЛЬТАТЫ
4.1 Геномный полиморфизм S. pyogenes
обусловленный умеренными бактериофагами
4.1.1 Распространенность генов бактериофагов
в геноме штаммов S. pyogenes

вызывают образование антител, перекрестно-реагирующих с гломерулярным эпителием почек, что приводит к развитию воспалительного процесса (76).
Помимо уже перечисленных факторов, большое значение имеют токсины, выделяемые стрептококками группы А: стрептолизины О и Б. В результате цитотоксического действия этих белков происходит разрушение эритроцитов, Т-лимфоцитов, полиморфноядерных лейкоцитов, а также фагоцитов, что препятствует развитию процесса фагоцитоза в очаге инфекции (132, 146). Другим свойством стрептолизинов является способность этих белков разрушать клетки эпителия в очаге, что способствует распространению стрептококковой инфекции. По этому признаку стрептолизины можно отнести к группе факторов проникновения стрептококков вглубь тканей. Также показано, что стрептолизины проявляют свойства суперантигенов, вызывая повышенный синтез цитокинов (64).
Стрептолизин Б - устойчивый к кислороду токсин, который обуславливает гемолиз вокруг стрептококковых колоний, растущих в аэробной среде на поверхности чашек с кровяным агаром (25). Напротив, стрептолизин О является чувствительным к кислороду цитолизином с кардиотоксическими свойствами. Так как этот гемолитический токсин не активен в присутствии кислорода, его свойства проявляются только вокруг колоний, растущих в глубине кровяного агара. В организме он вызывает выработку антител (анти-БЬО), что используется в диагностических целях для подтверждения диагноза стрептококковой инфекции (64).
2.4.2 Факторы патогенности, кодируемые фаговыми генами
Умеренные бактериофаги стрептококков часто влияют на вирулентность своих хозяев, поскольку в состав генома большинства из них входят гены, ответственные за синтез различных факторов патогенности (150). Подобные гены описаны для большого числа бактериальных видов, включая